Сто лет спустя мы снова встречаемся на Руси с фактом независимого от греков поставления русского митрополита. Это поставление в Киеве собором шести русских епископов, при протесте меньшинства, в 1147 г. митрополитом инока Зарубского монастыря Климента по желанию вел. кн. Изяслава Мстиславича. Нельзя не видеть в этом акте проявления неумиравшей у русских национальной мечты о церковной автокефалии. Политическая обстановка благоприятствовала только вскрытию этой мечты.
В ту пору Киев был ареной ожесточенной, часто недобросовестной, вероломной борьбы двух княжеских линий — Мономаховичей и Ольговичей. Доблестный митр. Михаил-грек все силы напрягал, чтобы остановить бурные междоусобия и примирить враждующие стороны, чего ему и удавалось иногда достигать. Еще в 1134 г., будучи случайно в Новгороде, митр. Михаил протестовал против войны Мстиславичей с своим дядей Юрием Долгоруким, но был посажен за это в заключение, из которого вышел после поражения непослушавших его князей. В 1136 г., под Киевом готовы были сойтись войска Ольговичей и Мономаховичей, но Ярополк Владимирович Киевский благоразумно уступил Ольговичам, видимо под влиянием митрополита Михаила, о котором летопись говорить, что "честный митр. Михаил ходил с крестом между двумя враждебными ратями и примирил их крестным целованием". В 1140 г. Ольговичи снова подступили к Киеву, чтобы прогнать оттуда следуюшего сына Мономахова Вячеслава. Началось было разрушение города, но митрополит снова явился пред войсками нападавших и объявил, что Вячеслав, не желая кровопролития, без боя покидает Киевский престол. Митрополит Михаил с честью встретил нового князя Всеволода Ольговича и жил с ним в мире.
Таким образом, успехи примирительной политики митрополита всякий раз окупались уступками со стороны Мономаховичей и закончились переходом киевского стола в руки Ольговича. Неудивителыю, если представитель обиженного рода, Изяслав Мстиславич, воротивший себе в 1146 г. власть путем нарушения клятвы, данной Всеволоду Ольговичу, не был расположен не только к наличному митрополиту, но и вообще к митрополитам-грекам, которым, как видно из примера митр. Михаила, чужды были родовые пристрастия князей и дороже всего была нейтральная политика мира. Изяслав захотел иметь митрополита партизана, защитника интересов своего рода. Таковым мог быть только русский и при том в полном смысле его креатура, т.е. поставленный по воле князя, без спроса патриарха. Вот возможный мотив действий великого князя в данном случае. Стойкость митр. Михаила только способствовала крутой постановке дела. В 1145 г. митр. Михаил ходил в Царь-град. Старые историки (Евгений, Филарет) предполагали, что он и умер там. Но митр. Макарий, за неимением документальных данных, считает этот вопрос открытым. Татищев даже цитирует будто бы летописное свидетельство "тогоже году (1147 г.) умре в Киеве мит. Михаил".
Когда в 1146 г. в Киев вступил, после боя, Изяслав Мстиславич, то митрополичьей встречи ему не было. Уклонился ли митр. Михаил, не прощая князю-победителю его клятвопреступления, или, вернее, не возвратился еще из Византии... Там в эти годы происходили бурные политические перемены, сопровождавшиеся сменой патриархов и даже долговременным пустованием патриаршей кафедры. Митр. Михаил, как член КПльской иерархии и подданный своих василевсов, мог считать необходимым свое присутствие в столице. Как бы то ни было, митр. Михаил противодействовал политическому насилию, как мог, каноническими мерами. И, на время своего отсутствия из Киева, по соглашению с единомышленными с ним епископами, митр. Михаил наложил своего рода интердикт на архиепископское служение в своем кафедральном Киевском Соборе св. Софии. Явно, что он предвидел какую-то возможность посягательств на права и власть митрополита. Может быть, просто уже знал о замысле явочного поставления русского митрополита без благословения патриарха. Так оно и вышло.
Когда Изяслав-победитель выслушал от Нифонта еп. Новгородского, ревнителя канонической лояльности, доклад: — "мы взяли от Михаила от митрополита рукописание, яко не достоит нам без митрополита в Св. Софии и служити"[23], он вероятно был взбешен и решил отделаться от упорного грека, — заменить его своим дружественным кандидатом из русских. Такой у него на примете и был. Это был известный своей богословской ученостью инок Зарубского монастыря Климент, прозванный Смолятич или по его родине, или по его иночеству в Зарубском монастыре г. Смоленска, хотя монастырь с таким же именем был и в Киеве. "Таков книжник и философ, какого в русской земле не обреталось", по отзыву летописи. Эта репутация Климента стала вполне понятной только с 1891 г., когда наши петербургские ученые, проф. академик Н.К. Никольский и Хр. М. Лопарев, одновременно опубликовали открытое ими независимо друг от друга "Послание Климента к пресвитеру Фоме Смоленскому". В 1051 г. вел. кн. Ярослав также выдвинул на митрополичью кафедру первоклассное светило русской богословской учености — Иллариона. Тогда не нашлось среди епископов сопротивления этому акту. Сейчас иерархия раскололась. Создалась веская оппозиция из трех епископов. Это были: Мануил, еп. Смоленский — грек, Косма, еп. Полоцкий — вероятно грек и Нифонт Новгородский — киевлянин, но долго живший на греческом Востоке и знаток канонов. Это была партия канонической акрибии. Но большинство шести епископов (Онуфрий Черниговский, Евфимий Переяславльский, Даниил Юрьевский, Феодор Белогородский, Феодор же Владимирский и Иоаким Туровский) составило партию князя. При этом Иоаким Туровский был даже под арестом привезен князем в Киев. И вел. князь решил действовать по летописному слову "особь с шестью епископы". На избирательном соборе Онуфрий Черниговский придумал казуистический аргумент для оправдания самочинного поставления русского митрополита. Греки, говорил он, ставят патриархов рукой Иоанна Предтечи[24]. А у нас в Киеве есть глава св. Климента папы Римского[25]. Повидимому и Климент Смолятич как раз носил имя этого святого папы. Климент был поставлен именно в Софийском соборе 27 июля 1147 г. в день вел. муч. Пантелеймона — день именин вел. кн. Изяслава по его церковному имени. Это символично — насколько вся акция была делом вел. князя и в его политических интересах. Второй раз русская церковь волею велик. князей бросила вызов КПой патриархии, претендуя по меньшей мере на автономию. Началась борьба принципа канонического права с случайностями исторических фактов. Нифонт, глава оппозиции (очевидно и Мануил и Косма) не поминал Климента, как митрополита. Вел. кн. Изяслав потребовал явки Нифонта в Киев. Здесь уже Климент наложил на него запрещение за неповиновение. Нифонта посадили в заключение в Печерский монастырь. В это время, по Ипат. Летописи, "патриарх присла к нему граматы блажа и причитая к святым его. Он же более крепляшеся, послушивая грамот патриаршь". Но в 1148 г. Юрий Долгорукий Суздальский прогнал Изяслава из Киева и освободил Нифонта. Климент убежал вслед за Изяславом во Владимир Волынский. Но вскоре Изяслав снова захватил Киев. С ним, конечно, возвратился и Климент. Умерший в 1155 г. Изяслав передал вел. княжение своему смоленскому брату Ростиславу Мстиславичу. Тот, как имевший около себя епископом грека Мануила, принципиального противника Климента, прийдя в Киев, не проявил однако ревности против русского автономного митрополита. Может быть потому, что и сам себя еще не чувствовал прочно в Киеве. Действительно, через несколько месяцев в том же 1155 г. Ростислава снова прогнал Юрий Долгорукий. И тогда Климент опять бежал вместе с семьей покойного Изяслава в их Владимир Волынский.