Важная особенность дагестанского закона - признание республиканской организацией религиозной организации, состоящей более чем из половины, но не менее чем из трех религиозных местных организаций соответствующего вероисповедания (ст. 10, п.4). Таким образом, в Республике Дагестан не может быть зарегистрировано более одной республиканской религиозной организации одного и того же вероисповедания.
Спецификой этноконфессиональной обстановки в республике объяснялось внесение в закон нормы, запрещающей создание исламской республиканской религиозной организации по национальному признаку ( ст. 10, п.6). В Закон Республики Дагестан "О свободе совести, свободе вероисповедания и религиозных организациях" введена статья, не имеющаяся в федеральном законе: о государственном органе по делам религий РД (ст.6). Этот специальный государственный орган наделяется законом координационными, организационными, консультативными и информационными функциями. Таким органом в Дагестане является Комитет Правительства РД по делам религий, преобразованный из Управления в октябре 1998 года.
В Законе Республики Дагестан специальная глава посвящена порядку осуществления миссионерской деятельности на территории Республики Дагестан (гл.5). Осложнением религиозной ситуации в республике объяснялось введение в статью о религиозном обучении требования регистрации в государственном органе по делам религий РД контрактов (договоров), заключаемых для организации религиозного обучения граждан РД в иностранных государствах (ст.9. п.5).
Некоторые дополнения внесены в статью о праве граждан на получение религиозного образования: родители или лица, их заменяющие, независимо от права детей на получение религиозного образования, обязаны обеспечивать получение ими основного общего образования (ст.7. п.4). Дополнены требования к государственной регистрации религиозной организации. По Закону РД документы на государственную регистрацию подаются в течение 2-х месяцев со дня проведения учредительного собрания (конференции) (ст. 13.п.5).
Таким образом, Закон Республики Дагестан "О свободе совести, свободе вероисповедания и религиозных организациях" в целом закрепил гарантии обеспечения и реализации конституционных прав человека на свободу совести и вероисповеданий с учетом дагестанских особенностей.
Принятие федерального и дагестанского законов изменило порядок регистрации религиозных организаций на территории республики. Раньше местные организации регистрировались в горрайадминистрациях, а республиканские - в Минюсте. Теперь регистрацией и перерегистрацией всех религиозных организаций занимается исключительно Министерство юстиции РД.
На основе документов Министерства юстиции РФ и Минюста РД были разработаны документы, разъясняющие порядок и процедуру регистрации религиозных организаций в республике, такие, как: правила регистрации религиозных организаций, порядок делопроизводства, бланки свидетельств о государственной регистрации религиозных организаций и другие регистрационные документы.
В соответствии с Постановлением Правительства РФ от 3 июня 1998 года "О порядке проведения государственной религиоведческой экспертизы" в Министерстве юстиции РД с апреля 1999 года действует экспертный совет по проведению религиоведческой экспертизы. Сразу после принятия федерального и дагестанского законов, обязавших религиозные организации пройти регистрацию и перерегистрацию до конца 1999 года, мусульманские, христианские и иудейские организации республики приступили к этому ответственному делу. Наиболее активно проходила регистрация протестантских общин. Наличие в законах РФ и РД нормы, устанавливающей в качестве условия, необходимого для регистрации, существование организации на соответствующей территории не менее 15 лет, подтолкнуло религиозные организации, не соответствующие этому условию, к поиску путей сохранения прав юридического лица в полном объеме. Зачастую избирался вариант поиска централизованной религиозной организации, зарегистрированной в Минюсте РФ и согласной стать учредителем местной дагестанской организации.
В целом проблем с регистрацией и перерегистрацией христианских и иудейских организаций в республике не было. Мусульманские же организации, даже при отсутствии каких-либо препятствий с чьей-либо стороны, активной помощи государственных органов, не проявили необходимой заинтересованности в деле регистрации своих уставов. В результате, в положенные сроки регистрацию в Министерстве юстиции РД прошли около одной десятой всех мусульманских организаций республики.
Одной из главных целей, которые преследовались при принятии Закона Республики Дагестан "О свободе совести, свободе вероисповедания и религиозных организациях", являлось недопущение распространения в республике религиозного экстремизма. Организации фундаменталистского или так называемого ваххабитского направления, не проходя никакой официальной регистрации, действовали к этому времени во многих районах республики. Они представляли особую опасность для стабильности и мира в республике. Вся их пропаганда и деятельность были направлены на разжигание религиозного фанатизма, противопоставление их "чистого ислама" традиционно исповедуемой дагестанцами вере.
Главной целью ваххабиты провозгласили создание на территории Чечни и Дагестана исламского государства, в котором действовали бы оторванные от реалий современного общества идеализированные шариатские правила. Для достижения своих целей ваххабиты предполагали использовать все методы, не отвергая даже идею вооруженной борьбы. Несмотря на многочисленные попытки руководства республики решить проблему религиозного экстремизма мирным путем, без кровопролития, путем достижения компромиссов и развертывания идеологического противодействия крайним проявлениям религиозного экстремизма, принятые меры, комплексные мероприятия в этом плане не дали позитивных результатов.
В августе-сентябре 1999 года нападение на Цумадинский, Ботлихский и Новолакский районы нашей республики вооруженных бандформирований из Чечни под руководством ваххабитских лидеров и поддержке их со стороны ваххабитов - дагестанцев полностью разоблачило экстремистскую сущность ваххабитских организаций. 16 сентября 1999 г. НС РД приняло Закон "О запрете ваххабитской и иной экстремистской деятельности на территории Республики Дагестан".
Принятие специального закона, запрещающего конкретное религиозное экстремистское течение ваххабизм, явилось прямым следствием развязанной ваххабитами в Дагестане войны и в связи с этим требованием всего населения республики ужесточить борьбу с экстремистским течением, законодательно его запретить. Причем, если раньше борьба с ваххабизмом рассматривалась многими как чисто идейная, несовместимая с провозглашенной в стране свободой совести, то сегодня ваххабиты сами поставили себя вне закона, полностью себя скомпрометировали.
Важно отметить, что не только действия лидеров экстремистов, развязавших войну против мирного мусульманского населения, но и само учение ваххабизма носит антигуманный, антиконституционный характер, т. к. идеология ваххабизма предусматривает устройство политической жизни общества и экономики на основе идей "чистого ислама" путем захвата власти и насильственного утверждения псевдошариатского правления. Агрессивное враждебное отношение ко всем мусульманам, не принимающим ваххабитские идеи, урон, нанесенный ими исламу в Дагестане, позволяют назвать ваххабизм и антиисламским учением.
Закон о запрете ваххабизма принят, и теперь необходимо приложить все усилия для того, чтобы он действовал, исполнялся всеми структурами, каждым гражданином республики, не остался только на бумаге.
Отныне на территории Республики Дагестан запрещено создание и функционирование ваххабитских организаций. Это означает, что запрещено создание каких- либо групп или иных объединений, последователей этого экстремистского течения по всей республике. Запрещена деятельность религиозных миссий, их филиалов, учебных заведений, благотворительных и других фондов, военно-спортивных и других лагерей, отдельных физических лиц, проповедующих идеи ваххабизма или других экстремистских учений. Закон должен положить конец бесконтрольной пропагандистской деятельности зарубежных эмиссаров на территории нашей республики. Обладая огромными денежными средствами, эти организации и отдельные лица бесконтрольно вербовали в ряды экстремистов наших сограждан, вооружали их, снабжали специальной литературой.
Новый закон предусматривает запрет на изготовление, хранение и распространение любых печатных, видео-, фото- и иных материалов, содержащих пропаганду ваххабизма и экстремизма. Должен быть поставлен действенный заслон на всех путях проникновения к нам этих материалов, а имеющиеся должны быть изъяты.
До сих пор большой проблемой для республики остается бесконтрольный выезд дагестанской молодежи на учебу в мусульманские учебные заведения за рубеж. Нет полной статистики по количеству выехавших, данных о конкретных религиозных учебных заведениях, где наши юноши проходят обучение. В результате богатые ваххабитские организации берут нашу молодежь под опеку, направляют их в свои учебные заведения, оплачивают обучение. Новый Закон указывает, что обучение граждан республики в религиозных учебных заведениях за пределами РД и РФ допускается только по направлению органа управления республиканской религиозной организации, согласованному с Комитетом Правительства РД по делам религий.