Однако, в конечном счете признавалось, что в педологии не было теории, адекватной предмету исследования – развивающемуся ребенку. Большую проблему в педологии представлял вопрос о методах. Признавалось разнообразие используемых методов, т. е. провозглашался принцип использования разных методов в зависимости от разных условий. Особое внимание обращалось на использование статистики. Широкое применение получил метод тестов.
По всей стране развернулась работа по созданию сети педологических учреждений. Была создана сеть низовых педологических ячеек и провинциальных учреждений, на первом плане в работе которых стояли тестовые обследования по определению успешности, умственного возраста и профотбору. В области применения педологии к педагогической практике были допущены серьезные ошибки, выразившиеся в нередко необоснованных оценках педагогически запущенных детей как дефективных и отправленных на этом основании в специальные школы. Это явление стало массовым. Для них не было создано специальной программы обучения: существовавшие программы принципиально не отличались от таковых для общих школ, они были лишь менее интенсивными и более растянутыми во времени. Это вызывало недовольство родителей и педагогов и, что главное, вступало в противоречие с государственной идеологией равенства советских людей.
В средствах массовой информации появляются призывы защитить советских детей от «изуверов – педологов». Одновременно внутри педологии развернулась широкая кампания по критике и самокритике. Появляются разгромные статьи, в которых научная критика уступила место политической и идеологической травле. Все завершилось Постановлением ЦК ВКП(б) «О педологических извращениях в системе Наркомпроса» от 4 июля 1936 г. Педология была упразднена, ее объявили лженаукой, педологическую практику ликвидировали.