Непосредственно церковными делами управлял Святейший правительствующий Синод. Его членов - церковных иерархов и обер - прокурора, фактически возглавлявшего Синод, назначал император. Синод представлял собой фактически орган отраслевого государственного управления, своего рода министерство по делам Русской православной церкви. В основных законах, утвержденных еще Павлом 1, говорилось, что «Христианская православная вера есть первенствующая и господствующая», а «Император, яко христианский государь, есть верховный защитник и хранитель догматов господствующей веры и блюститель правоверия и всякого в церкви святого благочиния. На церковь возлагалось ведение актов гражданского состояния, брак был религиозным и заключался, и регистрировался в церкви. Дела семейные (конфликты между супругами, родителями и детьми, дела о расторжении брака) рассматривались в церковных судах (епархиальных консисториях) по церковному (каноническому) праву. Преступления против веры стояли на первом месте в Уложении о наказаниях уголовных и исправительных и рассматривались как тяжелые государственные преступления. Церковь играла важнейшую роль в руководстве системой просвещения. Поэтому неудивительно, что обер - прокурор синода граф Д.А. Толстой длительное время совмещал также пост министра народного просвещения. На церковь фактически возлагались и некоторые функции полицейского надзора.
Провозглашенный во время Великой Французской революции принцип разделения церкви и государства продолжением мировоззрения эпохи Просвещения. Этот принцип утверждался также и основателями американской демократии, в данном случае вместе с комплексом идей, сформировавшихся в борьбе пуритан против британской епископальной системы. Во Франции революционное государство приняло на себя функции, прежде выполнявшиеся церковью, - воспитание, заключение брака и т.д., заменив традиционную религию секуляризированным «культом разума» - практическим эквивалентом «гражданской религии» Руссо.
С конца 18 века берут начало две фундаментальные тенденции, связанные с разделением церкви и государства. Первая тенденция, наиболее отчётливое проявление которой мы находим в Конституции США, заключается в предоставление церкви, независимой от светских властей, максимальной свободы в реализации её духовных, моральных и воспитательных задач. В Соединённых Штатах благодаря этому была создана система общедоступных церковных школ и воспитательных учреждений, религиозными организациями открыто множество университетов.
Теоретическим основанием этой веры служила марксистская концепция религии как иллюзорно-компенсаторного духовного образования, порождённого эксплуатацией и социальным отчуждением. Религия была главным препятствием установлению монополии марксизма в идейно-культурной области.
Государство терпит церковь как культовое учреждение и официально признаёт свободу совершения религиозных обрядов.
Беркен характеризует марксистскую идеологическую монокультуру как «современный мирской вариант теократии». Советская идеология, считает Беркен, это уникальное сочетание философских и религиозных воззрений: «Квазирелигиозный характер советской коммунистической идеологии становится главным общим знаменателем в процессе многих критических исследований коммунизма».
В 1922 г. в Политбюро ЦК РКП(б) была создана специальная «Комиссия по проведению отделения церкви от государства», позже переименованная более откровенно в «Антирелигиозную комиссию». В массовом количестве закрывались церкви, начались карательно-пропагандистские антирелигиозные акции. 23 февраля 1922 года ВЦИК издал декрет о принудительных изъятии церковных ценностей.
Религиозность стала рассматриваться как разновидность гражданской неблагонадёжности и неполноценности.
В результате отделения от государства церковь приобрела столь желанную внутреннюю духовную свободу, но её внешнему институционному существованию угрожало разрушение. Все аспекты церковной реформы отступили на задний план перед главным вопросом: удастся ли церкви выжить как институту.
После смерти Патриарха Тихона в 1925г. советское правительство запретило выборы нового патриарха.
Посланием митрополита Сергия от 27 июля 1927г. определило отношение церкви к государству. Она окончательно подпала под власть государства. К началу второй мировой войны церковная организация была практически полностью ликвидирована повсеместно.
Начало войны с фашисткой Германией открыло новый этап в истории церковно-государственных отношений. Советское правительство пересмотрело свою антицерковную политику, а Русская православная церковь вступила в период существенного восстановления.
Поворот в сталинской политике в отношении церкви приходится на 1943 г., когда состоялась его встреча с духовенством. Церковь как институт получила возможность восстановления. Впервые после 1926 г. церковному Синоду было разрешено выбрать патриарха. В то же самое время СНК СССР учредил новый Совет по делам Русской православной церкви, который должен был представлять в правительстве интересы церкви.
В январе 1945 г. был принят новый устав, восстанавливающий организационную основу Русской православной церкви. В1946 г. вновь были открыты семинарии.
Однако при этом Русская православная церковь должна была, безусловно, поддерживать внутреннюю и внешнюю политику правительства. Руководители церкви даже присвоили Сталину титул «духовного вождя» и «истинного защитника церкви».
В 1945 г. был созван Поместный собор, на котором был избран новый патриарх Алексий (Симанский), и Русская православная церковь вновь вернулась в лоно морового православия.
Дальнейшая деятельность Русской православной церкви тесно связана с «борьбой за мир». Ко времени смерти Сталина церковь вновь обрела в обществе и государстве духовную силу, но затем последовали новые испытания [14, с.127].
Эпоха умеренного ослабления напряжения в отношениях между государством и церковью окончилась с развертыванием Хрущевым в 1959 г. антирелигиозной кампании, которая длилась до конца 1964 г. Курс на победу коммунизма, провозглашенный Н.С. Хрущевым, предполагал ликвидацию религии. Московская патриархия, как и вся Русская православная церковь, рассматривалась в известном смысле как пережиток сталинизма, который должен быть устранён [15, с.69].
За пять лет церковь потеряла большинство прав, полученных во время войны. Начавшееся с 1959 г. преследования церкви привело к утрате ею 2/3 её институтов (из 22тыс. храмов и 69 монастырей, существовавших к 1958 г., осталось 10 тыс. храмов и 16-17 монастырей; в брежневское время число храмов уменьшилось до 7 тыс.). Единственным положительным моментом было лишь возобновление в этот период международных контактов Русской православной церкви с другими церквями. Новая политика руководителя партии и государства М.С. Горбачёва привела к более терпимому отношению к религии и существенно улучшила взаимосвязи между государством и Русской православной церковью [16, с.84].
Говоря об истории развития государственно-конфессиональных отношений, можно выделить следующие основные этапы. Первый этап охватывает период от Крещения Руси до начала 17 века, когда был создан первый централизованный орган по церковным делам в России - Монастырский приказ. Особенностью первого этапа является отсутствие специальных государственных органов по контролю за религиозными объединениями. Конец первого этапа характеризуется заинтересованностью церковных людей в передаче определенной части церковной власти в руки государства, прежде всего полномочий в области суда.
Принятие Соборного уложения 1649 года явилось началом второго этапа, который завершился заменой института Патриаршества синодальной формой управления Церковью в 1721 году. Он характеризуется значительным расширением полномочий Монастырского приказа от права суда по незначительной части церковных дел до большого увеличения пространства суда по делам, традиционно находившимся в ведении Церкви, контроля за финансами Церкви, за ее издательской деятельностью, за переходом монахов в другие монастыри, установлением дисциплинарной власти государства над духовенством и пр.
Третий этап характеризуется установлением более полного экономического, политического и организационного контроля государства за деятельностью религиозных объединений, которое выразилось в распространении власти светских чиновников на вопросы внутренней жизни конфессий. Высшие органы управления Русской Православной Церкви перешли в ведение государства, произошло слияние церковных и государственных институтов. Для контроля за инославными и иноверными религиозными объединениями создавались специальные органы в различных государственных ведомствах. Эти органы менялись на протяжении всего третьего этапа, который завершился с падением монархии.
Четвертый этап развития государственного управления в религиозной сфере относится к периоду Временного правительства. На этом этапе был образован новый орган по делам религиозных объединений - Министерство по делам исповеданий. Данный этап отличался своей неоднозначностью: с одной стороны, государство продекларировало невмешательство в дела религиозных объединений, предоставив им право самостоятельно решать вопросы внутреннего управления; с другой - нарушало права конфессий, осуществляя политику секуляризации некоторых видов имуществ, находящихся в собственности религиозных объединений.
Следующим - пятым - этапом развития деятельности государственных органов по вопросам религиозных объединений, явился советский период, который завершился с упразднением в 1990 году Совета по делам религий СССР. К правовым проблемам этого периода следует отнести нарушение государственными органами принципа отделения государства от религиозных объединений, которое выразилось в активном вмешательстве власти во внутреннюю жизнь конфессий и преследованиях верующих. При реализации политической линии советского руководства, направленной на искоренение к религиозной жизни в стране, значительную роль играли центральные и местные органы по делам религий [17, с.68].