Однак вироблена в академії система шкільництва, що ґрунтувалася на поєднанні українсько-візантійських традицій та певних досягнень європейської педагогіки та науки, не зникла безслідно. Сформований тут тип національного вищого навчального закладу православного спрямування — слов’яно-греко-латинська академія — був перенесений до Києва (1632), звідки поширився в Молдавське князівство (Ясси, 1640 р.), а після декількох невдалих спроб — і до Москви (1687).
Виняткове значення Острога полягало в тому, що більшість культурно-освітніх та релігійних діячів тогочасної України і Білорусі були пов’язані з ним походженням, навчанням, участю в політичних та культурницьких акціях центру. Серед знаних випускників академії — острожани ректор Сава Флячич, брати Наливайки — Северин (козацький керівник) та Дем’ян (острозький літератор), Стефан Смотрицький (острозький книжник) та його брат Мелетій (відомий письменник), коректор Печерської друкарні Тарасій Земка, ректор Гойської школи, а згодом і Києво-Могилянської академії Ігнатій Старушич, а також відомі православні аскети Йов Княгиницький та Афанасій Межигірський, патрон українського шкільництва, гетьман Петро Сагайдачний, хроніст Йоаким Єрлич [59, 48-52].
Протягом 60-річної діяльності Острозької академії (1576 — 1636) її закінчило не менше як 500 осіб. Вихованці академії ставали вчителями, літераторами, друкарями, проповідниками, секретарями в державних та приватних установах. Деякі з них були впливовими релігійними діячами. Вперше учительський стан поповнився не учнями дяківських шкілок, а професійними викладачами з новим світоглядом, значно ширшими знаннями. А це мало наслідком відчутне підвищення рівня освіти всього суспільства, її демократизацію. Академія відіграла і значну політичну роль: до певної міри стримувала полонізаторський вплив на молодь католицько-єзуїтських навчальних закладів, сприяла утвердженню національної свідомості серед всіх верств українського народу. Непересічним є внесок її діячів у становлення вітчизняного мовознавства як науки. Став Острог і впливовим центром міжнародного спілкування. Згодом, освітня і культурна роль Острозької академії перенеслася в Києво-Могилянську академію, яка була заснована при братській школі Києво-Печерської лаври.
Одним з найцікавіших феноменів української культури XVII — XVIII ст. стала школа, яку сучасники називали колегіумом (колегією), або — на пошану її фундатора — Києво-Могилянським колегіумом, згодом Києво-Могилянською академією.
Деякі автори дотепер повторюють погляд істориків середини XIX ст., що школа при братстві Богоявлення в Києві вже існувала наприкінці XVI ст., а в 1588 — 1589 рр. була перетворена патріархом Єремією зі скромної братської школи на колегіум. Однак ряд документів засвідчує, що як братство, так і школа в Києві були організовані в 1615 — 1616 рр. Першими ректорами братської школи були Іван Борецький (пізніший митрополит Йов), Мелетій Смотрицький, а в 1620 — 1624рр. Касіян Сакович. [1, 14-16]]
1627р. архімандритом Києво-Печерської лаври став Петро Могила. Він задумав влаштувати школу при лаврі, причому більшою мірою, ніж братство, наслідував західноєвропейські зразки. Можливість конкуренції з братською школою нової школи, яка була б цілком під контролем києво-печерських ченців, викликала незадоволення серед населення Києва, козаків і пов’язаного з ними духовенства. Формальним записом до братства архімандрит прагнув усунути опозицію братчиків проти його плану створити вищу школу в лаврі, а не при братстві, як це заповідав фундатор братської школи Борецький. Перебуваючи в червні того ж року у Львові, Могила запросив звідтіля до Києва Ісаю Трофимовича-Козловського і Сильвестра Косова на посади вчителів[64, 15].
Незабаром школа в Києво-Печерській лаврі відкрилась і Ісая Трофимович-Козловський став у ній ректором і професором філософії, а Сильвестр Косов — префектом.
Під тиском братства, від імені якого виступили українські шляхтичі Київщини, духівництва на чолі з митрополитом Ісайєю Копинським та запорозьких козаків (лист від імені гетьмана Івана Петражицького підписав Сава Гробневський) Петро Могила змушений був погодитися на злиття лаврської школи з братською, причому об’єднана школа 1632 р. стала функціонувати на Подолі, на місці колишньої школи братства. Братство визнало Петра Могилу фундатором школи і погодилося підпорядковуватися йому як старшому братові і покровителеві.
Таким чином, справа скінчилася компромісом. Щодо місця школи було виконано побажання Борецького, міщан, козаків, але фактично це був тріумф засад Петра Могили, який надалі визначав характер і напрям об’єднаної школи. Цю школу і пізніше часто називали Києво-братською школою (колегіумом), згодом — Києво-Могилянським колегіумом, ще пізніше, з 1701р. — Київською академією (за традицією її називали ще Києво-Могилянською академією)[64, 22].
На відміну від колишньої братської школи, в Могилянській колегії вчителями були не світські люди, а ченці братського Богоявленського монастиря. До речі, й сам монастир нерідко називали духовним братством, або й просто братством, хоч, ясна річ, це не було братство в традиційному для української науки значенні слова. Ректором колегіуму став архімандрит Богоявленського монастиря, — і цей порядок зберігся надалі. Як вказувалося, при організації колегіуму він був підпорядкований Могилі як "старшому братові". В грамотах митрополита Ісайї Копинського і "військовому листі" запорозького війська було застереження, що патронат над братством і школою визнається за Могилою за його особисті заслуги і не має переходити на наступних архімандритів лаври. Незабаром (1633) архімандрит Петро Могила став ще й Київським митрополитом; після його смерті Києво-братський монастир і колегіум (академія) фактично підпорядковувалися наступникам Могили на митрополичій кафедрі, хоча вони вже й не називалися старшими братами.[1, 47]
Хоч Київський колегіум та пізніша академія і не можуть вважатися братськими школами, вони зберегли чимало з традицій своєї попередниці — братської школи, яка існувала протягом 1615 — 1632 рр. Серед студентів академії значний відсоток становили вихідці з міст усіх частин України. Вона стала загальноукраїнським всестановим вищим навчальним закладом і згуртувала навколо себе найвідоміших культурно-освітніх діячів, вчених, літераторів. Саме завдяки діяльності академії та Києво-Печерської друкарні Київ знову став найвизначнішим культурним осередком України.
Університетський рівень Київської школи відзначали також західноєвропейські автори XVII — XVIII ст. Відомий французький інженер і картограф Ґійом Левассер де Боплан, який перебував у Києві в 30-х рр. XVII ст., зазначав у своєму "Описі України", що у Києві на Подолі в братській церкві міститься "університет або академія, яку вони називають "Братською церквою". Англієць Джон Белл, побувавши в Києві 1737 р., підкреслював, що "Київський університет користується великим авторитетом у цих краях"[78, 23-24].
Як і тогочасні європейські університети, Києво-Могилянський колегіум брав участь в організації філіальних шкіл, де викладання велося за програмою Київської колегії — "ведле порядку школ києвских". Зокрема, філією Київської колегії були засновані в 1634 р. школи при Вознесенському монастирі у Вінниці і при Богоявленському монастирі у Крем’янці. В 1639 р. Вінницька школа перейшла до містечка Гоща, де раніше була аріанська школа. Власниця цього містечка княгиня Раїна Соломирецька заснувала і забезпечила відповідними фондами Михайлівський монастир з умовою, щоб при ньому діяла школа. Високий рівень викладання в цій школі видно хоча б з того, що ректорами її були такі високовчені професори, як Ігнатій Оксенович Старушич і Інокентій Гізель [78, 26].
З актів польської адміністрації видно, що польський уряд, діючи в інтересах католицької церкви та її навчальних закладів, прагнув не допустити до створення української латиномовної школи вищого рівня та її філій. З цією метою король Владислав IV не дозволив викладати в Київській колегії та її філіальних школах тих предметів, вивчення яких вважалося прерогативою вищих навчальних закладів, і забороняв викладання латинською мовою.
1636 р. сейм під тиском козаків і православних шляхтичів дозволив вивчати в Київській колегії мови й науки, однак не далі початкових ступенів філософського циклу — діалектики й логіки. Викладання богослов’я, яке було необхідне для формального визнання школи академією, заборонялося.
1658 р. за умовами Гадяцького договору козацька старшина добилася від польського уряду дозволу на відкриття в Україні двох академій — Київської та ще однієї. Ця угода не набула чинності. Все ж поступово викладання в колегіумі досягло рівня вищого навчального закладу гуманітарно-риторичного спрямування, що пізніше було формально визнано в царських грамотах 1694 і 1701 рр.[1, 69]
За своєю ідеологічною спрямованістю Києво-Могилянський колегіум, як і Львівська братська школа, сприйняв засади тримовності, успадковані від Острозької греко-слов’яно-латинської школи. Проте на відміну від своїх попередників Києво-Могилянський колегіум був стабільним, юридично забезпеченим і матеріально незалежним навчальним закладом, і це стало запорукою його тривалості.
Стабільність існування забезпечували значні кошти, що їх Петро Могила заповів Києво-Братському Богоявленському монастиреві спеціально на утримання колегіуму [64, 39-40].
Хоч мова викладання була латинською і за формами та основним змістом навчання колегіум мало відрізнявся від католицьких і протестантських шкіл подібного рівня, в ньому на той же час підтримувалася греко-слов’янська традиція, насамперед шляхом участі у літургічній практиці.
Структура Києво-Могилянського колегіуму була подібною до структури братської і лаврської шкіл. Після закінчення класів ("шкіл") інфіми, граматики, синтаксими, поетики, риторики, учні вивчали філософію. Наприкінці 30-х рр. курс її був трирічним, але пізніше викладання філософії обмежувалося двома роками. В курсах філософії, зокрема при викладі фізики й метафізики, розглядались і богословські питання, в тому числі про походження душі, її безсмертя, про Бога й ангелів. Окремий клас ("школа") богословів був організований наприкінці XVII ст.[1, 54-56]