Эта явная и очевидная победа была омрачена неуспехом ходатайств генерал-губернатора о награждении огромного числа его подчиненных — участников амурской эпопеи — и сложностями с ратификацией договора.
Айгунский договор стал лишь прелиминарным, и окончательные условия разграничения были подтверждены Пекинским договором, который в 1860г. заключил Н.П.Игнатьев.
Начало колонизации Приамурья и заключение Айгунского договора привели к изменению отношений генерал-губернатора с сибирским купечеством. Ознаменованные острыми конфликтами в первый период его управления, они существенно улучшились во второй. Занадворовская история стала последней вспышкой прежней вражды. Уже в 1854 г. купец, золотопромышленник и откупщик Соловьев сделал значительные пожертвования для первого сплава и для исследования Амура. Характерно, что в первом сплаве участвовал красноярский городской голова П.И. Кузнецов, а в 1856—1857 гг. на Амуре начали торговлю несколько иркутских купцов. Торжественный роскошный обед в зале благородного собрания запечатлел дело примирения Муравьева с купечеством, это был первый обед, который Муравьев, со времени своего назначения генерал-губернатором, принял от иркутского купеческого общества.. Об изменении отношения купцов к Муравьеву и о том, что это было связано с успехом его деятельности на Амуре, говорится и в пересказанной американским коммерсантом П. Коллинзом речи кяхтинского городского головы, известного в Сибири купца Н.М. Игумнова. Обращаясь к американцам, он отметил: "Вы отдали дань гению и прозорливости генерал-губернатора Муравьева. Мы все чувствуем, что он сделал великое дело для Сибири. Одно открытие Амура доказывает его огромное желание процветания Сибири и величия России. Мы надеемся, что после возвращения в свою страну вы расскажете вашим купцам, что они смогут достичь Сибири и вести торговлю с нами. Мы верим, что это будет приносить взаимную пользу и выгоду обеим странам"20 Надежды на появление нового пути и новых перспектив для сибирской торговли были тем более важны, что в Кяхте она в это время заметно приходила в упадок.
Если в первые годы экономическая политика Муравьева была направлена главным образом на борьбу за усиление государственного контроля над экономикой, то во второй период произошел очевидный поворот к фритредерству. В 1853 г. генерал-губернатор предложил ввести новые правила торговли в Кяхте, которые должны были «сделать кяхтинский торг свободным для всех и каждого... и разрешить на Кяхте производство торговли меною или чистыми деньгами»21. Убедившись на опыте в бесполезности борьбы с контрабандой и прежних стеснительных мер, Муравьев выступал теперь за "совершенную свободу и беспошлинность", но был согласен и на компромисс — "таможню в Иркутске с уменьшенною пошлиною"22.
Весьма неожиданным для Муравьева, каким он был в начале своей деятельности, выглядит его мнение о путях разрешения частных споров золотопромышленников. Их "должен разбирать суд, — писал он Корсакову, — без участия и вмешательства административной власти". Государство заинтересовано в развитии золотопромышленности, поэтому оно должно устранять все тормозящие ее факторы, в том числе и прямое вмешательство органов управления, которое наводит страх на всех владетелей приисков.
Весьма прогрессивной и отвечающей духу времени была высказанная Муравьевым в отчете за 1856 г. мысль о том, что создание благоприятных условий для развития частной золотопромышленности выгоднее государству, чем обременительные пошлины, делающие невозможным поиск новых месторождений и разработку небогатых россыпей. В отчете за 1858 г. Муравьев на опыте единственного в Нерчинском округе частного промысла доказывал "тактическое преимущество... свободного и обеспеченного труда против обязательной казенной системы". В проекте же правил для частной золотопромышленности на Амуре Муравьев вообще предлагал ввести полную свободу и разведки, и добычи золота, причем не на разрешительных, а на заявительных началах, и даже ввести право продажи приисков и самого золота частным лицам. В результате категорических возражений Министерства финансов проект был отвергнут.
Позиция генерал-губернатора Восточной Сибири претерпела столь существенные изменения по большинству вопросов экономического характера во многом под влиянием времени. В канун Великих реформ стала иной ситуация в стране, иными настроения в правительственных кругах и в обществе. Но серьезно влиял и собственный практический опыт. Об этом свидетельствуют многочисленные, хотя и беглые замечания в письмах Корсакову: "Я все-таки должен сказать, что нигде казенными средствами ничего порядочного не добыто"; "надеюсь, что ты... нанимаешь вольных рабочих"23.
Муравьев предпринял несколько попыток наладить сотрудничество с частными предпринимателями, но они оказались не слишком успешными. По его инициативе и при его участии была создана Амурская компания — специально для активизации торгового и промышленного развития нового края. Она задумывалась в духе Ост-Индской компании, но смогла вести только мелочную торговлю, а более масштабные ее начинания окончились неудачами. Немало способствовало краху компании и беспрестанное вмешательство местных властей в ее деятельность — вплоть до использования по собственному усмотрению принадлежащих компании товаров и средств.
Все же привычка выполнять работы с помощью принудительного труда, использовать административные, а иногда и принудительные методы оказалась слишком прочной. Вообще для Муравьева, как и для многих его современников из административной среды, были характерны противоречия, непоследовательность, колебания, неизбежные для деятелей переходных эпох. И не удивительно, что в сложных ситуациях прибегали к традиционным, знакомым способам решения, пусть и не эффективным и не отвечавшим новым взглядам. Именно так можно объяснить широкое использование военно-административных методов при колонизации Амура и при закупках хлеба для ее нужд в обжитых районах Восточной Сибири.
Все весьма значительные расходы покрывались за счет Восточной Сибири. При этом, разумеется, местные власти не могли свободно распоряжаться всеми доходами, а лишь той их частью, которая оставалась за вычетом заранее утвержденных расходов, т.е. так называемой экономией.
Вообще Муравьев видел перспективы успешного развития Дальнего Востока прежде всего в широкой беспошлинной внешней торговле с участием иностранцев. По мнению Муравьева, их привлечение было важно еще и для появления конкуренции, которая заставила бы и сибирских купцов снижать цены и уменьшать торговые проценты на привозимые ими товары. Участие иностранных торговых фирм представляет еще ту выгоду, — что капиталы на него привлекаются из-за границы внутрь Сибири, тогда как все наши компании и предприятия, выписывая все из других стран, чрез то переводят свои русские капиталы за границу и тем подрывают торговый баланс. Не ограничиваясь стремлением привлечь иностранных предпринимателей к торговой и промышленной деятельности на русском Дальнем Востоке, Муравьев понимал также важность проникновения русских и сибирских купцов на внешние рынки.
Изменившиеся под влиянием времени и опыта экономические взгляды и экономическая политика Н.Н. Муравьева сохранили и некоторые неизменные черты и ориентиры. Наиболее важной и постоянной оставалась антикрепостническая направленность.
Участие генерал-губернатора Восточной Сибири в обсуждении и осуществлении крестьянской реформы 1861 г. не могло быть значительным по причине практического отсутствия в крае крепостных крестьян и помещичьих имений. В ответ на правительственный запрос о его соображениях по поводу будущего устройства и улучшения быта помещичьих крестьян Муравьев, в отличие от генерал-губернатора Западной Сибири Гасфорда, не дал сколько-нибудь подробной характеристики положения. Он сообщил, что единственным помещиком в крае был председатель енисейского губернского -правления Родюков, которому принадлежало 130 душ крестьян обоего пола. Крепостные коллежского советника Коновалова были приписаны к его имениям в Европейской России.
Наиболее важным для Муравьева стал документ — проект 11равил для переселения в Амурский край. Проект был составной частью целого комплекса документов, которые должны были заложить основы устройства нового региона и тем самым завершить генерал-губернаторство Н.Н. Муравьева- Амурского.
В третий, завершающий, период генерал-губернаторства (1858—1861 гг.) основные задачи Муравьев видел в том, чтобы передать власть в руки выбранных им и сформировавшихся под его влиянием администраторов и заложить основы их будущей деятельности и будущего устройства Восточной Сибири и Дальнего Востока по намеченным им правилам. К этому времени состав административного корпуса Восточной Сибири во многом изменился. К I860 г. в нем стало в 2 раза больше по сравнению с 1845 г. (на 71,4 % больше, чем в 1850 и на 33 % больше, чем в 1855 г.) людей в высоких чинах и на 74 % больше, чем в 1845 г., лиц на высоких должностях (их стало на 32 % больше, чем в 1850, и на 10 % больше, чем в 1855 г.). Довольно успешно продвигались эти люди и в чинах: у 46,6 % класс чина был выше класса должности. Произошли изменения и в составе неформальной верхушки: она стала на 85 % многочисленнее по сравнению с 1845 г. (на 78,6 % больше, чем в 1850, и на 13,6 % больше, чем в 1855 г.), при этом у 16 %"-лиц класс чина превышал класс должности.
По-прежнему здесь много военных и людей, чья карьера так или иначе связана с армией. В формальной верхушке их соответственно 30,2 и 46,5%, в неформальной — 40 и 56 %. Доля дворян в формальной верхушке составляла 55,8 %, что несколько меньше, чем в 1855 г. (62,9 %), но значительно превышает показатели 1845 г. (52,4 %). В неформальной верхушке удельный вес дворянства неизменно рос во все "муравьевское время" и к 1860 г. достиг 75,5 %. Заметно увеличилась даже доля помещиков в формальной верхушке: их здесь в I860 г. было 29,3 %, в неформальной же доля их сократилась до 26,1 % (в 1845 г. их 30,4 %, в 1855 — 29,3 %). Курс Муравьева на привлечение и выдвижение людей из состоятельных дворянских семей дал свои результаты.