20-22 ноября 2005 г. состоялся официальный визит в Японию Президента Российской Федерации В.В.Путина. Важное место в ходе переговоров заняло обсуждение вопросов дальнейшего укрепления двустороннего сотрудничества в торгово-экономической и научно-технической областях. Из 18 документов, подписанных в ходе визита, 12 касаются расширения сотрудничества в сфере экономического взаимодействия. Среди них – «Протокол о завершении переговоров по торговле и услугам в рамках процесса по присоединению России к ВТО», «Основные направления долгосрочного сотрудничества в области энергетики», «Программа развития сотрудничества в области информационных технологий и связи», соглашения и меморандумы о предоставлении Японским Банком международного сотрудничества кредитных линий крупнейшим российским банкам (Сбербанку, Внешторгбанку, Внешэкономбанку) и ряд других.
27-28 февраля 2007 г. состоялся официальный визит в Японию Председателя Правительства Российской Федерации М.Е.Фрадкова, в ходе которого был принят ряд документов, направленных на развитие торгово-экономического сотрудничества, в том числе «Программа действий Минэкономразвития России и МЭТП Японии по расширению торгово-инвестиционного сотрудничества». 28 февраля 2007 г. проведен II Российско-Японский инвестиционный форум, в ходе которого состоялось специальное выступление М.Е.Фрадкова.
25-26 апреля 2008 г. состоялся визит в Россию премьер-министра Японии Я.Фукуда, в ходе которого были проведены встречи с Президентом Российской Федерации В.В.Путиным и избранным Президентом Российской Федерации Д.А.Медведевым.
18 февраля 2009 года состоялась рабочая встреча Президента Российской Федерации Д.А.Медведева с премьер-министром Японии Т.Асо на Сахалине, приуроченная к пуску первого в России завода по сжижению природного газа в пос. Пригородное (проект «Сахалин-2»). Японские компании выступают в данном проекте в качестве стратегических инвесторов, поставщиков комплектного оборудования и технологий, а также основных потребителей российского энергоносителя.
11-13 мая 2009 г. состоялся рабочий визит Председателя Правительства Российской Федерации В.В.Путина в Японию. В ходе визита был всесторонне обсужден весь комплекс вопросов российско-японского взаимодействия в торгово-экономической области (энергетика, транспорт, мирное использование атомной энергии, экология и энергосбережение, сфера ИКТ, сельское хозяйство и рыболовство, правоохранительная и таможенная деятельность, региональные хозяйственные связи).
В ходе визита был подписан ряд соглашений и меморандумов
о дальнейшем развитии двусторонних отношений в области экономического взаимодействия: на межправительственном уровне – соглашения о сотрудничестве в мирном использовании атомной энергии; о сотрудничестве и взаимной помощи в таможенных делах; меморандумы о сотрудничестве в области повышения энергоэффективности и использования возобновляемых источников энергии и об основах дальнейшего сотрудничества в области предотвращения незаконного, несообщаемого и нерегулируемого промысла морских живых ресурсов. На уровне деловых кругов - меморандумы о взаимопонимании между ГК «Внешэкономбанк» (ВЭБ) и Японским банком международного сотрудничества (ЯБМС), а также между ВЭБ и Японским агентством экспортного и инвестиционного страхования (NEXI); о строительстве завода по производству аммиака, карбамидов и метанола в г.Менделеевске (ВЭБ, компания «Аммоний», правительство Татарстана – японские компании «Мицубиси Хэви индастриз» и «Содзицу»); об основных направлениях сотрудничества между Иркутской нефтяной компанией и Японской национальной корпорацией по нефти, газу и металлам; о строительстве Нижнебурейской ГЭС (ОАО «РусГидро» - компания «Мицуи») и о строительстве Дальневосточной ветряной электростанции (ОАО «РусГидро» - компания «Джей Пауэр»).
В рамках визита Председателя Правительства Российской Федерации В.В. Путина в Японию 12 мая 2009 г. в г. Токио состоялся Российско-Японский экономический форум, который был организован Минэкономразвития России совместно с РСПП и Российско-Японским комитетом по экономическому сотрудничеству. С японской стороны подготовку и проведение форума обеспечивали Федерация экономических организаций «Ниппон Кэйданрэн» и Японо-Российский комитет по экономическому сотрудничеству.
В работе форума приняли участие более 500 представителей с обеих сторон. В состав японских и российских участников вошли представители руководства крупнейших компаний и банков, государственных корпораций, союзов предпринимателей, а также органов исполнительной власти, курирующих внешнеэкономический блок и двустороннее инвестиционное сотрудничество. В ходе мероприятия состоялся широкий обмен мнениями о перспективах развития двусторонних торгово-экономических связей в условиях финансово-экономического кризиса и в «посткризисный» период.
23 сентября 2009 г. в рамках работы очередной сессии Генеральной Ассамблеи ООН, а также 14 ноября 2009 г. на встрече глав государств и правительств форума АТЭС в Сингапуре и 12 апреля 2010 г. во время Международного саммита по ядерной безопасности в Вашингтоне состоялись встречи Президента Российской Федерации Д.А. Медведева с премьер-министром Японии Ю.Хатоямой (назначенным на свой пост по итогам выборов в сентябре 2009 г.), в ходе которых был рассмотрен широкий спектр вопросов двустороннего сотрудничества как в политической сфере, так и в экономике: в торговле, в области высоких технологий, а также перспективы развития производственной кооперации.
После отставки Ю.Хатояма в июне 2010 года пост премьер-министра Японии занял Н.Кан.
В ходе встречи министров иностранных дел и министров торговли форума АТЭС в Сингапуре 12 ноября 2009 г. состоялась беседа Министра экономического развития Российской Федерации Э.С. Набиуллиной с министром внешней торговли и промышленности Японии М. Наосимой, в ходе которой обсуждались вопросы развития двусторонних экономических отношений и взаимодействия в рамках АТЭС.
5-6 июня 2010 г. Министр Э.С. Набиуллина приняла участие во встрече министров торговли экономик-участниц форума АТЭС в г. Саппоро, Япония.
В рамках форума состоялась двусторонняя встреча Министра Э.С.Набиуллиной председателем японского оргкомитета АТЭС-2010 Т.Хикихарой.
Важную роль в развитии двустороннего экономического сотрудничества играет деятельность учрежденной в 1994 г. Российско-Японской межправительственной комиссии по торгово-экономическим вопросам (МПК), на заседаниях которой рассматривается весь комплекс текущих вопросов и перспектив развития двусторонних экономических связей.21 октября 2008 г. в Токио состоялось VIII заседание Российско-Японской МПК (В.Б. Христенко – Х. Накасонэ), в ходе которого обсуждались наиболее актуальные вопросы двустороннего экономического взаимодействия.
В рамках МПК функционируют два рабочих органа: Подкомиссия по торговле и инвестициям (ПТИ) и Подкомиссия по межрегиональному сотрудничеству (ПМС).
27 декабря 2009 г. в Москве и 27 апреля 2010 г. в Токио были проведены встречи сопредседателей МПК В.Б. Христенко и К. Окады. По итогам встречи 27 декабря 2009 г. с 2010 года повышен статус ПТИ до уровня заместителей министров, ее российскую часть возглавил заместитель Министра экономического развития Российской Федерации А.А. Слепнев, японскую – заместитель министра иностранных дел Японии Ё.Отабэ. В ходе встречи 27 апреля 2010 г. согласовано проведение IX-го заседания МПК осенью 2010 г. во Владивостоке.
17 сентября 2010 г. была произведена частичная реорганизация Кабинета министров Японии, в результате которой главой МИД Японии (является сопредседателем японской части МПК) назначен С.Маэхара, министром экономики, торговли и промышленности – А.Охата.
30 марта 2010 г. в Токио проведено 5-ое заседание ПТИ, 8 июня - встреча заместителей сопредседателей ПТИ, 1 сентября 2010 г. в Москве – 6-ое заседание ПТИ.
29 сентября 2008 г. в Токио состоялось 2-е заседание ПМС, прошедшее в новом формате (на уровне заместителей Министров Минрегиона России и МИДа Японии).
В ходе VII заседания МПК, которое состоялось в Токио 22 апреля 2005 г., объявлено о начале деятельности нового органа двустороннего экономического взаимодействия - Российско-Японской организации по содействию торговле и инвестициям (РЯОСТИ).
Наряду с последовательным укреплением официальных контактов дальнейшее развитие получили взаимные связи на деловом уровне, прежде всего в рамках Российско-японского и Японо-российского комитетов по экономическому сотрудничеству (РЯКЭС-ЯРКЭС), созданных, соответственно, при РСПП и «Ниппон Кэйданрэн» (Японская Федерация экономических организаций). IX совместное заседание комитетов было приурочено к проведенному Минэкономразвития России в Санкт-Петербурге в сентябре 2008 г. III Российско-Японскому инвестиционному форуму, X совместное заседание – к Российско-Японскому экономическому форуму в Токио в мае 2009 г. 8 июня 2010 г. в Москве проведено XI-ое совместное заседание комитетов.
Важная роль в двусторонних контактах на деловом уровне принадлежит Японской ассоциации по торговле с Россией и новыми независимыми государствами (РОТОБО) и Японской организации содействия развитию внешней торговли (ДЖЕТРО), которые на регулярной основе организуют различные семинары и симпозиумы, направленные на ознакомление японских деловых кругов с возможностями налаживания и укрепления торгово-инвестиционного взаимодействия с Россией и ее отдельными регионами, направляют в Россию специализированные миссии заинтересованных представителей японского бизнеса, что способствует расширению числа участников двусторонних хозяйственных связей. В июне 2009 г. состоялся визит японской частно-правительственной делегации (свыше 70 чел.) под эгидой РОТОБО и МЭТП Японии в Дальневосточный федеральный округ, в ходе которого японская сторона была подробно ознакомлена с ходом подготовительных работ к запланированному на сентябрь 2012 г. саммиту АТЭС во Владивостоке, а также ходом реализации проекта сооружения нефтеналивного терминала в бухте Козьмино. 1-4 июня 2010 г. состоялся очередной визит делегации РОТОБО в Россию, в результате которого между администрацией Челябинской области и РОТОБО подписан меморандум о сотрудничестве.