Основні привілеї (вольності) козаків полягали в особистій волі, в спадковому володінні ґрунтами, угіддями, млинами, промислами, у звільненні від усіх податків і повинностей, вони мали власний суд і адміністрацію (від отамана до гетьмана), незалежну від адміністрації сільської та міської. З часом сформувався їхній становий менталітет. Козацьке звання, привілеї і майно передавалося у спадщину. Це гарантувалося законом.
Наступ на права козацького загалу, а також часті війни привели в кінці XVII ст. до зубожіння основної частини лівобережних городових (реєстрових) козаків і до суспільної диференціації та жорсткої соціальної стратифікації в їхньому середовищі.
Починає чітко простежуються багата козацька верхівка, біднота і середній прошарок. Проявом антагонізму станового розшарування стали факти соціальної напруженості в середовищі реєстрового козацтва. Почастішали випадки заворушень. Крім численних скарг, непокори старшинському проводу, з'являються і випадки вбивств урядовців. Щоб не бути покараним за дезертирство і водночас уникнути згубних походів, реєстровці або відкуплялися, або посилали замість себе бідноту. [29, с.87]
В XVII ст. Формується категорія знатних козаків, що мали за собою особливі військові заслуги і решту товариства перевищували своїм значенням. Військовий товариш”, це титул козака, що мав уже старшинський уряд. Самойлович утворив окрему категорію бунчукових товаришів, що служили під гетьманським бунчуком; звичайно це були сини старшини. Значковими то товаришами називали козаків, що служили під полковою корогвою, «значком»; “значне військове товариство”, - вигадана умовна категорія для родичів старшини, яким не вистачало посад. Проте утримання і рангові маєтності вони діставали як військове офіцерство і входили до впливових олігархічних груп старшини.
В кінці XVII ст. з'являються так звані виборні козаки (вибраний з кількох один), коли “два третього виставляли”, заможні реєстровці й під помічники, які надавали допомогу виборному в озброєнні, фуражем, провіантом, кіньми, амуніцією, тобто утримували його. Військова служба мала різні назви, як осавульці, стійчики, курінчики, дейнеки (народне військо, що йшло у похід зі самими палками, що звалися дейнеки). [32, с.256].
Через зубожіння реєстрового козацтва, а також через природні (фізичні) причини виникала потреба поповнення реєстру, кількість якого суворо дотримувалася. Загальною мобілізацією під час великої війни, коли "всіх до війська гнано", тут не обходилося. Старшина суворо слідкувала, щоб до реєстру записували лише козацьких дітей або залишали в ньому тих, "которые старые казаки, и многую службу служили", хоча вже й нездатні були воювати. Відтак козацька служба ставала не лише спадковою, але й довічною. Кожна козацька родина виставляла від одного до трьох козаків (батько з синами). За віком це мали бути здорові, молоді, енергійні чоловіки — від "парубка" до "мужа". В документах зустрічаємо часто дефініцію — "козаків добрих молодців", — тобто відносно молодих людей, набираних до оперативно-тактичної служби.
У Глухівських статтях 1669 p., в статтях Самойловича 1672 р. і в Коломацьких 1687 р. зазначено, що "а чего старых козаков в полках в тридцять тисяч недостанеш, и в то число принимать в козаки мещанских и поселянских детей". Але гетьмани і до, і після вживали всіх заходів, щоб обмежити цей притік. 24 вересня 1684 р. І. Самойлович видав універсал київській полковій старшині з забороною вписувати до полкового реєстру тяглих людей київської ратуші.
Позаяк Україна не мала цілком незалежної, самостійної державності, кількість реєстрового війська завжди обумовлювалася міждержавними військово-політичними угодами лівобережних гетьманів з Московією.
У зв’язку з цим кількість городових козаків протягом останньої чверті XVII ст. не була постійною: вона то зростала, то значно зменшувалася. Так, згідно зі “статтями” – угодами українських гетьманів з царським урядом [18, с. 105]: угода І.Брюховецького підтверджувала 60 тисячний реєстр, Д.Многогрішного – 30 тисяч козаків реєстру; 16 пункт статей І.Самойловича встановив реєстр у 20 тисяч чоловік. [29, с.90]. Згідно зі статтями 1687 р. чисельність козацького війська зросла до30 тисяч чоловік. Проте насправді козаків нараховувалося набагато більше. [18, с.106].
Згідно з договірними статтями верховним головнокомандувачем збройних сил Гетьманщини вважався російський цар. В цьому власне й полягала одна з основних ознак васальної залежності Лівобережжя від Москви. Регімент іменувався "його царської пресвітлої величності Військо Запорозьке". Царю належало право затвердження гетьмана, генеральної старшини і полковників, він визначав указом кількість, роль і місце українського війська в бойових діях, встановлював кількість реєстру. Наприклад, протягом 1677 р. цар давав вказівки І. Самойловичу про тактику дій в Чигиринській війні, наказував вжити заходів проти поширення в Україну з Польщі морової пошесті, а путивльського воєводу Хрущова покарав за неувагу до гетьмана. [29, с.90].
Вищою військовою елітою, козацьким генералітетом вважалася генеральна старшина, яку з часів Б. Хмельницького призначав гетьман (хоча мала обирати рада) і затверджував цар. Генеральні старшини очолювали основні військово-адміністративні відомства державно-інституційного облаштування козацької держави й утворювали раду генеральної старшини при гетьманові. Функції, обов'язки і рангову підпорядкованість генеральних старшин не було чітко визначено і розмежовано. [29, с.92].
Але загалом означити місце гетьмана і старшин на Лівобережжі в другій половині XVII ст. можна таким чином.
Найвищою була посада гетьмана (нім. Hauptmann). Він обирався на невизначені строки генеральною радою з верхівки старшини за погодженням і з наступним затвердженням царським урядом. В офіційних козацьких документах гетьман титулувався: «Божією милостію великий государ наш... пан гетьман всієго Війська Запорозького», або «...Божією милостію Гетьман з Військом Запорозьким». Резиденцією гетьманів були послідовно Чигирин, Гадяч, Батурин, Глухів. Між царським урядом і гетьманом укладалися спеціальні Статті (умови), які визначали гетьманські права і компетенцію. Гетьман очолював раду генеральної старшини і об'єднував у своїх руках політичні, адміністративні, військові, фінансові і судові функції (зокрема, переглядав рішення генерального суду і остаточно затверджував смертні вироки). Гетьман мав право роздачі земель старшині у власність чи володіння за службу, «військові заслуги», призначення на «уряди». Це ставило старшину у повну залежність від гетьманської прихильності. Гетьман визначав напрями внутрішньої політики, вів переговори чи листування з урядами інших держав, передусім російським. Письмові розпорядження гетьмана — універсали — були обов'язковими для всього населення Гетьманщини.
Влада гетьмана поширювалася частково й на церкву: гетьман затверджував на вищі духовні посади, надавав земельні володіння, встановлював повинності для монастирських «підданих». Законодавчу владу гетьман реалізовував шляхом видання універсалів, наказів, листів тощо. Підписував він їх «рукою власною». Він мав особисту охорону (жолдаки), наймане військо — гвардію (компанійці і сердюки), з допомогою яких міг придушувати всіляку непокору, з боку старшин зокрема. Отже, в руках гетьмана зосереджувалася фактично необмежена влада. Гетьман мав великі земельні володіння, так звані «рангові маєтності». Крім того, він одержував володіння за царськими грамотами. [39, с.172-173].
Першою особою після гетьмана був генеральний обозний— вища службова особа гетьманської адміністрації. Він відав усією артилерією (генеральною, полковою), засідав у генеральному суді, виконував обов'язки наказного гетьмана, вів у генеральній військовій канцелярії усі військові справи, зосереджував у своїх руках все військове управління Гетьманщини. При ньому були: наказний обозний (в його відсутність), осавул, хорунжий, економ, гарматний, писар, отамани.[39, с.173].
Генеральний писаркерував генеральною військовою канцелярією, провадив зносини з іноземними державами, вів дипломатичне листування, приймав послів, разом з гетьманом готував питання для вирішення на раді старшини. Відав також таємним листуванням. Оберігав державну (військову) печать, яку прикладав до найважливіших актів. [39, с.173].
Генеральні судді (їх було двоє — головний і другий) очолювали генеральний суд, вирішували ті справи, які до них безпосередньо надходили, звичайно по скаргах, що подавалися на ім'я гетьмана. Суд вівся за участю також судового писаря. Генеральні судді часто виїздили на місця для розгляду й вирішення справ, що там виникали; виконували також дипломатичні доручення (переговори). Головний суддя міг виконувати функції наказного гетьмана. Генеральні судді мали свої атрибути — «трость судейську». [39, с.173].
До складу генеральної старшини належали також генеральні осавули(їх було двоє). Вони вели нагляд за складом війська, відали веденням козацьких реєстрів (компутів), військовим спорядженням. На них покладалась також охорона старшинської земельної власності, з приводу чого генеральні осавули видавали спеціальні листи — «універсальне питання». За дорученням гетьмана вони розслідували особливо важливі справи; генеральний осавул іноді міг виконувати обов'язки наказного гетьмана.
На чолі генеральної скарбової канцелярії стояв генеральний підскарбій, який відав фінансовими справами, керував системою фіску (податків), ранговими маєтностями. У полках були полкові підскарбії, які завідували скарбом полку.