Статья 21 Федерального закона устанавливает систему избирательных комиссий. Как и ранее, избирательные комиссии, комиссии референдума составляют единую соподчиненную систему только соответственно уровню выборов. Решения вышестоящей (соответственно уровню выборов или референдума) избирательной комиссии, комиссии референдума, принятые в пределах ее компетенции, обязательны для нижестоящих избирательных комиссий, комиссий референдума. Решение избирательной комиссии, комиссии референдума, противоречащее федеральным конституционным законам, федеральным законам или законам субъектов Российской федерации либо принятое с превышением установленных полномочий, подлежит отмене вышестоящей избирательной комиссией, комиссией референдума (соответственно уровню проводимых выборов, референдума). При этом вышестоящая избирательная комиссия, комиссия референдума вправе принять решение по существу вопроса.
Вместе с тем избирательные комиссии субъектов Российской Федерации вправе рассмотреть жалобу на решение любой территориальной избирательной комиссии, действующей в субъекте Российской Федерации, а Центральная избирательная комиссия Российской федерации вправе рассмотреть жалобу на решение любой избирательной комиссии субъекта Российской Федерации и принять решение по существу вопроса безотносительно к уровню выборов (пункты 7 и 8 статьи 63 Федерального закона).
Порядок формирования избирательных комиссий субъектов Российской Федерации, окружных территориальных и участковых избирательных комиссий, комиссий референдума - половина членов избирательной комиссии субъекта Российской Федерации, окружной избирательной комиссии по выборам в федеральные органы государственной власти назначается законодательным (представительным) органом государственной власти субъекта Российской Федерации, другая половина назначается исполнительным органом государственной власти субъекта Российской федерации.
Формирование территориальных избирательных комиссий, комиссий референдума, а также окружных избирательных комиссий по выборам в органы государственной власти субъектов Российской Федерации и органы местного самоуправления осуществляется выборным органом местного самоуправления.
Кроме того, федеральным законом установлено, что государственные либо муниципальные служащие не могут составлять более одной трети от общего числа членов соответствующей избирательной комиссии, комиссии референдума.
Закреплен статус Центральной избирательной комиссииРоссийской Федерации и избирательных комиссий субъектов Российской Федерации как государственных органов, осуществляющих подготовку и проведение выборов и референдумов в Российской Федерации и действующих на постоянной основе (пункт 9 статьи 21, пункт 1 статьи 22, пункт 8 статьи 23 Федерального закона). Кроме того, предусмотрена возможность деятельности территориальных избирательных комиссий на постоянной основе (пункт 10 статьи 23).
Принцип независимости избирательных комиссий, комиссий референдума также закреплен в Федеральном законе. Так, пунктом 10 статьи 21 установлено, что избирательные комиссии, комиссии референдума в пределах своей компетенции независимы от органов государственной власти и органов местного самоуправления. Вместе с тем введен и ряд ограничений для члена избирательной комиссии. В соответствии с пунктом 1 статьи 24 Федерального закона теперь членами избирательных комиссий, комиссий референдума с правом решающего голоса не могут быть не только кандидаты, их доверенные лица, супруги и близкие родственники кандидатов либо лица, находящиеся у них в непосредственном подчинении, как это указывалось в статье 13 Федерального закона «Об основных гарантиях избирательных прав граждан Российской Федерации», но и депутаты законодательных (представительных) органов государственной власти, органов местного самоуправления, выборные должностные лица органов государственной власти и органов местного самоуправления, судьи, уполномоченные представители и доверенные лица групп избирателей и избирательных объединений, избирательных блоков, выдвинувших кандидатов, а также инициативных групп по проведению референдума, члены избирательных комиссий, комиссий референдума с правом совещательного голоса.
Федеральный закон наделяет избирательные комиссии широкими полномочиями по контролю за соблюдением избирательных прав граждан Российской Федерации на всех этапах избирательного процесса. Избирательным комиссиям, комиссиям референдума Законом предоставлено право рассматривать и принимать решения по существу жалобы на решения и действия (бездействие) избирательных комиссий, комиссий референдума и их должностных лиц, нарушающие избирательные права граждан и право граждан на участие в референдуме (пункт 6 статьи 63).
Для осуществления контроля за целевым расходованием денежных средств, выделенных избирательным комиссиям, комиссиям референдума на подготовку и проведение выборов, референдума, а также контроля за источниками поступления, правильным учетом и использованием денежных средств избирательных фондов, фондов для участия в референдуме, для проверки финансовых отчетов кандидатов, зарегистрированных кандидатов, избирательных объединений, избирательных блоков, инициативных групп по проведению референдума создаются контрольно-ревизионные службы при Центральной избирательной комиссии Российской Федерации и избирательных комиссиях субъектов Российской Федерации.
Наиболее важный и ответственный этап деятельности избирательных комиссий, в котором задействованы все звенья системы избирательных комиссий, — организация голосования, подсчет голосов избирателей, участников референдума, установление результатов выборов, референдума. Правовое регулирование данного этапа достаточно подробно и детально, что делает этот этап максимально открытым и гарантированным от фальсификаций, осуществляется в главе IX федерального закона.
Нормы статей 49 — 62 Федерального закона призваны обеспечить открытость и гласность важнейшего этапа избирательной кампании. При этом все избирательные действия на всех выборах и референдумах, проводимых в Российской Федерации, унифицируются.
В статье 49 Федерального закона устанавливаются требования к помещению для голосования. В помещении для голосования должна находиться увеличенная форма протокола об итогах голосования, предназначенная для занесения в нее данных об итогах голосования по мере их установления. Помещение для голосования должно быть оборудовано таким образом, чтобы места выдачи избирательных бюллетеней, бюллетеней для голосования на референдуме, кабины и ящики для голосования одновременно находились в поле зрения членов участковой избирательной комиссии, комиссии референдума, наблюдателей.
Статьи 52, 53, 54 Федерального закона содержат своего рода «единый порядок» голосования, в том числе досрочного и вне помещения для голосования. В частности, несколько изменена процедура досрочного голосования. В соответствии с пунктом 3 статьи 53 Федерального закона избирательный бюллетень, бюллетень для голосования на референдуме, заполненный проголосовавшим досрочно избирателем, участником референдума, вкладывается избирателем, участником референдума в конверт и заклеивается. На месте склейки на конверте, кроме подписей двух членов соответственно территориальной (окружной) или участковой избирательной комиссии, комиссии референдума, проставляется подпись избирателя, участника референдума, проголосовавшего досрочно. При организации голосования вне помещения для голосования участковые избирательные комиссии, комиссии референдума обязаны вести специальный реестр, в котором регистрируются все поданные заявления избирателей, участников референдума, желающих проголосовать вне помещения для голосования.
Выборы признаются соответствующей избирательной комиссией несостоявшимися в случаях, если в них приняло участие меньшее число избирателей, чем это предусмотрено соответствующими федеральными законами, законами субъектов Российской Федерации, либо если число голосов избирателей, поданных за кандидата, набравшего наибольшее число голосов по отношению к другому кандидату (другим кандидатам), меньше, чем число голосов избирателей, поданных против всех кандидатов, а также если ни один список кандидатов не получил число голосов, необходимое в соответствии с федеральными законами, законами субъектов Российской Федерации для того, чтобы принять участие в распределении мандатов. В этих случаях назначаются повторные выборы.
Соответствующая избирательная комиссия, комиссия референдума признает итоги голосования, результаты выборов, референдума субъекта Российской Федерации, местного референдума недействительными:
а) в случае, если допущенные при проведении голосования или установлении итогов голосования нарушения не позволяют с достоверностью установить результаты волеизъявления избирателей, участников референдума,
б) в случае, если они признаны недействительными не менее чем на одной четвертой части избирательных участков, участков референдума;