В. И. Ленин в работе «Материализм и эмпириокритицизм» показал, что эти открытия лишали смысла существовавшее до этого времени естественнонаучное понятие материи и что правильное философское объяснение радиоактивности может помочь преодолеть кризис в философии.
В таких условиях разворачивался научный поиск Вернадского. Он активно работает над совершенствованием организации науки в стране. Страницы его статьи «Ближайшие задачи академической жизни», опубликованной в 1905 г., содержат анализ судьбы русской науки и высшей школы.
В России нарастал социальный кризис. Гибель эскадры Балтийского флота в Цусимском проливе, поражение России в войне с Японией, «кровавое воскресенье» всколыхнули народные массы. Позже Вернадский запишет: «На историческую сцену русского государства выступил народ. И с неслыханной силой выдвинулись его интересы, его тяготы, его желания — перед ним дрогнула и поблекла громада старого государственного режима. Я, вдумываясь в происходящее, все сильнее ценю идейное и этическое значение социалистического течения». Вернадский не только свидетель, но и участник событий. Он среди ученых, подписавших «Записку 342-х» о неотложных нуждах просвещения в России, где говорится о тяжелом положении русской школы и остро критикуется политика правительства в области народного просвещения. Вернадский — вместе с бунтующим студенчеством. Вернадский — с передовыми деятелями русской культуры, выступающими против реакционной политики царского правительства в отношении своего народа. Делами и духом своим он един с мыслями Л. Н. Толстого, высказанными в знаменитой статье «Не могу молчать!»
В 1906 г. Вернадский был избран адъюнктом по минералогии Академии наук. Так научное сообщество оценило вклад Вернадского в развитие естественных наук.
В 1907—1910 гг. вышли первые публикации Вернадского по живому веществу. Размышления над биологическими вопросами и их связь с идеями генетической минералогии и геохимии приводят ученого к развернутой постановке проблем биогеохимии и учения о живом веществе.
Вступив в первую мировую войну, Россия особенно остро начала испытывать нехватку стратегически важных видов сырья. Вскрылась отсталость царской России в исследовании и освоении своих богатых природных ресурсов. Вместе с другими учеными Вернадский в 1915 г. создает и длительное время возглавляет Комиссию по изучению естественных производительных сил России (КЕПС), сыгравшую выдающуюся роль в изучении природных ресурсов страны и развитии науки и экономики государства.
Свершилась Великая Октябрьская социалистическая революция. Одним из первых шагов советского государства было сохранение и развитие великих демократических традиций русских ученых и широкое привлечение исследователей к социалистическому строительству. В 1942 г., оценивая свое отношение к событиям тех дней, Вернадский писал, что он «не сознавал глубины и исторически оказавшейся прочной победы большевиков и мирового значения происшедшей революции, величайшей в истории человечества». Однако планы и дела советской страны были созвучны чаяниям ученого, он продолжал интенсивно работать, теперь уже — во славу советской науки.
В 1918—1919 гг. Вернадский организовывает Украинскую Академию наук и становится ее первым президентом. Много сделано им для организации и идейного наполнения научных учреждений Украины.
Заметным в жизни Вернадского является Крымский период его работы. В Крыму он, начиная с 1893 г., бывал неоднократно. И вот в январе 1920 г. его, больного тифом, пароход привез в Ялту.
После трех недель беспамятства болезнь начала уходить. Ясный, даже в болезни, мозг ученого работал. Наталья Егоровна делает под диктовку запись: «Главную часть мечтаний составляло, однако, мое построение моей жизни как научного работника, проведение в человечество новых идей и научной работы в связи с учением о живом веществе... Основной целью моей жизни рисовалась мне организация нового огромного института для изучения живого вещества и проведение его в жизнь, управление им. Этот институт, международный по своему характеру, по темам и по составу работников, должен был являться типом тех новых могучих учреждений для научной работы, которые в будущем должны совершенно изменить весь строй человеческой жизни, структуру человеческого общества».
После болезни Вернадский ведет научную и педагогическую работу в Таврическом университете в Симферополе: читает курс геохимии, а 28 сентября 1920 г. Совет университета избирает его ректором.
Осенью 1921 г. Вернадский приступил к организации Радиевого института. 1 января 1922 г. новый институт начал функционировать.
В своих работах, размышлениях и планах Вернадский еще и еще раз возвращается к Украине. Нет такого периода жизни ученого, в котором не было бы проявления связей с землей предков. Он много путешествовал по Днепру, Волыно-Подолии, югу Украины, Крыму, посещал открытые в Кривом Роге месторождения железной руды. В Полтаве помогал работе земского музея, в Киеве создал лабораторию по экспериментальным биогеохимическим исследованиям и читал университетский курс геохимии. Был организатором и руководителем Комиссии по изучению естественных производительных сил Украины и Комиссии по изучению естественных производительных сил Крыма. Активно работал в Украинском геологическом комитете, был основателем Общества любителей природы в Полтаве. В числе других ученых выступил с инициативой создания ассоциации научных учреждений и высших школ, подлежащей ведению Народного комиссариата просвещения: присутствовал от Украинской Академии наук на организационном совещании Ассоциации. Являлся членом «Украинского научного общества» (Киев), Полтавского общества «Просвита», Научного общества им. Т. Г. Шевченко (Львов), Общества опытных наук при Харьковском университете, Волынского научного общества, Комитета памяти Т. Г. Шевченко в связи с 50-летием со дня смерти (Москва).
В мае 1922 г. Вернадский приехал в Париж по приглашению Сор-боны прочитать курс лекций по геохимии. Здесь он продолжает работу по важным направлениям науки о живом веществе: диалектика взаимосвязи живого вещества с литосферой, гидросферой и атмосферой: активная средообразующая деятельность живых организмов, выступающих в качестве мощных геологических агентов; значение живого вещества в круговороте отдельных элементов; наличие в живых организмах ряда редких рассеянных элементов, выполняющих важные биохимические функции. Как и в других европейских городах, Вернадский много работает в местных библиотеках, читает европейских авторов в оригинале (к зрелым годам он мог читать более чем на 20 языках).
После возвращения из Парижа Вернадский живет и работает в Ленинграде, но постоянно поддерживает контакты с украинскими учеными. Осенью 1926 г. он приехал в Киев для участия во Втором всесоюзном геологическом съезде; в мае 1928 г. он снова в Киеве — участвует в выборах нового президента Всеукраинской Академии наук; во время пребывания в Киеве в августе 1928 г. Вернадский посетил Староселькую биологическую станцию, где под руководством его ученика А. П. Виноградова работала группа Биогеохимической лаборатории. Весной 1939 г. Вернадский приехал в Киев для участия в научных конференциях по сравнительной физиологии и изучению пегматитов и редких элементов УССР. Всего он приезжал в Киев 8 раз и прожил в нем 2 года (по 31 году он прожил в Ленинграде и Москве, 19 раз выезжал за границу на срок общей продолжительностью 6 лет, 2 года провел в эвакуации в поселке Боровое Казахской ССР).
В мае 1941 г. в Москве проходило Общее собрание Академии наук СССР. Большой интерес вызвало выступление на нем В. И. Вернадского. До Великой Отечественной войны оставалось меньше месяца...
22 июня 1941 г. Вернадский записывает сообщение о начале войны с Германией и ставит вопрос: «Начало мировой революции?».
В июле 1941 г. Вернадский с группой ученых приехал в Боровое. Находясь в эвакуации, ученый внимательно следил за событиями на фронте, предвидел скорую победу, стремился применить свои знания для укрепления обороноспособности страны. Начиная с 1942 г. Вернадский часто думает над послевоенным устройством народного хозяйства страны. Все чаще в его записях встречается слово «реконструкция». По его мнению, реконструкция страны должны носить многоплановый характер, распространяться на все наиболее существенные стороны материальной и духовной культуры народа. Научный прогресс — основное звено послевоенной реконструкции страны. Он пишет о перестройке научно-исследовательской работы, об организации новых институтов, усилении экспериментальной базы науки.
30 августа 1943 г. Вернадский возвратился в Москву. Сразу же он включается в жизнь науки столицы, много внимания уделяет вопросам организации и материального обеспечения научных исследований в стране. Ведет интенсивную переписку с научными центрами, учеными, своими учениками, разбросанными по всей стране. Внимательно следит за развитием науки на Украине, просит Н. Г. Холодного присылать ему свежие издания, внимательно просматривает и рецензирует их. Продолжает работать над давно задуманной книгой «Пережитое и передуманное».