1725 р. святитель Інокентій отримав указ Святійшого Синоду, яким йому дозволялося виїхати в Іркутськ і там очікувати наступних вказівок. В Іркутську він оселився у Вознесенському монастирі, де займався «обробкою відведеного йому городу, бесідами з інородцями й дітьми».7
15 січня 1727 р. владика одержав призначення на кафедру єпископа Іркутського й Нерчинського. Відтоді діяльність місіонерів Східного Сибіру стала успішнішою. Святитель Інокентій був «першим благодатним світильником і духовним збирачем» Східного Сибіру.8
Ми вже відзначали труднощі, з якими зіштовхувалися Тобольські ієрархи, але тут ситуація була ще гіршою. Тобольська кафедра була більш-менш облаштованою, а в Іркутську все починалося практично з нуля. Близькість китайського кордону, обширність і малозаселеність єпархії, численні народи, не просвічені Христовою вірою, бездоріжжя та бідність — усе це робило архіпастирську працю важкою, а життя надзвичайно скрутним. Першою проблемою, що постала перед святителем Інокентієм, була відсутність житла в Іркутську. Дім, подарований єпископу Варлааму дворянином Перфільєвим, було забудовано м’ясними рядами. Єпископу Інокентію залишилося тільки тулитися у Вознесенському монастирі. Але монастир стояв за широкою та швидкоплинною річкою Ангарою, переправа через яку була важкою, інколи небезпечною, а в окремі місяці просто неможливою.
25 вересня 1727 р. святитель звернувся в Магістрат із проханням про дозвіл оселитися в будинку колишнього бургомістра Михайла Сухова, але йому відмовили. Ще рік тривало клопотання про надання помешкання, але тільки після від’їзду графа Сави Владиславовича, посла її імператорської величності, котрий гальмував влаштування єпископа, воєвода Ізмайлов дозволив зайняти будинок, але не Сухова, а зовсім скромний боярина Єлєзова, де архіпастир так і не оселився.9 Отак, замість того, щоб спрямувати всі свої зусилля на розбудову єпархії, святитель, через бюрократизм і байдужість влади, мусив марнувати час на власне влаштування.
Які маємо відомості про фінансове забезпечення першого Іркутського єпископа? Відомо, що Тобольський Митрополит через свого приказного Слопцова виділив єпископу Інокентію на його утримання 104 рублі 42 коп. на рік. Враховуючи віддаленість і дорожнечу на всі життєві потреби, ця сума була критично мізерною. Треба зважити на те, що на забезпеченні єпископа був великий почет із 12 чоловік, а саме: ієромонах Лаврентій, двоє ієродияконів — Тарасій і Серафим, іподиякон — Єгор Рещіков, троє хористів, п’ятеро піддяків. Усіх їх було призначено з єпископом Інокентієм у Пекін, і тепер вони, не відкріплені від нього, вимагали і їжу, і одяг. Правда, вони були потрібні для архієрейського служіння.10 Отакою була матеріальна база єпископа-місіонера.
Наглядач Тобольського архієрейського приказу Никифор Слопцов за наказом митрополита Тобольського передав новому архіпастирю в управління ті самі церкви й монастирі, якими раніше опікувався єпископ Варлаам, вікарій Тобольської Митрополії, але чомусь без Керенського та Якутського монастирів, міст Якутська й Ілимська з уїздами, які належали до Іркутської провінції, і навіть без Селенгенського Троїцького монастиря, розташованого в середині Іркутської єпархії.
До складу новоствореної єпархії ввійшли в місті Іркутську 9 церков, а саме: Соборна Спаська і Богоявленська — обидві камінні та п’ять парафіяльних дерев’яних. В Іркутському дистрикті 15 церков. За Байкалом — Преображенський Посольський монастир і 13 парафіяльних церков. У Нерчинському заказі: у місті Тройце-Воскресенська а в уїзді 6 парафіяльних церков. Отже, в управління єпископа Іркутського від Тобольської митрополії відійшло 43 церкви, з них Іркутська Спаська, Богоявленська й у Нерчинську Тройце-Воскресенська називалися соборними, і 3 монастирі: Вознесенський, Знаменський і Посольський Преображенський.
З передачею церков і монастирів, Слопцов передав Преосвященному Інокентію багато незакінчених ним слідчих справ, зокрема скаргу провінціал-інквізитора Ієвлєва та братії Вознесенського монастиря на архімандрита Антонія Платковського. Причиною незавершеності останньої справи, за словами Слопцова, був від’їзд Платковського в китайське прикордоння до надзвичайного посланника.11
Перед відкриттям Іркутської єпархії Тобольські ієрархи керували нею за допомогою розпоряджень через Монастирський Вознесенський приказ й Іркутських заказчиків, а з 1720 р. через архімандрита Антонія Платковського, а в разі його відсутності через намісника Вознесенського монастиря ієромонаха Корнилія, а потім ігумена Пахомія. Взявши управління єпархією, єпископ Інокентій утворив, за прикладом інших єпархій, архієрейський приказ, до якого ввійшли: ігумен Пахомій, приказний наглядач Олексій Попов, підканцелярист Єгор Рещіков, і найманий писар Артемон Шликов. Система інквізиторства змусила святителя Інокентія ввести до складу єпархіального управління інквізитора для нагляду за духовенством і для присутності при розгляді слідчих справ особливої ваги. (Синод у перший рік свого заснування (1721) вирішив, наслідуючи державні управлінські структури, призначити протоінквізитором Пафнутія, ієромонаха Данилового монастиря. У єпархіях узаконено бути в кожній по-одному провінціал-інквізитору з чернечого чину, котрих затверджував Синод. Провінціал-інквізиторам було дано право в монастирях і підпорядкованих їм містах і заказах від себе призначити інквізиторів. Інструкція для церковної інквізиції складалася з 47 пунктів, з яких особливо вражають шість перших, де не тільки прото- і провінціал-інквізиторам надавалося право стежити за єпархіальними архієреями: як вони ведуть своє життя, чи в усьому чинять за правилами й духовним регламентом, чи віддають достойну честь Синодові тощо. Більше того, у разі якоїсь підозри на архієрея інквізитор зобов’язувався нагадувати про це архієреєві для виправлення, а якщо не виправлятиметься, то необхідно було донести провінціал-інквізитору, а той – протоінквізитору, а останній – у Синод.)12
Святитель невтомно працював над упорядкуванням єпархії, зміцненням її духовного життя, про що свідчать його численні проповіді, архіпастирські послання й розпорядження. Іркутський єпископ за кожної нагоди нагадував, що священик неодмінно повинен удосконалюватись у Законі Божому, регулярним читанням Святого Письма і творів Святих Отців Церкви. Священиків святитель закликав навчати свою паству православної віри, побожної вдачі, любові до своєї землі та традицій. В одній із своїх промов до пастирів, владика казав, що вони повинні старанно будувати дім Божий, оздоблювати його всілякою красою, особливо його прикрашати шляхетними прикладами свого життя та проповіддю слова Божого, що є найвищою окрасою Церкви.
Не випадково стільки уваги приділяв святитель настановам священиків. Саме вони мали змінити ситуацію в духовно-релігійному житті сибіряків. А миряни цієї єпархії були, здебільшого, дуже грубі й мали різні ганджі. Декотрі захоплювалися буддизмом чи поганськими забобонами або звичаями, інші, приміром, купці — прогулювали або програвали свої багатства. Тож аби подолати в побуті пастви ці негативні явища й утвердити в її житті правдиве розуміння заповідей Господніх, святителеві довелося багато навчати своїх пастирів, формуючи їх, а також безпосередньо навчати паству, закликаючи зберігати святість подружньої вірності, заохочував зберігати встановлені Богом і Церквою пости, християнські свята справляти не пияцтвом і обжерливістю, а молитвою, чистою та духовною радістю.13
Єпископ Інокентій Кульчицький доклав чимало зусиль для налагодження навчального процесу духовної школи, заснованої в Іркутському Вознесенському монастирі архімандритом Платковським. Її святитель Інокентій застав такою: учнів було набрано з усіх станів, зокрема й селянських дітей, причому силоміць. Зібрати учнів для новоствореної школи було нелегко, бо місцеве духовенство відмовлялося віддавати дітей навчатися навіть під загрозою штрафу. При цьому в батьків брали письмове зобов’язання, що їхні діти «доки не вивчаться, не відійдуть й не втечуть без відома архієрея».14 Новий владика на прохання батьків звільнив селянських дітей, решта учнів займалася в побудованій Платковським на косогорі, навпроти монастирських стін, будівлі, яка поділялася на дві половини. Учителем було призначено вихідця з Монголії, котрий не знав російської мови. Це був лама Лапсан, його знайшов Платковський, запропонувавши цю посаду з окладом 130 рублів на рік, з відведенням пасовищ для приведеного ним табуна коней. Тому цю школу називали монгольською. Тільки на перший погляд здається дивним призначення лами вчителем православних дітей. Це рішення мало на меті підготовку місіонерів для проповіді серед буддистів.15
Учитель Лапсан мав при собі помічника, напевно з новохрещених, Миколая Щолкунова. Для цього працівника святитель додав ламі до зарплатні ще 50 р. Оскільки ні лама, ні Щолкунов не могли викладати уроки російською мовою, то преосвященнійший знайшов перекладача, якогось Івана Пустиннікова, котрий спочатку навчався в Іркутській монгольській школі, а потім Платковський відправив його за Байкал для вдосконалення. Йому було призначено на рік 10 рублів зарплати й утримання за рахунок монастиря.
Лапсан заявив єпископові, що книги монгольські, придбані для школи так зіпсувалися, що вчити за ними неможливо. Стараннями владики, книги протягом року було переписано, а позичені оригінали повернено за Байкал їхнім власникам селенгінському Таймі та ще якомусь Іванові Мостиніну з подякою від єпископа Інокентія.16
Проте цим не обмежилася діяльність освіченого ієрарха стосовно поширення світла науки. На початку 1728 р. він приступив до відкриття при Вознесенському монастирі іншої — слов’яно-руської школи, не відокремленої від першої. Учні розмістилися в одній будівлі разом із монгольськими. Новостворене училище дістало назву Монголо-Руського. Це було початком історії Іркутської Семінарії.