З початком війни російське командування відчуло гостру потребу у збільшенні свого військового контингент, особливо за рахунок бійців, що добре знали театр воєнних дій і противника та бойові якості яких були загальновідомі. Тому уряд змушений був звернутися до колишніх запорожців, які лишилися в Україні. Восени на базі утвореного у 1783 р. полку запорозьких козаків (один з заходів російського уряду, спрямованих на повернення задунайських козаків до Росії) почалося формування козацького війська. Указом від 22 січня 1788 р. воно одержало назву Війська вірних козаків, у противагу „невірним” задунайським запорожцям. Очолили його колишні запорозькі старшини. Кошовим було призначено Сидора Білого, суддею Антона Головатого, кіннотою командував Захар Чепіга.
Незабаром за героїзм і мужність, виявлені у боях в Причорномор’ї, в тому ж 1788 р. воно було перейменовано в Чорноморське козацьке військо.
Ще в ході війни, в 1790 р., Кіш Чорноморського козацького війська розділив територію між Бугом і Дністром, яку заселяли козаки, на три полкових паланки (окружні управління) – Подністрянську, Березанську, Кінбургську (тепер Одеська, Миколаївська та Херсонська області). Вони очолювалися призначеними Кошем старшинами і паланковими полковниками. Кожна паланка включала в себе декілька козацьких поселень.
Так, на території, яку займала Подністрянська паланка, виникли поселення чорноморців по Дністру: Біляєвка, Калаглія, Кучургани, Глинна, Чобручи, Незавертай, Головківка, Аджидер, Яська та багато інших. За далеко не повними даними, на 1792 р. у По дністрянській паланці існувало 30 селищ, в яких проживало близько 1500 козацьких родин. В Кінбургській паланці ж було всього біля 150 родин. Крім того, виникло багато хуторів і поселень при риболовецьких заводах, по річках та лиманах.
Центром Чорноморського козацького краю і Подністрянської паланки стала Слободзея, де проживало 130 козацьких родин. Тут знаходилася військова резиденція.
Після виходу у Дунай російської армії з весни 1791 р. Чорноморському війську були віддані для рибальства великі ділянки дунайського узбережжя від Кілії до Вилкового і далі до моря.
В 1791 р. була скінчена російсько-турецька війна. В 1792 р. царський уряд прийняв рішення про переселення чорноморців на Кубань для несення служби по Чорноморській кордонній лінії (по правому берегу Кубані).
Та переселені були не всі чорноморці. Частина залишилася на Херсонщині, відігравши політичну роль в економічному освоєнні цього регіону. На початок 1805 р. в Херсонській губернії нараховувалося декілька тисяч козаків. Багато їх оселилося на околицях Одеси та в близьких до неї хуторах. Вони були приписані до Чорноморської гребної флотилії і використовувалися „для устроения Хаджибея”.
Інша частина чорноморців шукала удачі за Дністром. Вихід чорноморських козаків за Дністер, що почався в 90-х рр. ХУІІІ ст., не припинився до самого початку війни 1806-1812 рр.
Усть-Дунайське Буджацьке козацьке військо.
На початку ХІХ ст. відносини між Росією та Туреччиною настільки загострились, що привели до війни 1806-1812 рр. В листопаді-грудні 1806 р. російські війська оволоділи Бессарабію, за виключенням Ізмаїла. Вихід в цей район поставив перед російським командуванням питання про взаємовідносини з біглим сюди українським і російським населенням і задунайськими запорожцями. Зокрема, у фортеці Браїлів, що була оточена російськими військами, знаходилося до трьох тисяч дунайців. Генерал-лейтенант О.Ф.Ланжерон, який командував корпусом на Дунаї, писав в січні 1807 р., що задунайські козаки можуть „наносити шкоду більш, ніж турки і татари”. Тому російське командування вжило низку заходів, щоб залучити задунайських запорожців на свій бік, обіцяючи їм всі пільги, якими користуються чорноморці на Кубані. Все це мало певний ефект. Збігле населення було зацікавлене в легалізації свого положення, а задунайські запорожці опинилися в районі дій російської армії. Створювались перспективи зберегти та утвердити положення цим категоріям населення. Найбільш доцільним становився вступ до волонтерських формувань російської армії, де зараховувались на положенні козаків та офіцерів Бузького козацького війська.
Враховуючи успіхі у формуванні волонтерського полку з задунайських запорожців і збіглого українського населення, було вирішено створити на Дунаї козацьке військо, давши йому найменування Усть-Дунайського.
20 лютого 1807 р. Усть-Дунайське Буджацьке козацьке військо було офіційно затверджено указом Олександра І.
Створенням цього війська царська адміністрація передбачала взяти під контроль місцеве українське населення, одержати додатковий військовий контингент і, спираючись на нього, нанести рішучий удар Задунайській Січі.
Уряд, зацікавлений у швидкому заселенні ново приєднаної Бессарабії, дозволив усть-дунайцям селитися в Придунайських степах на правах колоністів. На протязі 1815-1817 рр. в Бессарабію з-за Дунаю вийшло кілька груп козаків, які разом з усть-дунайцями оселилися в Ізмаїльському повіті, заснувавши в 1818 р. с.Дракуля (тепер с.Трудове Кілійського району Одеської області). Незабаром тут нараховувалося вже 45 козацьких родин. В 1820 р. друга група усть-дунайських козаків і задунайських запорожців, незважаючи на опір земської поліції, в кількості 38 родин оселилася в Акерманському повіті, заснувавши с.Акмангіт
(тепер с.Білолісся Татарбунарського району Одеської області). Частину задунайців у 1823 р. переселили в Їзмаїльську колоністську округу, де засновано с.Новопокровське (тепер с.Покровка Ізмаїльського району Одеської області).
У зв’язку із збільшенням населення в Акмангіті частина задунайських запорожців і усть-дунайських козаків перейшла на нове місце в Акерманському повіті, де в 1827 р. заснувала с.Старокозаче (тепер в Білгород-Дністровському районі Одеської області).
Створення на Дунаї Нової січі, як про це пішли чутки на Україні, викликало серед селянства надії на відродження козацтва. Це призвело до значних втеч населення до Дунайської Січі, що прискорило ліквідацію війська.
Дунайське (Новоросійське) козацьке військо.
Після ліквідації Усть-Дунайського козацького війська переважна більшість козаків лишилась в Бесарабії. Усть-дунайці та задунайські запорожці, які переселювалися до них, повертаючись до Росії, на протязі 20-х рр. неодноразово зверталися до державних установ з домаганням створення в краї козацького війська, з центром в с.Акмангіт.
Російсько-турецька війна, яка розпочалася в 1828 р., пожвавила клопотання козаків. Ці прагнення співпали з намаганням командування збільшити військовий контингент Дунайської армії. В червні 1828 р. уряд дозволив сформувати козацьке військо, яке одержало назву Дунайського, з устьдунайців, задунайських запорожців, що оселилися в Бессарабії до 1828 р., та волонтерів з Балканських країн, які брали участь у російсько-турецькій війні 1806-1812 рр. Волонтери могли принести велику користь діючій армії: вони знали місце військових дій та східні мови. До війська були зараховані села Акерманського повіту Акмангіт, Старокозаче і Волонтирівка (тепер у районі Штефан Воде Молдови).
В 1836 р. до війська були приєднані села Михайлівна, Костянтинівна, Новотроїцьке, Миколаївка, засновані відставними солдатами, та село Петрівка, в якому мешкали селяни-переселенці з Курської губернії (тепер в БілгородДністровському, Кілійському, Саратському районах Одеської області). Через три роки були приєднані заселені циганами села Фараонівка та Каїри (останнє – с.Крива Балка; обидва в Саратському районі Одеської області).
За Паризьким миром 1856 р. частина козацької території з станицями Миколаївка та Новотроїцька відійшла до Молдавського князівства. Замість цих земель війську було дозволено придбати у поміщика К.Зіро селище Байрамна, незабаром перейменоване в Миколаївку-Новоросійську.
Центр управління війська розміщувався в станиці Волонтирівка. Однак в зв’язку з тим, що в цій станиці не було необхідних помешкань, військове правління до 1856 р. знаходилось в Акермані. Після придбання військом Миколаївки-Новоросійської воно переїхало в цю станицю. В середині 60х рр. тут знаходились майже всі головні військові установи: госпіталь, головний військовий храм св. Миколи Чудотворця, поштова станція та училище.
Дунайське військо мало нести прикордонну службу на Дунаї, Пруті та по Чорноморському узбережжю до Дніпра, внутрішню службу в Бессарабській та Херсонській губерніях, утримувати гарнізони в Ізмаїлі та Акермані. Притягувалися вони для виконання й інших завдань.
В 1856 р., 11 липня, в зв’язку з відторгненням від Росії за Паризьким миром дунайської частини Бессарабії, військо було перейменовано в Новоросійське. З цього часу воно несло кордонну службу на лінії Болград-Татарбунари і далі по Чорноморському узбережжю.
Надії козацтва з відновленням війська істотно полегшити своє становище не виправдалися. Нерозвинене господарство, виснажлива довготривала служба, сувора дисципліна, зловживання старшини своїм службовим положенням – все це обумовлювало загострення соціальних конфліктів.
У 40-х рр. ХІХ ст. протест козаків против важкої військової служби, утисків і гноблення з боку старшини набирає більш масових форм, виливаючись у рух за вихід з війська. Особливої гостроти він набрав у 1842-44 рр. Весною 1855 р. у війську знов почалися заворушення, викликані позачерговою мобілізацією і зловживанням старшини, що привело до зриву польових робіт.
Проіснувавши в такому стані 40 років, у грудні 1868 р. в зв’язку з загальною реформою козацьких військ Новоросійське козацьке військо оголошувалося ліквідованим. Це було останнє козацьке військо на терені сучасної України.
Мужність і хоробрість, патріотизм, любов до волі й батьківщини, демократизм, взаємодопомогу, високі моральні цінності лишило козацтво в спадщину українському народу. Не випадково в огляді Одеської військової округи за 1871 р. підкреслювалося, що в українцях „й до цього часу добре зберігається пам’ять про вільне козацтво”.