Вся эта униатская затея, все давления на вел. кн. Елену ставили перед владетельным русским классом в Литве революционный вопрос: не уйти ли из-под короны латинской под корону православную, московскую? С наибольшей легкостью такое решение вопроса представлялось для князей, имевших свои уделы-земли в непосредственном соседстве с московскими землями. И вот, делая ставку на растущую силу гегемонии Москвы, пограничные князья начинают перебегать к Ивану III. Само собой понятно, что это были вопросы чисто государственные, политические, вопросы выгоды и интересов. Но нельзя считать и положения веры и церкви только одним прикрытием политики. Время было еще почти средневековое, и вопросы религии и свободы совести имели большой вес и переживались остро. Московский летописец повествует, что в начале 1500 г. кн. Семен Иванович Бельский "прислал к великому князю Ивану Васильевичу бить челом, чтобы пожаловать его и принять на службу с его вотчиной и сказывал, что на них в Литве пришла великая нужда о греческом законе. Посылал де вел. кн. Александр к своей вел. кн. Елене отметника православные веры Иосифа, владыку Смоленского, да бискупа своего Виленского и чернецов Бернардинов, чтобы приступила к римскому закону, да и к князьям русским посылал и к виленским горожанам и ко всей Руси, которые держат греческий закон, и нудят их приступить к закону римскому". Здесь, под 1500 г. обобщаются события закулисной униатской интриги за целый ряд предшествующих годов, когда действовал в этом направлении почти открыто Иосиф Смоленский, не считаясь с митрополичьей властью еще живого митр. Макария.
Иван Васильевич Московский принял на московскую службу Бельского и немедленно послал извещение Александру Литовскому, мотивируя свой поступок так: "В наших договорных актах записано, чтобы нам состоящих на службе с их вотчинами не принимать на обе стороны. Но когда всем православным в Литве пришла такая нужда о греческом законе, которой раньше при твоем отце и предках не бывало, то мы, ради той нужды, приняли Семена на службу с вотчиной. То бы тебе было ведомо и ты бы в отчину нашего слуги не вступался и людям его обиды и силы не делал". По примеру Бельского тогда же били челом Московскому государю и были им приняты князья Семен Иванович Можайский и Василий Иванович Шемяка с богатыми волостями. Первый — с Черниговом, Стародубом, Гомелем, Любичем. Другой — с Рыльском и Новгородом-Северском. Перешли к Москве и князья Трубчевские, Мосальские, Хотетовские и др. — все мотивируя "нуждой о греческом законе".
Князь Литовский послал в Москву посольство с протестом: "Бельский тебе не умел правды поведать. Он лихой человек и наш изменник. Мы его уже три года и в глаза не видали. У нас, по милости Божией, в Литовском великом княжестве много князей и панов греческого закона, получше того изменника. А никого и никогда силой и нуждой ни предки наши, ни отец, ни мы к римскому закону не приводили и не приводим. Так ты бы, брат наш, держал крестное целование, данное нам, а Бельского и других наших изменников нам выдал". Иван III отвечал: "как же он не нудит к римскому закону, когда к нашей дочери, да и к князьям и панам русским и ко всей Руси посылает, чтобы приступили к римскому закону? А ныне учинил еще новое насилие Руси, какого прежде при его отце и предках не бывало: сколько повелел он поставить божниц римского закона в русских городах — Полоцке и других! Да жен от мужей отнимают, детей от родителей и силой окрещивают в римский закон. Так то ли он не нудит Руси к римскому закону?.. Про Бельского же ведомо дополнительно про то дело, что он, не желая быть отступником от греческого закона и потерять свою голову, перешел служить к нам с своей вотчиной. В чем же тут его измена"?
Литва объявила войну. Готовых решающих сил военных у нее под рукой не было. Московская армия 14 июля одержала блестящую победу. Взят был в плен сам главнокомандующий — вел. гетман, русский князь Константин Иванович Острожский. Война тянулась. В следующем году начались переговоры о мире. Со стороны Ивана IIІ выдвигались претензии за утеснение свободы совести кн. Елены. За 1501-1502 годы наступление Москвы и занятие Литовских городов продолжалось. Литва обратилась к посредничеству папы Александра VI. В марте 1503 г., наконец, мир был достигнут. Назывался он перемирием на срок 6 лет. Послы кн. Литовского привезли на московскую сторону и письма вел. кн. Елены, очутившейся в морально сложном и тяжелом разрыве с Москвой и при семейной привязанности к короне Литовской. Елена умоляла отца прекратить кровопролитие и не преувеличивать тяготы ее личного религиозного положения. Она писала: "везде мне полная свобода служить Господу Богу по обычаю и уставу св. греческой церкви". "Государь мой король, его мать, братья, паны и вся земля надеялись, что со мной из Москвы пришло в Литву все доброе, вечный мир, кровная дружба, помощь на поганых. А теперь видят все, что со мной все лихо к ним пришло: война, рать, взятие и сожжение городов и волостей, пролитие христианской крови, плен, плач, вопль... Вся вселенная не на кого другого, только на меня вопиет, что кровопролитие сталось от моего в Литву прихода, будто я к тебе пишу, привожу тебя на войну... Сжалься над своею дочерью. Возьми по-старому любовь и дружбу с братом и зятем своим: тогда ты не только мне учинил бы веселие, но и церквам Божиим благосостояние и святителям греческого закона мирное единение и всем людям греческого и латинского закона радость и мне великое в греческой вере утверждение".
Послы самого вел. кн. Александра докладывали в том же духе. Но русский по происхождению и языку Иван Сопега признавался, что религиозная жизнь великой княгини не лишена своих затруднений. Он говорил: "от мужа принуждения ей мало, а много ей укоризн от Краковского архиепископа Фридриха (брата короля) и от Виленского бискупа, и от панов литовских, которые говорят ей, будто она некрещена и другие подобные речи. Они-то и возбуждали папу писать к Александру, чтобы привел ее к покорности римской церкви". Сопега признавался, что пока жив муж, беспокоиться не нужно, но что "когда мужа в животе не станет", то архиепископ и папа наверное продолжат свое давление. Иван III, как победитель, потребовал от мужа нового письменного ручательства о свободе религиозной жизни Елены и чтобы к этому акту приложили свои печати и Краковский и Виленский бискупы. Сам Иван III в личном письме к Елене облегчал ее совесть и тревоги мотивами сверхличными, государственными. "Нет, дочка, то дело сталося не тобой, а неисправлением твоего мужа. Я чаял, что как ты к нему придешь, то тобою всей Руси и греческому закону окропление будет. А он, как ты пришла к нему — начал нудить тебя, да с тобой и всю Русь, к римскому закону". Дальше Иван III призывал дочь стоять твердо в греческом законе и даже "пострадать за него до крови, но не делать бесчестья своему роду". "Но если, дочка, поползнешься и приступишь к римскому закону, своею ли волею или неволею, то от Бога погибнешь душой, от нас в неблагословении будешь, а зятю своему мы того не спустим: у нас с ним будет беспрестанная рать".
Эта защита оружием русскости и православия оправдалась на долгий сравнительно срок. Навязывание унии отступило на задний план. К Москве навсегда перешло все княжество Чернигово-северское, церковно составлявшее Чернигово-Брянскую епархию. В рамках Московской митрополии она была временно упразднена и вновь восстановлена лишь при патриархах. Победный для Москвы мир ободрил и поднял самосознание православных в Литве. Они почувствовали себя под защитой. Тем более, что во время войны православные князья и вельможи жертвенно защищали Литовское государство и на русском фронте, и от крымских татар, и от молдавских господарей. Великий князь Александр в такой атмосфере мог смело перейти к политической дружбе с православным панством и отдалиться от фанатичного бискупа Войтеха. Не нарушая формально основного литовского закона о не дозволении русским вновь строить каменные церкви, Александр начал в нужных местах дарить земли великой княгине Елене, а та уже по своему панскому праву восстанавливала и вновь строила православные церкви. Вел. кн. Александр испросил у нового либерального папы Юлия II и формально освободить себя от миссионерских обязательств по отношению к своей жене, наложенных на него папой Александром VI. Но папе Юлию при этой уступке все-таки нужно было "сохранить свое лицо". В своем письме 1505 г. он разрешает вел. кн. Александру терпеть Елену, несмотря на ее упорство, не принуждать к католической вере пока... не скончается ее дряхлый отец и не представится другого случая. Все эти с точки зрения папы милостивые уступки он делает под условием, что Елена "будет содержать декреты Флорентийского собора, не будет презирать обрядов латинских и никого не станет приводить к своей русской секте". Двусмысленная фразеология делает вид, что Елена как бы является формально униаткой.
Иван III умер 28 октября 1505 г. Его сын и преемник Василий Иванович, родной брат Елены, прислал с своей стороны литовскому князю напоминание, чтобы в силу состоявшегося договора сестре его Елене не было никаких принуждений в деле веры. И Александр остался в этом верен до своей смерти в следующем 1506 г.