В формально высшем слое административного корпуса к 1860 г. средний возраст равнялся 50,1 года (больше, чем в 1855 и 1845 гг.), в неформальном — 39,9 года (меньше, чем во все предшествующее время). И в той, и в другой группе уменьшилась доля людей до 30 лет (в формальной верхушке их уже не было, в неформальной было 21 %JL Зато увеличилась доля людей до 40 лет (их стало 20,9 % и 59,6 % соответственно). Продолжал расти образовательный уровень администрации: к 1860 г. высшее или среднее образование имели 73,8 % лиц из формальной верхушки и 82,6 % — из неформальной. Вновь увеличилась сократившаяся было к 1855 г. доля людей с большим стажем (в формальной верхушке более 10 лет по профилю ведомства прослужили 76,7 % лиц, в 1855 г. таких было 74,3 %, в неформальной — 55 % вместо 53,5 в 1855 г.). Больше стало и тех, кто долее 10 лет находился в Сибири: в формальной верхушке таких в 1860 г. было 63,7 % (в 1855 г.'б0 %), в неформальной — 36,2 % (в 1855 г. — 30,2 %). Меньше стало новых людей, прослуживших в Сибири менее 5 лет: в формальной верхушке в I860 г. они составляли 15,9 % (в 1855 г. — 20 %), в неформальной — 36,2 % (в 1855 г. — 48,8 %, а в 1853 г. — даже 64,3 %). Доля уроженцев Сибири увеличилась в формальной группе — по сравнению с 1845 г. она вообще выросла в 2 раза (с 12,5 до 25 %), но уменьшилась в неформальной (с 15,4 % в_ 1845 г. и 15,9 в 1855 до 10,2 % в I860 г.
Более важен другой результат. Н.Н. Муравьев был постоянно и серьезно озабочен подготовкой губернаторов из числа хорошо ему известных людей, которым лично доверял. В 1855—1856 гг. губернаторами стали первые три "муравьевца": М.С. Корсаков — в Забайкальской области, П.В.Казакевич – в Приморской и Ю.И. Штубендорф - в Якутской. К 1860 г. на всех губернаторских должностях в Восточной Сибири находились люди, рекомендованные Муравьевым Енисейская губерния пока составляла исключение, но отставка ее губернатора В.К. Падалки была делом решенным. Во главе всех отделений Главного управления Восточной Сибири стояли назначенные при Муравьеве управляющие и начальники. Все заметные места в военном управлении также были заняты теми, кому лично доверял генерал-губернатор. Более того, он добивался — и добился — права самому выбрать себе преемника.
Либеральные планы и благородные идеи в управленческой практике либо не осуществлялись вовсе, либо осуществлялись совсем не в том виде, как предполагал сам Муравьев.
В своей административной деятельности генерал-губернатор Восточной Сибири должен был прибегать предусмотренному законодательством наказанию.
Например, опоздание к отплытию экспедиции на Амур топографа Жилейщикова и слова адъютанта Моллера о том, что тот опоздал по собственной вине, привели Муравьева в ярость, и он приказал унтер-офицера разжаловать и высечь. Венюков, знавший, что Жилейщиков не был виноват в опоздании, промолчал, но не исполнил приказа. Затем, как это часто бывало, генерал одумался, понял, что отдал распоряжение сгоряча, не стал напоминать о нем и настаивать на его выполнении. В общем, за Муравьевым не наблюдалось особого пристрастия к телесным наказаниям, а в некоторых случаях — как, например, по отношению к отказавшимся подчиниться военной дисциплине старообрядцам, — он даже уклонялся от их применения.
Серьезным испытанием для Муравьева-администратора стали волнения старообрядцев а 1859 г. В воспоминаниях одного из очевидцев, чиновника особых поручений Забайкальского областного правления Е.И. Рагозина, происходившие тогда события были даже названы бунтом раскольников. Старообрядцы-беглопоповцы, найдя священника, вышедшего из официальной иерархии, приняли его, и он приступил к исполнению обрядов. Когда становой пристав арестовал этого священника, крестьяне избили станового, освободили своего попа и продолжали оказывать неповиновение. После уговоров молодого, образованного и весьма либерально настроенного чиновника Рагозина священник согласился сдаться и уговорить крестьян прекратить сопротивление, чтобы избегнуть кровопролития, подобного тому, что было 22 годами ранее. Как вспоминал через много лет Рагозин, несмотря на эту подготовку, прибывший к месту происшествия «граф Муравьев все-таки принужден был прибегнуть к угрозе и, приказав всей толпе встать на колени, велел роте солдат взвести курки". Но священник вышел из толпы, сдался и вследствие этого "генерал-губернатор оставил это дело почти без последствий, ограничившись временной высылкой пяти стариков в Иркутскую губернию"24.
Вопрос о гласном судопроизводстве и введении суда присяжных. На возможность введения в России гласного судопроизводства с присяжными после освобождения крестьян Муравьев указывал еще в Туле. В проектах по устройству Приамурского края предусматривалось крестьянское самоуправление, собственные крестьянские суды и т.п.
Более последовательным было его отношение к свободе слова и гласности. В частных письмах Муравьев не раз высказывался против цензуры — во всяком случае, в том виде, в каком она существовала в России. Так, в письмах к брату Валериану от 5 января и от 13 января 1865 г. он писал: "Цензура вообще, и особенно такая, как она теперь у нас существует, учреждение ненормальное; но есть надежда, что с учреждением нового цензурного устава это дело придет в нормальный порядок"; "Если уже существует цензура, то она должна быть учреждение совершенно независимое ни от какого министерства, ни даже от Комитета министров, и должна руководствоваться твердыми правилами... имеющими силу закона».25
Отставка генерал-губернатора Восточной Сибири вызвала не меньше разговоров, чем его назначение. Противники объясняли ее причины разоблачением реального положения дел в Восточной Сибири в статьях Завалишина и Максимова, что привело к потере доверия к Муравьеву в Петербурге.
Разговоры о намерении выйти в отставку Н.Н. Муравьев начал вести еще в 1853г. Но тогда это было не собственное желание, а опасение необходимости ухода вследствие несогласия в верхах с его стремлением отменить в Восточной Сибири откупную систему и с другими преобразованиями.
В 1854 г. разговор об отставке, но не скорой, зашел уже всерьез. Формально причиной отставки было состояние здоровья.
Действительно, уже в 1856 г. Муравьев жаловался брату, что "зрение и слух сделались у меня очень слабы, хотя мне на днях только минуло 47 лет»26. Так же он говорил, что отказался от Сибири потому, что чувствовал себя слишком старым для этого места, где нужна вся сила молодости физическая и нравственная, чтоб быть полезным.
Трудно сказать, насколько серьезно в правительственных кругах опасались сибирского сепаратизма, инициируемого наместником, но если это обстоятельство действительно повлияло на отставку Муравьева и дальнейшую его невостребованность, то можно было бы сказать, что сибирская его карьера пришла к своему логическому концу: в начале своей деятельности в Восточной Сибири Муравьев писал Николаю I об отсутствии патриотизма в сибирском населении и даже угрозе сепаратизма.
Когда проект грандиозной перекройки административно-территориального устройства всей восточной части страны был отвергнут, окончательно отпала и возможность возвращения Муравьева в Сибирь. Высочайшим рескриптом в 19 день февраля 1861 года в воздаяние долговременной его службы Престолу и Отечеству, ознаменованной неоднократными подвигами личного мужества в важных действиях и многолетними примерно-полезными заслугами на поприще гражданского управления, граф Муравьев-Амурский был Всемилостивейше пожалован кавалером ордена Св. Равноапостольного князя Владимира 1-ой степени с мечами над ордена и назначен членом Государственного совета.
В августе 1863 г. военный министр Д.А. Милютин и министр внутренних дел П.А. Валуев официально, "с высочайшего соизволения", предложили Н.Н. Муравьеву-Амурскому стать помощником, а затем и преемником М.Н. Муравьева, генерал-губернатора Северо-Западного края.
Муравьев-Амурский больше не возвратился к активной государственной деятельности и доживал свой век членом Государственного совета. Разумеется, он принимал участие в обсуждении вопросов на заседаниях Совета, был постоянным и весьма активным ходатаем по всем сибирским делам, но в первое время по несколько месяцев в году проводил на родине своей жены, во Франции, а потом и вовсе поселился там, лишь изредка наезжая в Россию.
Муравьев-Амурский скончался в Париже 18 ноября 1881 г. и был похоронен на Монмартре. В 1908г могиле был возложен серебряный венок с надписью: "Города Приморской области Хабаровск, Владивосток и Никольск-Уссурийский – графу Муравьеву-Амурскому 1858-1908».
«Муравьевское время» в Сибири ознаменовалось крупными событиями, многие из которых произошли по инициативе или при активном участии самого Н.Н.Муравьева-Амурского. Энергичная преобразовательная деятельность охватила почти все направления его политики, все области управления. Взгляды и особенности характера генерал-губернатора существенно повлияли на проводимую им политику и ее результаты.
Присоединение обширного Амурского края обозначило новые подходы в дальневосточном направлении внешней политики России, привело к переселению тысяч людей на новые земли, предопределило судьбы миллионов людей и в XIX в., и в последующие времена.