28.V.1489 г. скончался митрополит Геронтий. Почти через полтора только года (26.IX.1490 г.) был подыскан и поставлен ему преемник. Такую загадочную проволочку можно объяснить засильем при дворе великого князя еретической интриги. И это оправдывается появлением на митрополичьем троне личности, угодной еретикам. То был архимандрит Симонова монастыря, Зосима, бывший чиновник великокняжеской канцелярии из фамилии Бородатых. Иосиф Волоколамский приписывает совращение в жидовство Зосимы протопопу Алексию, якобы Алексий "своим волхвованием подойде Державнаго, да поставит на престоле святительском скверного сосуда сатанина, его же он напои яда жидовского". По иронии судьбы именно Зосима, тотчас же по вступлении на кафедру, вынужден был соборно осудить еретиков. Активная работа Геннадия Новгородского неотложно вынуждала к этому. Геннадий воспользовался своим правом не давать разрешения на избрание нового епископа на освободившуюся Коломенскую кафедру из опасения, что в данных условиях может быть по ошибке избран и тайный еретик. Это было в послании Геннадия собору довольно прозрачным намеком на то, что на митрополичьей кафедре уже случилось такое несчастье. Таким образом, Геннадий до известной степени терроризовал и митрополита Зосиму, и великого князя. Последний распорядился, чтобы собор 1490 г. провел дело осуждения еретиков. И собор действительно безотлагательно состоялся, всего 21 день спустя после поставления митр. Зосимы — 17.X.1490 г. Еретики все-таки достигли того, что соборное осуждение не было радикальным. Геннадий требовал розыска и осуждения решительно всех еретиков. А великий князь приказал окончить дело только о тех новгородских еретиках, которые фигурировали в розыске Геннадия. К ним присоединили еще двух лиц, которых очевидно уже никак нельзя было укрыть. Протопоп Алексей только что умер. Теперь изобличен был его двойник, протопоп Денис и чернец Захар, которого Геннадий изобличил как стригольника. Летопись сообщает нам, что еще до подписи соборного приговора прибывшие в Москву епископы не пожелали сослужить в Архангельском соборе вместе с Денисом и с позором изгнали его из алтаря "изыде, человече, из святого алтаря, не достоин еси соборне служити со святыми епископами. Пришли на вас речи неподобныя еще при Геронтии, митрополите всея Руси, и не на одного убо тебя, да и списки ваших дел и грамоты Геннадия, архиепископа новгородскаго на вас пришли". По розыску Геннадия, игумен Немчинова монастыря Холмского округа Псковской области Захар три года не причащался и запрещал причащаться и своим монахам: "а у кого — деи ся причащати? Попы — деи по мзде ставлены... коли — деи в Царьград ходил есть митрополит ставитися, и он — деи патриарху деньги давал, а ныне — деи он боярам посулу дает тайно; ино — деи у кого причащатися?" Из этого именно Геннадий и "познал, что стригольник". Очевидно, и Геннадию было привычно думать, что стригольники все еще водятся в Новгородской земле. Так смыкаются хронологически две ереси, да и по существу образуют единый фронт против церкви. Захар, легко наказанный Геннадием просто ссылкой в другой монастырь, бежал в Москву, ставшую покровительницей вольнодумства, и оттуда рассылал агитационные письма по разным местам, браня в них самого Геннадия еретиком.
Странный либерализм Москвы проистекал от временной "диктатуры сердца" Ф. Курицына. Чарами его секретного салона увлекался сам вел. князь и его невестка, вдова рано умершего его старшего сына, Елена Стефановна Волошанка. Лукавым прикрытием их свободомыслию служила идеалистическая проповедь свободной религиозной совести целой аскетической школы так наз. заволжских старцев — этих русских исихастов. Геннадий призывал к беспощадному истреблению еретиков. У Геннадия в этом вопросе были прямые инструкторы с латинского Запада. Годами помогал ему в работе по собиранию и переводу на церковно-славянский язык библейских текстов хорватский монах, доминиканец Вениамин, прибывший в Новгород в сопровождении какой-то торговой компании. Сам Геннадий указывает совершенно конкретно прямой источник, откуда он получил вдохновение к физическим казням еретиков. В 1486 г. в Москву проезжал через Псков и Новгород посол австрийского императора Николай Поппель (фамилия русская). Он рассказал Геннадию про испанскую инквизицию и вызвал этим его сочувствие. В письме к новому митрополиту Зосиме перед собором Геннадий пишет: "Да, еще люди у нас простые, не умеют по обычным книгам говорити: таки бы о вере никаких речей с ними не плодили; токмо того для учинити собор, что их казнити, жечи да вешати... А ты, господин отец наш, сыну своему великому князю накрепко о том вспоминай, понеже должно ти есть. А только, государь наш, сын твой князь великий, того не обыщет, а тех не казнит, ино как ему с своей земли та соромота свести? Ано фрязове по своей вере какову крепость держат! Сказывал ми посол цесарев про Шпанскаго короля (Фердинанда II Католика), как он свою очистил землю, и аз с тех речей и список к тебе послал. И ты бы, господине, великому князю о том пристойно говорил, не токмо спасения ради его, но и чести для государя великаго князя". Так, по инициативе Геннадия на соборе 1490 г. встал в ясной форме пререкаемый вопрос о казни еретиков. Этому, чуждому духу Востока, идеалу костров инквизиции противостояли на соборе не только интриги двора и друзей ереси, но и безупречные идеалистические фигуры вождей заволжских старцев, присутствовавших лично на соборе, преп. Нила Сорского и игумена Паисия Ярославова. Протокол собора попутно дает знать нам, что состав его был, по древне-русскому обыкновению, не узко епископский. Тут присутствовали: "протопопы, священники, диаконы и весь священнический собор русской митрополии". Что собор в наказаниях еретиков не пошел по стопам Геннадия, это не вызывает недоумения. Не в духе и не в характере русской религиозности физические казни за веру. Недоумение вызывает другая сторона дела. После столь великого шума, поднятого около дела открытия ереси, судебно-следственная сеть во всем Новгороде и Москве могла выловить всего-навсего только девять человек, и то почти исключительно духовных лиц, и при том связанных между собой семейным родством. Преп. Иосиф, со включением инока Захара-стригольника, перечисляет поименно всего только девять лиц: протопопа Гавриила, попа Дениса, Максима попа Ивановского, Василия попа Покровского, Макария диакона Никольского, Гридьку диака Борисо-Глебского, Васюка, зятя Денисова, Самуху диакона Никольского. Характерно, что вся эта группа, кроме своей профессиональной связанности, проявила на соборе еще и удивительную силу упорств и невыдачи друг друга, т.е. как-будто были они связаны клятвой конспирации и даже, по-видимому, симулировали коллективное умопомешательство. Протокол говорит: "И быша яко во иступлении ума". Собор, согласно с волей великого князя, и этих немногих виновных присудил только к заточению и к покаянию. Но, желая дать некоторое удовлетворение и ревнующему Геннадию, осужденных лиц для окончательного наказания по усмотрению последнего отправили обратно в Новгород. Геннадий действительно устроил им некоторое особое истязание в стиле подражания западной инквизиции. За сорок верст до Новгорода люди Геннадия встретили арестантов, посадили их на коней лицом к хвосту лошадей, за который всадники должны были держаться. На головы надели берестяные колпаки с мочальными кистями и с надписью "се есть сатанино воинство". Когда кавалькада прибыла на городскую площадь, то шлемы были зажжены на головах еретиков, и сверх того некоторые из осужденных были еще биты публично, затем заключены в заточение. Очевидно, не строгое, если вскоре все разбежались. Новгородская летопись выражается так: "Геннадий владыка одних еретиков велел жечи на Духовском поле, иных торговой казни преда, а иных в заточение посла, а иные в Литву сбежали, а иные в немцы". Преп. Иосиф поясняет эту возможность убега опять обманом властей и притворством. Еретики цинично практиковали методы секретных обществ. Обманули они этим Геннадия. Препод. Иосиф выражается так: "они же убояшася казни и начаша каятися вси, архиеп. же Геннадий ят веру покаянию их, даст им ослабу и, яко прияша ослабу, и абие вси на бегство устремишася, инии в Литву, и инии в немцы и во иные грады". Опять дружный сговор, сознательный метод обмана властей. Не похоже на обычную русскую анархичность.