Как уже говорилось, забрасывались в тыл противника и разведывательно-диверсионные отряды. Один из таких отрядов под командованием И.Ф.Ширинкина в сентябре-ноябре 1941 г. прошел свыше 700 км по территории Смоленской, Витебской, Псковской и Новгородской областей, проводя разведку и совершая диверсионные акты на объектах и коммуникациях противника. За успешное выполнение поставленных задач командир отряда И.Ф.Ширинкин и комиссар Ю.А.Дмитриев были награждены орденами Ленина.
Начальник разведотдела штаба Западного фронта Т.Ф.Корнеев, вспоминая те дни, писал: «23 сентября 1941 г. разведка фронта установила, что противник готовится к наступлению и создал для этого крупную группировку войск перед Западным и Резервным фронтами. Всего в двух районах было сосредоточено около 80 дивизий, в том числе до 20 танковых и моторизованных. Существенный вклад в решение задачи по вскрытию наступательных группировок внесла радиоразведка».
Говоря о работе войсковой разведки во время битвы за Москву, необходимо отметить, что ее усилия позволили установить точные сроки проведения немцами операции «Тайфун», начавшейся 30 сентября 1941 г., и переброску противником из глубокого тыла под Москву в полосу Западного фронта к 11 ноября девяти новых дивизий. А на основе данных, полученных от агентурных и иных источников, был раскрыт замысел противника по окружению Тулы, что способствовало срыву его наступления на Москву с юга. Хорошо поставленная разведка помогла советскому командованию узнать планы противника, организовать надежную оборону Москвы, а затем 5-6 декабря 1941 г. силами Западного, Калининского и частью сил Юго-Западного фронтов перейти в контрнаступление, в результате которого немецкие войска понесли большие потери и были отброшены на 100-250 км от столицы. В период подготовки контрнаступления советских войск под Москвой войсковая разведка продолжала вести активную работу в тылу противника, широко применяя разведывательно-диверсионные группы. В их подготовке на Западном фронте огромную роль сыграло специальное подразделение «войсковая часть 9903» (позднее 3-е (диверсионное) отделение разведотдела штаба Западного фронта), которой командовал соратник Я.К.Берзина, участник войны в Испании майор А.К.Спрогис. Именно из этого подразделения были заброшены в тыл противника ставшие позднее широко известными разведчики и диверсанты З.Космодемьянская, Н.Галочкин, Н.Горбач, П.Кирьянов, К.Пахомов и многие другие. А всего разведотделом штаба Западного фронта было заброшено в тыл врага: с июня по август 1941 г. — 184 диверсионные группы; с 15 сентября по 31 декабря 1941 г. — 71 диверсионная группа и отряд общим количеством 1194 человека[9].
Приобретая необходимый боевой опыт, войсковые разведчики платили за него огромную цену. Многие из них, захваченные немецкой контрразведкой, погибли, как например З.Космодемьянская, которой впоследствии присвоили звание Героя Советского Союза. Но были и случайные потери, и от этого еще более горькие. Так, 25 декабря 1941 г. в деревенском доме в селе под городом Плавск Тульской области в результате прямого попадания немецкой авиабомбы погиб практически весь переменный оперативный состав 3-го отделения разведотдела штаба 10-й армии Западного фронта.
В ноябре 1941 г. вместо Ф.И.Голикова, вернувшегося в войска и назначенного командующим 10-й ударной армией, начальником Разведупра Генерального штаба стал генерал-майор А.П.Панфилов.
В январе 1942 г. после окончания битвы за Москву Государственный комитет обороны рассмотрел деятельность военной разведки по итогам первых месяцев войны. В ходе рассмотрения были отмечены следующие недостатки деятельности Разведуправления Генштаба РККА:
- организационная структура Разведуправления не соответствовала условиям работы в военное время;
- отсутствовало должное руководство Разведуправлением со стороны Генштаба РККА;
- материальная база военной разведки была недостаточной, в частности, отсутствовали самолеты для заброски разведчиков в тыл противника;
- в Разведуправлении отсутствовали крайне необходимые отделы войсковой и диверсионной разведки.
В результате приказом наркома обороны от 16 февраля 1942 г. Разведуправление было реорганизовано в Главное разведывательное управление (ГРУ) с соответствующими структурными и штатными изменениями. Однако на этом реорганизация не закончилась, и 22 ноября 1942 г. приказом наркома обороны войсковая разведка была выведена из состава ГРУ, а разведотделам фронтов запретили вести агентурную разведку. Одновременно ГРУ перешло из подчинения Генштабу РККА в подчинение наркому обороны, а его задачей стало ведение всей агентурной разведки за рубежом и на оккупированной немцами территории СССР. Тем же приказом в составе Генштаба создается Разведывательное управление (РУ), на которое возлагалось руководство войсковой разведкой. Начальником ГРУ был назначен генерал-лейтенант И.И.Ильичев, а начальником РУ Генштаба — генерал-лейтенант Ф.Ф.Кузнецов.
Однако это решение, в результате которого фронтовые разведотделы лишили права вести агентурную разведку, оказалось ошибочным и было отрицательно воспринято практически всеми оперативными работниками разведки. Уже упоминавшийся В.А.Никольский, всю войну занимавшийся агентурной разведкой и во фронтовых разведотделах, и в Центре, так характеризует данное нововведение: «Новая система не имела четкого положения, функции баз, как центров агентурной подготовки разведчиков, достаточно продуманы не были, материальные средства и техника, в том числе авиационная, а также радиоаппаратура оставляли желать лучшего. Созданная в Филях центральная разведшкола, рассчитанная на массовую подготовку в возможно короткие сроки агентов и радистов, спешно развернула свою работу, но не могла удовлетворить потребности в кадрах, ранее готовившихся десятком фронтовых школ... Коренная ломка всей системы разведки в самом разгаре войны вызвала всеобщее удивление не только у офицеров этой службы, но и у всех командиров, в той или иной мере соприкасавшихся со штабной службой в звене армия фронт. Приказ о ликвидации фронтовых агентурных структур был отдан в самый ответственный момент начала нашего общего наступления под Сталинградом, подготовки Ленинградского и Волховского фронтов к прорыву блокады, наступления Северной группы Закавказского, Северо-Кавказского, Юго-Западного и Калининских фронтов. Дезорганизация разведки в этот период весьма отрицательно сказалась на боевой деятельности войск и явилась объективной причиной больших потерь, поскольку штабы фронтов в этот период нужной информации о противнике не получали. В процессе выполнения этого непродуманного решения, навязанного армии в самый ответственный момент войны, разведка потеряла сотни подготовленных агентурных работников низового звена, значительную часть агентуры в тылу противника и на подготовке во фронтовых разведывательных школах, опытных маршрутников и связников, направленных в соответствии с приказом на пополнение войск. С учетом организационного периода в разведуправлении с 20 декабря 1942 г. командующие фронтами практически остались без оперативной информации о положении в тылу противника. Получаемые в ГРУ сведения от бывшей фронтовой агентуры после их обработки в информационном отделе зачастую пересылались фронтам с таким опозданием, что они теряли свою актуальность. Терялась и оперативность в руководстве агентами и постановке им заданий. Оперативные офицеры в Центре не были в курсе изменений агентурной обстановки, ранее поступавших к ним напрямую».
В связи со сложившейся ситуацией весной 1943 г. командующие фронтами обратились с настоятельной просьбой в Ставку ВГК отменить вышеупомянутый приказ. Просьбу рассмотрели, и приказом наркома обороны от 18 апреля 1943 г. руководство войсковой и агентурной разведки фронтов было возложено на Разведуправление (РУ) Генштаба, которому из ГРУ передавалось управление, отвечающее за проведение агентурной работы и диверсионной деятельности на оккупированной территории СССР. На ГРУ возлагалось ведение зарубежной разведки. Это положение просуществовало до конца войны[10].
Разведуправление Генштаба размещалось в Москве в доме №17 по улице Карла Маркса и организационно состояло из следующих отделов:
1-й отдел (начальник — полковник С.И.Зайцев) занимался войсковой разведкой и имел функции главным образом инспекционного характера;
2-й отдел (начальник — генерал-майор Н.В.Шерстнев) занимался агентурной разведкой. Отдел имел четыре направления: северо-западное агентурное (Смирнов), западное агентурное (Никольский), юго-западное агентурное (Соколов) и диверсионное. Заместитель начальника отдела полковник Питалев курировал агентурные направления, а другой заместитель — полковник Косиванов — диверсионное направление;
3-й отдел (начальник полковник Романов) занимался обработкой поступавшей информации[11].
Кроме этих трех основных отделов в Разведуправлении были и другие: политический отдел (Мальков); отдел радио и радиотехнической разведки; следственный отдел, который совместно с 1-м и 2-м отделами работал с военнопленными; отдел спецрадиосвязи (Пекурин); отделение спецсвязи для обучения агентов и разведчиков шифрам и поддержанию связи с ними; авиаэскадрилья особого назначения для проведения ночных операций (Цуцаев).
Тогда же в штабах фронтов вместо разведотделов были созданы разведывательные управления, состоящие из пяти отделов: 1-й отдел руководил работой нижестоящих разведподразделений; 2-й отдел занимался агентурной разведкой; 3-й отдел отвечал за диверсионную работу; 4-й отдел обрабатывал поступавшую разведывательную информацию; 5-й отдел занимался радиоразведкой.
Что же касается разведотделов штабов армий, то они состояли из двух отделений: войсковой разведки и информационного. Говоря об их функциях, стоит обратиться к воспоминаниям М.А.Волошина, летом 1942 г. назначенного начальником разведки 39-й армии: «Отделение войсковой разведки возглавлял капитан Алексей Николаевич Антонов, опытный штабной работник. Его помощником был майор Никита Андреевич Пантелеев. На них возлагалась подготовка общего плана разведки, указаний на разведку соответствующим штабам, контроль за точным выполнением отданных распоряжений, оказание помощи разведывательным подразделениям частей и соединений. Немногочисленным было и отделение информационное. Начальник — старший лейтенант Иван Максимович Дийков, его помощник — лейтенант Михаил Денисович Кишек. Кроме них в штате отделения состояли переводчики лейтенант Николай Михайлович Юдашкин, чертежник сержант Анатолий Кузнецов. Последний, естественно, часто трудился в интересах всего отдела. В информационное отделение стекались разведывательные данные из соединений и частей армии. Сюда же в порядке взаимного обмена поступали разведсводки от соседей, дополнительные сведения о противнике из штаба фронта, а иногда и из Главного разведывательного управления Красной Армии. Все эти документы предстояло тщательно проанализировать, сделать из них окончательные выводы, на основе которых строились планы командования».