Познакомившись с наказом Екатерины, Комиссия приступила к чтению депутатских и прослушала несколько крестьянских наказов. Не закончив, она перешла к чтению законов о дворянстве, а затем о купечестве, не закончив, Комиссия занялась вопросом о правах остзейских дворян, но, не доведя до конца ни одного из этих дел, в конце 1767 года Комиссию перевели в Петербург, где она также переходила от одного предмета к другому. Одни из депутатов были не согласны с некоторыми статьями в «Наказе», другие же на оборот были более чем согласны, таким образом, в долгих дискуссиях по разным статьям «Наказа» комиссия проработала больше года. Екатерина чувствовала неуспех дела, старалась ему помочь, посылала наставления в Комиссию. Так ничего и не добившись, на ряду с другими препятствиями и оценив обстановку, Екатерина под предлогом войны с Турцией, в конце 1768 года на время распустила членов общего собрания Уложенной комиссии, оставив при этом некоторые частные комиссии, которые работали до 1774 года. Подготовительные работы не прекратились, но их обсуждение в общем, собрании было отсрочено. Это был правильный шаг в ходе законодательных работ, но с 1775 года. Екатерина стала забывать о своей Комиссии и решила повести свою законодательную деятельность без её участия. Блестящие и широкие планы не осуществились, затея нового законодательства не удалась.
Но, несмотря ни на что, екатерининская Комиссия имела важные последствия для последующей деятельности императрицы. В этом плане большую роль сыграло собрание депутатов 1767-1768 годов. Депутаты привезли массу наказов, их выступления были сохранены в архивах Комиссии, таким образом, мнения, как сословий, так и отдельных избранных ими лиц о предметах, интересовавших Екатерину, были высказаны. Сохраняя свои принципы, Екатерина знала теперь мнения и желания русского общества и могла их изучать обстоятельно. По её собственному признанию, Комиссия подала «свет и сведения обо всей империи, с кем дело имеет, и о ком печься должно». С неудачей Комиссии не умирало её дело. Если оно не удалось депутатам, то могло быть по силам императрице.
Для Екатерины время работы комиссии не прошло бесследно, на основании многих предложений членов комиссии Екатерина сделала аналитические выводы и таким образом предопределила законодательную политику России на будущие года. Она принялась по частям выполнять свой план, издала ряд отдельных законоположений, одна из которых грамота сословиям 1785 года.
В 1775 году был издан манифест, дозволявший свободное заведение любых промышленных предприятий. В том же году была осуществлена губернская реформа.
Также в 1775 году для того, чтобы легче было управлять государством, Екатерина издала «Учреждения для управления губерний», укрепившие бюрократический аппарат власти на местах. Губернские учреждения императрицы Екатерины составили эпоху в истории местного управления России. По «учреждениям о губерниях» в 1795 году была организована 51 губерния, теперь губернии стали делиться прямо на уезды, в каждой губернии было от 300 до 400 тысяч жителей, а в уезде - от 20 до 30 тысяч. При большей дробности новых административных округов нужно было и больше административных центров. В результате этого, возникло много новых городов, созданных искусственно. Изменив областные границы, «учреждение о губерниях» изменило и устройство областного управления.
Теперь в каждом губернском городе были установлены:
- Губернское правление во главе с губернатором. Оно имело административный характер, представляло правительственную власть, являлось ревизором всего управления, губернаторы избирались самой императрицей из русских вельмож;
- Уголовная и гражданская палата - высшие органы суда в губернии;
- Казенная палата - орган финансового управления (все эти учреждения имели коллегиальный характер, но реально вся власть принадлежала губернатору);
- Верхний земский суд - судебное место для дворянских тяжб и для суда над дворянами;
- Губернский магистрат - судебное место для лиц городского сословия по искам и тяжбам на них;
- Верхняя расправа - судебное место для однодворцев и государственных крестьян (эти суды имели коллегиальный характер, состояли из председателей - коронных судей и заседателей, представителей того сословия, делами которых занималось учреждение; они считались сословными, но действовали под руководством коронных чиновников);
- Совестный суд - для решения тяжб и для суда над невменяемыми преступниками и непреднамеренными преступлениями;
- Приказ общественного призрения - для устройства школ, богаделен, приютов и т.п. (в обоих этих местах председательствовали коронные чиновники, заседали представители всех сословий, не будучи сословными, эти учреждения не были бюрократическими).
В каждом уездном городе находились:
- Нижний земский суд - ведавший уездную полицию и администрацию, состоявший из исправника (капитана-исправника) и заседателей; и тот, и другие избирались из дворян уезда. Исправник считался начальником уезда и был исполнительным органом губернского управления;
- Уездный суд - для дворян, подчиненный Верхнему земскому суду;
- Городской магистрат - судебное место для горожан, подчиненное губернскому магистрату (городская полиция была вверена коронному чиновнику - городничему);
- Нижняя расправа - суд для государственных крестьян, подчиненный верхней расправе.
Все эти учреждения по своему составу были коллегиальными и сословными местами (из лиц того сословия, делами которого ведали); только председатель нижней расправы был, назначаем от правительства.
Кроме перечисленных учреждений следует заметить еще два: для попечения о вдовах и детях дворян была установлена Дворянская Опека (при каждом Верхнем земском суде), а для призрения вдов и сирот горожан сиротский суд (при каждом городом магистрате). И в том и другом учреждении членами были сословные представители. В Дворянской Опеке председательствовал предводитель дворянства, а в сиротском суде - городской голова.
Такова была система местных учреждений Екатерины II. При обилии новых учреждений выдерживается модный в XVIII веке принцип разделения ведомств и властей: администрация в них отделена от суда, суд - от финансового управления. Местные общества получили, на сословном принципе, широкое участие в делах местного управления. Местная администрация приняла вид земского самоуправления, под контролем немногих правительственных лиц и бюрократических органов. Екатерина думала, что она достигла своих целей. Падение прежней системы в центральном управлении произошло при правлении Павла I и закончилось учреждением Министерств при Александре I.
Такими были главные реформы Екатерины в управлении. За исключением двух учреждений (совестного суда и приказа общественного призрения), все остальные были органами какого-нибудь одного сословия. Самоуправление получило строго сословный характер: оно не было новостью для горожан, зато громадной новостью было для дворянства.
В 1773 году во время войны с Турцией вспыхнул новый виток недовольства крестьян, что вылилось в «Крестьянскую войну» под предводительством Емельяна Пугачева. В основном в этой войне принимали участие казаки. Но потом к ним присоединились крепостные крестьяне, мастеровые, рабочие и т.д. Всех их объединяла ненависть к крепостническим порядкам. За период войны Е.Пугачев издал один из самых ярких манифестов, где призывал освободить всех крепостных и всем раздать земли без покупки и без оброка.
В 1775 году войско Е.Пугачева было разгромлено, он и его ближайшие сторонники бежали, но зажиточные казаки захотели заслужить милость императрицы, и выдали его властям.
10 января 1975 года сам Емельян Пугачев и его сторонники были жестоко казнены и пущены на плотах с виселицами по всем рекам на устрашения народа, дабы больше не было попыток восстания против власти.
Крестьянская война провела четкую разграничительную линию в расстановке социальных сил: в борьбе с мятежным крестьянством главную опору самодержавию составило дворянство. Но во враждебном крестьянству лагере оказались также купцы и промышленники. Этот факт едва ли не убедительнее всего характеризует низкий уровень развития капиталистических отношений и такой же низкий уровень классового сознания формировавшейся буржуазии. Получая привилегии от феодального государства, используя ресурсы крепостнической системы, купцы и промышленники не выступали ни против самодержавия, ни против крепостничества. Более того, купцы и промышленники в Уложенной комиссия, как отмечалось выше, требовали не ликвидации дворянских привилегий и буржуазного равенства, а предоставления их им самим.
Плоды «истинного торжества» вкусило, прежде всего, дворянство. Вместе с тем правительство оценило верность старым порядкам промышленников и верхушки купечества. Правительственная политика ближайших десятилетий была нацелена на удовлетворение чаяний дворянства и купечества.
Правительство организовало специальные банки, выдававшие ссуды помещикам и заводчикам для восстановления хозяйства на крайне выгодных условиях - ссуду они получали сроком на 10 лет под заклад вотчин и заводов, причем в течение первых трех лет из 1%, а остальных семь лет из 3% годовых.
Крестьянская война обнаружила слабость местных органов власти, неспособность их собственными силами поддерживать «тишину». Именно поэтому заботы императрицы были направлены на совершенствование областной администрации, реформирование которой намечалось провести еще до крестьянской войны.