Структура та організація діяльності митних органів України урегульовані однойменною главою МК України. Так, у ст. 11 МК України [1] вказано, що безпосереднє здійснення митної справи покладається на митні органи України. Ці органи при реалізації митної політики держави здійснюють спеціальні основні завдання [8]:
1) виконання та контроль за додержанням законодавства України з питань митної справи;
2) захист економічних інтересів України;
3) забезпечення виконання зобов'язань, передбачених міжнародними договорами України з питань митної справи, згода на обов'язковість яких надана Верховною Радою України;
4) сприяння захисту інтелектуальної власності учасників зовнішньо-економічних зв'язків, інших юридичних та фізичних осіб;
5) застосування відповідно до закону заходів тарифного та нетарифного регулювання при переміщенні товарів через митний кордон України;
6) здійснення митного контролю та митного оформлення товарів і транспортних засобів, що переміщуються через митний кордон України, вдосконалення форм і методів їх здійснення;
7) контроль за дотриманням правил переміщення валютних цінностей через митний кордон України;
8) здійснення спільно з уповноваженими органами державної влади заходів щодо захисту інтересів споживачів товарів і додержання учасниками зовнішньоекономічних зв'язків державних інтересів на зовнішньому ринку;
9) створення сприятливих умов для прискорення товарообігу та пасажиропотоку через митний кордон України;
10) боротьба з контрабандою та порушенням вимог цього кодексу (митного законодавства);
11) розвиток міжнародного співробітництва у галузі митної справи;
12) ведення митної статистики;
13) ведення Української класифікації товарів зовнішньоекономічної діяльності;
14) здійснення верифікації (встановлення достовірності сертифікатів походження товарів з України).
Митні органи України є невід'ємним елементом системи центральних державних органів виконавчої влади і здійснюють функції в галузі митної справи відповідно до Конституції України, законодавства про зовнішньоекономічну діяльність, митного законодавства та інших нормативних актів. Специфіка митних органи України в системі державних органів України визначається покладеними на них завданнями та функціями. Як органи виконавчої влади митні органи України характеризуються такими основними рисами:
- належать до юридичних осіб публічного права (ст. 146 ЦК України; ч.7 ст.13 МК). Як юридичні особи вони мають правосуб'єктність, індивідуальні ознаки;
- утворюються і діють під загальним керівництвом Президента України (ч. 3 ст.11 МК);
- виключно й безпосередньо здійснюють митну справу (ст.11 МК);
- митні органи наділені визначеною для них законами компетенцією в галузі митної справи. Інші органи, крім Верховної ради, Президента України, KM України, не вправі приймати рішення, що перетинаються з компетенцією митних органів України, та виконувати без відповідного допуску чи заміняти їх функції чи іншим чином втручатися в діяльність митних органів;
- діяльність митних органів за своїм змістом є розпорядчою і в межах визначеної для них компетенції вони вправі видавати нормативні акти з митної справи, які діють на всій території України і мають обов'язкову силу для підвідомчих підпорядкованих органів, інших державних органів та їх посадових осіб, юридичних та фізичних осіб (ч.2 ст.14 МК);
- митні органи утворюють єдину систему (ч.І ст.12 МК);
- митні органи утворюються, реорганізуються і ліквідовуються у встановленому законом порядку
- фінансування діяльності митних органів здійснюється за рахунок коштів державного бюджету, які передбачаються на утримання державного апарату (ч.2 ст.13 МК);
- діяльність митних органів здійснюється виключно на основі чинного законодавства України.
Чинним законодавством митні органи віднесені до воєнізованих органів. Це означає, що співробітники цих органів мають право носити зброю та інші засоби індивідуального захисту. У передбачених законом випадках вони можуть застосувати ці спеціальні засоби (вогнепальна зброя, наручники, упаковки з газом дратівливої дії, засобами примусової зупинки транспортних засобів, тощо).
В багатьох країнах світу, у тому числі і Російській Федерації, з якою в України найбільший митний кордон, такі органи віднесені законодавством до правоохоронних. Оскільки митні органи України теж здійснюють правоохоронні функції щодо захисту її економічного суверенітету і економічної безпеки, забезпечують захист прав і законних інтересів громадян та господарюючих суб'єктів, а також державних органів при дотриманні ними зобов'язань у сфері митної справи, питання про те, віднести митні органи України до правоохоронних чи ні, не таке вже й просто. З цього приводу при прийнятті МК розгорілась дискусія, у якій перемогу здобули супротивники концепції митних органів як правоохоронних.
У той же час митні органи виконують функції дізнання у справах про порушення митних правил, мають право застосовувати примус і накладати стягнення відповідно до чинного законодавства, застосовують низку характерних для правоохоронних органів процедур (особистий догляд, передогляд). Діяльність митних органів детально урегульована МК України та іншими нормативними актами і забезпечується спеціально підготовленими державними службовцями.
Митна система України є загальнодержавною системою, яка складається з митних органів та спеціалізованих митних установ і організацій [8].
Ефективне здійснення функцій митних органів та покладених на них завдань багато в чому залежить від взаємодії між Державною митною службою та Міністерством економіки, Міністерством закордонних справ, Службою безпеки України, Державним комітетом у справах охорони державного кордону України, Державною податковою адміністрацією, Міністерством внутрішніх справ, Міністерством охорони здоров'я, Міністерством транспорту України, Міністерством екології та природних ресурсів, іншими державними органами, що уповноважені на здійснення відповідних контрольних функцій.
Загальні засади взаємодії митних органів з державними й недержавними органами та фізичними особами урегульовані чинним законодавством. Глава 3 МК України [3] встановлює, що митні органи і організації, їх посадові особи при виконання покладених на них завдань взаємодіють з іншими органами державної влади, органами місцевого самоврядування, а також з підприємствами та громадянами в порядку, встановленому законом. Таке співробітництво має загальний і спеціальний характер. Воно проявляється у проведенні спільних заходів, інші прояви взаємодії між зазначеними державними органами при перетинанні Державного кордону України повинні регулюватися спільно прийнятими нормативними актами. Наприклад, згідно зі ст. 29 МК [1] товари, що переміщуються через митний кордон України, крім митного контролю, можуть підлягати санітарно-епідеміологічному, ветеринарному, фітосанітарному, радіологічному, екологічному контролю та контролю за переміщенням культурних цінностей. Митні органи взаємодіють з органами державної влади, що здійснюють зазначені види контролю, в порядку, встановленому законодавством України. У фінансовій сфері митні органи взаємодіють із Міністерством фінансів України та Національним банком України. Варто зауважити, що це співробітництво регулюється МК України.
Згідно зі ст. 26 МК [1] митні органи, спеціалізовані митні установи та організації та їх службові особи при виконанні покладених на них завдань взаємодіють з іншими органами державної влади, органами місцевого самоврядування, а також з підприємствами та громадянами, в порядку, встановленому законом. У відносинах з митними органами інтереси підприємств та громадян можуть представляти митні брокери на підставі відповідного договору, укладеного з підприємством, або нотаріально посвідченої довіреності (доручення), виданої громадянином, інші особи на підставі нотаріально посвідчених довіреностей (доручень).
У разі виявлення під час здійснення митних процедур працівниками митних органів ознак злочинів керівник митного органу чи особа, яка його заміщує, повідомляє про це правоохоронні органи або органи виконавчої влади з питань охорони державного кордону, залежно від їх компетенції.
Органи виконавчої влади з питань охорони державного кордону та правоохоронні органи повідомляють митні органи про виявлені порушення вимог цього Кодексу або контрабанду.
Статтею 27 МК встановлено [1], що товари, які переміщуються через митний кордон України, крім митного контролю, можуть підлягати санітарно-епідеміологічному, ветеринарному, фітосанітарному, радіологічному, екологічному контролю та контролю за переміщенням культурних цінностей. Митні органи взаємодіють з органами державної влади, що здійснюють зазначені види контролю, в порядку, встановленому законодавством України.
Митне оформлення товарів, що переміщуються через митний кордон України, завершується тільки після здійснення встановлених чинним законодавством України необхідних для цього товару видів контролю, зазначених у частині першій цієї статті.
Відповідно до ст.28 МК [1] митні органи взаємодіють з органами виконавчої влади в межах повноважень, встановлених цим МК та законами України. У справі забезпечення надходження коштів до Державного бюджету України спеціально уповноважений центральний орган виконавчої влади в галузі митної справи підконтрольний Міністерству фінансів України. Митні органи інформують Національний банк України та фінансові органи України про перерахування ними коштів до Державного бюджету України,
Отже, розмежування повноважень і функціональних обов'язків між митними та іншими органами виконавчої влади України щодо справляння податків, зборів та інших обов'язкових платежів встановлюється Конституцією, цим Кодексом та іншими законами України.