Православные, в том числе и кн. Острожский, писали о ходе дел восточным патриархам. Александрийский патриарх Мелетий Пиг прислал письмо кн. Острожскому и в нем уполномочил своего протосинкела, знаменитого Кирилла Лукариса, который здесь учительствовал в Львовской братской школе с 1594 г., быть на соборе его представителем. Никифор, хотя по сану и архидиакон, но занимал пост протосинкелла вселенского патриарха и в течение трех лет поездки Иеремии II в Москву состоял в Царьграде местоблюстителем патриаршего престола. Теперь он был назначен с 1592 г. патриаршим экзархом на Молдавию и Польшу. Церковно-административные полномочия патриаршего протосинкелла, хотя бы в архидиаконском сане, аналогичны латинским достоинствам кардиналов — диаконов. В Молдавии в 1595 г. Никифор уже председательствовал на соборе против унии. По приезде в Польшу он сначала был арестован в пограничном Хотине. Но, по ходатайству православных, был освобожден. Проводя Никифора на собор, православные думали провести его в председатели, как старейшего по званию патриаршего экзарха над местным митрополитом М. Рогозой. Но собор был организован властью короля так, чтобы быть только парадом объявления (а не обсуждения) унии.
Однако православные, не обольщаясь надеждами на полную формальную победу, сделали все усилия, чтобы их соборное представительство могло быть канонически безупречным и максимально солидным. Под соборное право мирян постарались подвести прочную и широкую базу. Использовали процедуру сеймиковых выборов депутатов на генеральный сейм. Уездные сеймики для выборов на генеральный сейм 1597 г. происходили осенью 1596 г. Православные дворяне на этих съездах выбрали депутатов на церковный собор и снабдили их надлежащими инструкциями. Мещане (депутаты от городов) явились представителями от магистратов. Таким образом, тут было правильное представительство от всех слоев организованного русского православного общества.
Однако, представительство православной стороны не удержалось от невыгодных для него крайностей. Возмущение православных пред системой изменнического со стороны епископата и насильственного со стороны короны способа введения унии было таково, что православные вдались в некоторые "военные" крайности (à la guеrrе соmmе à la guеrrе). В нарушение буквы королевского указа мобилизовались в качестве сочувствующих местные Брестские протестанты. Не претендуя входить в самый собор, они демонстрировали ему свою моральную охрану. К сожалению, и кн. Острожский, потеряв веру в рыцарское достоинство короля, приехал в Брест под вооруженной охраной отряда из татар и гайдуков с пушками. Сам Острожский просил у короля не допускать этого, а теперь он, очевидно, поддался панике православной церкви, которая опасалась, что королевская полиция применит к православным прямую силу и не допустит их не только на собор королевский, но и на свой собственный.
Что касается состава униатского собора, то под протекторатом верховной власти он формально был легален. На соборе были, кроме папских легатов и уполномоченных от короля, митр. Рогоза и с ним пять епископов. Двое из семи епископов, Гедеон Львовский и Михаил (Копыстенский) Перемышльский, "стались на стороне православных. Но под всеми почти документами, предрешившими унию, как мы видели, уже стояли и их грешные подписи, данные в кредит передовой двоице — Кириллу и Ипатию. Таким образом, формально под программой собора стояли подписи всего епископата. Если даже исключить двоих, все равно иерархическое большинство было на стороне униатского собора. Так и всегда в истории церкви. Формально — правильные права собора сами по себе еще не решают вопроса. Сила или бессилие собора еще проверяется опытом: — примет ли данный собор вся церковь? Это критерий "рецепции". В данном случае вся соборность русской церкви униатского собора не приняла. И формально-правильный Брестский собор стал "лжесобором".
Властям предержащим было известно настойчивое "упорство" православных. Для себя власть имущие, конечно, считали безумием допускать какую-либо оппозицию в процедуру налаженного официального собора. Решено было пройти мимо, замолчать оппозицию и создать из собора упрощенное, гладкое, официальное торжество. Поэтому митр. Михаил в назначенный, всем известный срок 6-го октября, никак об этом не извещая православных, а просто в своем узком составе епископского собора отправился в церковь св. Николая, служившую кафедральным собором города Бреста, и после литургии и молебна там же открыл и собор. Рассуждать на таком соборе ни о чем не приходилось: все было предрешено. Поэтому церемония открытия собора в этот день молебном и ограничилась. Параллельно и неофициально шли попытки привлечь хотя бы часть православной оппозиции на свою сторону. Все другие церкви Бреста были заперты для православных. В безысходности православные могли найти приют только у протестантов, не в храме, конечно, чтобы не давать повода к демагогической клевете об измене веры, а в частном доме протестанта пана Райского. Правда, и здесь большая зала, предоставленная хозяином православному собору, служила также протестантской молельней. В безиконной зале поставили на аналое посредине крест и евангелие. 6-го октября православные собрались здесь в предположении, что они могут получить приглашение от митрополита на собор, но не дождались его до вечера. И тогда уже собравшиеся сочли себя в праве открыть свой собор независимо от собора "казенного", правительственного. Экзарх Никифор имел письменные полномочия от патриарха КПльского — председательствовать на местных соборах, хотя бы в них участвовал и сам митрополит. Таким образом, лицо Никифора — экзарха КПльского патриарха, придало формально-правильную организацию православному собору. Никифор был признан, как заместитель патриарха, председателем. По примеру практики КПльской патриархии, сложившейся под турецким владычеством, когда на место канонической власти басилевса встало представительство от православного народа в форме так называемого "Смешанного Собрания", Никифор предложил применить здесь канонический обычай КПльской церкви. А именно: сначала отделить более тесный круг иерархии и священства от более широкого круга мирян. Говоря новым техническим языком, предложить функционировать двум палатам: верхней и нижней. Эти два круга тут же названы были местными терминами, как два "кола": "коло" верхнее и "коло" нижнее.
Верхнее иерархическое коло открывшегося таким образом православного собора решило начать формальные отношения с митрополитом М. Рогозой. Патриаршие экзархи, Никифор и Кирилл Лукарис, отправили митрополиту письменное приветствие и приглашение придти к патриаршим экзархам для предварительного совещания и вместе с ними отправиться, куда укажет митрополит, на самый собор. Депутация из 6-ти духовных лиц не могла увидеть митрополита лично. Ее принял епископ Пинский Иона (Гоголь). Ответ митрополита, переданный через Иону, был таков: "Подумаем. Коли нужно будет явиться, то явимся". Параллельно попробовал прорвать эту блокаду около лица митрополита, прося свидания с ним, сам кн. Острожский. Но Михаил свидание отклонил. Стало ясным желание полного разрыва. Православные опять послали новую депутацию к папскому легату, епископу Львовскому Димитрию Соликовскому, выражая желание быть на соборе, так как сам митрополит в свое время открыто и письменно пригласил их на этот день, а теперь от них скрывается. Все было напрасно. Правительственный собор решил игнорировать православных.
Когда православные точно установили факт официального открытия собора митрополитом в церкви после молебна, то сочли, что они уже не имеют права бездействовать и должны сами также открыть собор. Начали с освящения залы молитвой. Был уже поздний час. Речь держал Гедеон Львовский. Осуждал митрополита в нежелании и боязни предстать пред патриаршими экзархами. В том же духе высказались и светские члены собрания. На другой день, 7-го октября, православные собравшись снова подождали: не будет ли каких вестей от митрополита? Чтобы проверить положение и иметь свободу действий в дальнейшем, снаряжено было новое посольство к митрополиту опять из 6-ти духовных лиц. Посланные встретились с только что прибывшими послами от короля. Те пожелали видеться прежде всего с князем Острожским, чтобы выяснить причину присутствия его вооруженных сил. Князь успокоил их и согласился отослать свою охрану на места. Делегация духовных послов добилась свидания с митрополитом и вернулась к собору с докладом. Митрополит принял их "с яростью и презрением" и сказал, что никакого ответа на их вопрос не будет. Этим был установлен факт разрыва и развязаны руки для действий православного собора. Наступила пятница 8-го октября. Председатели собора — экзархи предложили выполнить юридическую обрядность и отправить к митрополиту третье посольство из 9-ти лиц. Оно скоро вернулось с ответом от епископов изменников. Тон ответа был тон раздражения усталых и отчаявшихся людей. Епископы сказали: "что нами сделано, то сделано. Иначе переделывать мы не можем. Худо ли хорошо ли, но мы уже соединились с западной церковью".
Дорога к открытию православного собора была расчищена. Экзарх Никифор открыл его обширной речью. Но главное значение он придавал не своим полномочиям, а соборному голосу самого православного русского народа, который принесен сюда правильно избранными полномочными его депутатами. Поэтому председатель пригласил к выслушиванию целого ряда инструкций от православных, полученных ими "с мест", из разных провинций. Главные мысли депутатских докладов сводились к следующим положениям:
1. наличные русские епископы — самочинные изменники вере, отступники. За это они подлежат патриаршему и соборному наказанию лишением сана.