Во-первых, желали показать тем, что не с особенной охотой они соглашаются посвящать русского кандидата; во-вторых, действительно желали убедиться в его церковно-верноподданнических чувствах по отношению к патриарху и, в-третьих, может быть, имели в виду как можно более поживиться на счет богатого ставленника. После испытания, св. Алексий получил посвящение в митрополиты киевские и всея Руси, о чем и выдан был ему соборный акт патриархом Филофеем от 30 июня 1354 г., в котором греки откровенно заявляют о своем принципиально-отрицательном отношении к поставлению митрополитов из русских и представляют настоящий случай, как исключительный. "Хотя подобное дело", гласит соборный акт, "совершенно необычно и небезопасно для церкви, однако ради достоверных и похвальных свидетельств о нем (Алексие) и ради добродетельной и богоугодной жизни, мы судили этому быть, но это относительно одного только кир Алексия и отнюдь не дозволяем и не допускаем, чтобы на будущее время сделался митрополитом русским кто-нибудь другой, устремившийся сюда оттуда: из (клириков) сего богопрославленного, боговозвеличенного и благоденствующего КПля должны быть поставляемы митрополиты русские". Данная фразеология свидетельствует, что греки чувствовали нараставший национализм русской церкви и под ним опять оживавшую мечту об автокефалии. Чтобы не даром обошлось настоящее поставление св. Алексия, к нему были предъявлены исключительно строгие условия касательно контроля и отчетности по управлению митрополией. Ему вменено было в обязанность через каждые два года являться с этой целью лично в КПль, и только в случае уважительных причин, представлять отчет через избранных клириков. Из последующей истории мы видим, что св. Алексий был в КПле еще только один раз и, вероятно, достаточные подношения, отправлявшиеся с уполномоченными митрополита, вполне заменяли для КПльских властей его личное присутствие. Кроме того, смутное время в КПле по поводу исихастических споров, сопровождавшееся сменой правительств, избавляло митр. Алексия от регулярного и буквального выполнения взятых им на себя обязательств.
Во время пребывания св. Алексия в КПле, там состоялось патриаршее решение по жалобе новгородского арх. Моисея на митр. Феогноста. Послы новгородские ушли домой с грамотой патриарха, заключавшей в себе "великое пожалование" их владыке, в виде права на ношение фелони с четырьмя крестами. Но когда св. Алексий вошел у патриарха в доверие и посвящен был в митрополиты, он подробнее разъяснил ему намерения новгородцев, вследствие чего получилась в Новгороде вторая грамота от патриарха, с повелением беспрекословно повиноваться святителю Алексию и не сноситься с ним — патриархом без ведома последнего. Патриарх и впоследствии поддерживал сторону митрополита против сепаратистских стремлений новгородских владык. Известна грамота патриарха Филофея от 1370 года к преемнику архиепископа Моисея — Алексию, в которой патриарх лишает его права носить крестчатые ризы, как личной только привилегии его предшественника, и строго приказывает быть послушным митрополиту и великому князю.
Перед отъездом из греческой столицы в 1355 г. митр. Алексий убедил греков, в виду совершившегося уже перенесения резиденции русских митрополитов из Киева во Владимир, канонически оформить эту новизну, вследствие чего и состоялось определение патриаршего Синода, утверждавшее и одобрявшее этот факт. "Так как, по словам соборного акта, Киев сильно пострадал от смут и беспорядков (настоящего) времени И от страшного напора соседних Аламанов и пришел в крайне бедственное состояние, то святительски предстоятельствующие на Руси, имея здесь не такую паству, какая им приличествовала, но сравнительно с прежними временами весьма недостаточную, так что им недоставало необходимых средств содержания, переселились отсюда в подчиненную им святейшую епископию Владимирскую, которая могла доставить им постоянные и верные источники доходов..." Поэтому, говорит патриарх, "мерность наша во св. Духе повелевает настоящею соборною грамотою, чтобы этот преосвященный митрополит России и все его преемники пребывали во Владимире, имея здесь свое постоянное и во веки неотъемлемое место жительства, так чтобы Киев, если он останется цел, был собственным престолом и первым седалищем архиерейским, а после него и вместе с ним святейшая епископия владимирская была бы вторым седалищем и местом постоянного пребывания и упокоения митрополитов". Грекам небезызвестен был факт связи митрополитов русских с Москвой, но они хотели подчеркнуть примат канонической традиции. По инициативе митрополита-грека Максима совершилось перенесение седалища Киевской кафедры во Владимир, и он первый там нашел свое вечное упокоение. Митр. Алексий, как наместник митрополита Феогноста, уже носил титул Владимирского, потому и КПль останавливал этот процесс без перемен (по существу национально-политических) на стадии уже формально оправданной, не перескакивая через нее ради Москвы.
Но власть фактической истории часто бывает сильнее отвлеченных традиций. Так и тут, пока в КПле, из боязни нарушать традиции русской кафедры, закрепляли на бумаге связь ее с Владимиром, в самой жизни эта связь уже порвалась, и новый митрополит Алексий является окончательно и во всех отношениях митрополитом московским. Ему, по его происхождению и близости к московской династии, пришлось не только жить в Москве, но стать в полном смысле ее государственным деятелем. Еще вел. князь Симеон Иванович перед своей смертью (1353) завещал своим братьям Ивану и Андрею быть в послушании нареченному митрополиту Алексию: "слушали бы есте отца нашего владыки Алексея, тако же старых бояр, хто хотел отцю нашему добра и нам". И, вероятно, еще при слабом Иване Ивановиче (1353-1358) митр. Алексей, в силу этого завещания, приобрел фактический авторитет опекуна княжеской власти, а по завещанию последнего князя, митрополит уже прямо назначался регентом над его малолетним наследником Дмитрием Ивановичем. В этом единственном во всей нашей истории положении, митрополит Алексий был ревностным споспешником интересов московской государственной власти. Как свидетельствуют греческие акты, великий князь московский и всея Руси Иоанн (Иван Иванович) пред своей смертью не только оставил на попечение тому митрополиту (т.е. Алексею) своего сына Дмитрия, но и поручил управление и охрану всего княжества, не доверяя никому другому в виду множества врагов", и "митрополит прилагал все старания, чтобы сохранить дитя и удержать за ним страну и власть", причем "весь предался этому делу". Когда в малолетство Дмитрия в Золотой Орде воцарился узурпатор Наврус, у него в 1360 г. сумел добыть права великого княжения суздальский князь Димитрий Константинович, но, благодаря стараниям московских бояр и митрополита Алексия, чрез два года снова был издан ярлык, вручивший великокняжескую власть Дмитрию Ивановичу. Особенно деятельное участие пришлось принимать св. Алексию в борьбе Москвы с потомками когда-то великих князей Тверских; его властное пастырское вмешательство направляло ход дела в пользу московского князя в самые трудные моменты этой борьбы.
Но политика, как известно, есть такая область, в которой трудно бывает соблюсти этическое равновесие; поэтому и на биографию митрополита Алексия в одном пункте ложится некоторая тень. Под 1367 г. летописец сообщает, что великий князь Дмитрий Иванович московский заложил в Москве каменный кремль и "всех князей русских начал приводить под свою волю, а которые не повиновались его воле, на тех начал посягать". Такого "посягательства" не потерпел враждебный Москве тверской князь Михаил Александрович; он ушел к своему зятю, литовскому князю Ольгерду и возвратился оттуда с литовским войском. Вскоре, однако, у них состоялся с московским князем мир. Но в Москве все-таки не считали Михаила Александровича другом и желали как-нибудь лишить его всякой власти и значения. И вот, говорит летописец, "князь великий Дмитрий Иванович со отцем своим пресвященным Алексием митрополитом зазваша любовию к себе на Москву князя Михаила Александровича Тверского, и потом составиша с ним речи, таже потом бысть им суд на третей на миру в правде: да (потом) его изымали, а что были бояре около его, тех всех поимали и розно развели", т.е. под предлогом дать третейский суд Михаилу Александровичу с его дядей, московские власти пытались вероломно лишить его свободы. Но их замыслу помешали слухи о приближении трех послов из Орды. Боясь татар, москвичи "усумнешась" и выпустили на свободу плененного князя, принудив его дать клятву в собюдении мира с Москвой. Факт участия в этом деле митрополита Алексия историки толкуют различно. Митр. Платон рассуждает так: "о сей поступке митр. Алексия не иначе судить можно, как что она происходила от истинной любви к отечеству. Видел он до какого несчастия доведена Россия чрез многие удельные княжения и непрестанные между ними брани и раззорения, и через то подвергла себя татарскому игу: и под сим мучительным и бесчестным игом состоя, от междоусобий не переставала, видел также и святый и просвещенный старец, что сему несчастию и игу конца не будет, ежели удельные княжения будут продолжаться и самодержавие не будет восстановлено. Почему митр. Алексий не только таковому великого князя предприятию, чтоб удельных князей себе покорить, во всем споспешествовал; но едва ли не он, яко старый и опытный и по сану уважаемый муж, младому князю, таковый совет внушил и его подкреплял". (Крат. ц. р. ист. I, 191-192). Карамзин думает, что здесь св. Алексий не по доброй воле уступил решению бояр. Преосвященный Макарий и С.М. Соловьев стараются не распространяться об этом событии, а преосв. Филарет совершенно его замалчивает. Вероятно, просто дело нужно объяснять в том смысле, что и на солнце бывают пятна.