Греки приехали в Феррару еще в марте. Но собор до прибытия митрополита Исидора в собственном смысле еще не открывался. Для греков всего нужнее были тут европейские государи, или их представители. Между тем, ни один из них не хотел явиться в Феррару, а все были на стороне собора Базельского (1431-1443 гг.). По просьбе византийского императора, папа послал легатов за государями, и в ожидании их, с 9 апреля 1438 г. назначил предварительные частные совещания между избранными представителями латинской и греческой партии. Эти частные переговоры продолжались до 8-го октября (1438 г.). Тогда, после напрасных ожиданий прибытия государей, открыты были торжественные соборные заседания. Греки упорно отстаивали свои мнения, и не предвиделось возможности подействовать на них доводами разума. Папа, на счет которого они содержались, начал урезывать им выдачу средств содержания и, наконец, совсем прекратил ее. В январе 1439 г. собор был перенесен во Флоренцию. Там, при пособии богатых граждан, выдача содержания грекам была возобновлена, но вскоре, в целях нравственного давления, опять прекратилась. Не видя толку от догматических препирательств, в которых одна сторона тщетно ожидала уступок от другой, папа предложил грекам крутую альтернативу: или принять к Пасхе 5-го апреля все латинское вероучение, или уезжать обратно. Пущено было в ход и золото. Несчастные греки заколебались. Наиболее податливые из них специально приглашались к папе и оттуда возвращались поборниками соединения. Отступление началось с русского митрополита Исидора и никейского Виссариона. Они склонили на уступки царя и умиравшего патриарха Иосифа. Затем, путем разных притеснений и давлений были вынуждены на унию и все остальные греческие иерархи, кроме Марка Ефесского. 5-го июля 1439 г. они подписались под актом унии, по их собственным словам "со стенанием и плачем в глубине сердца".
Путешествие митрополита Исидора на Флорентийский собор и самый собор описаны двумя его русскими спутниками и очевидцами, состоявшими в свите единственного русского епископа Авраамия Суздальского. Неизвестный по имени суздалец издал "Путевые записки" данного путешествия, а суздальский иеромонах Симеон написал "Повесть об восьмом (Флорентийском) соборе". Оба автора, как явствует из их произведений, сделали это по официальному поручению, и, следовательно, взяты были во Флоренцию в виду их сравнительной образованности и способности к литературному труду: одному было поручено вести дневник путешествия, а другому запись соборных деяний. Автор "Путника", по некоторым признакам человек светский — дьяк, ведет свои записки в спокойно-официальном тоне, чуждом отрицательного отношения к западному христианству и состоявшейся унии. Исидора он везде называет почетным титулом "Господина", Флорентийский собор называет "святым собором" и с канцелярским безучастием сообщает о конечном результате: "написаны грамоты сбора их, како веровати во святую Троицу". Иным характером отличается "Повесть" иеромонаха Симеона. Как лицо духовное, он не мог выдержать официально-объективного отношения ко всему латинскому. Вначале протокольную запись соборных деяний Симеон также старался вести в духе официальной беспристрастности, но затем, когда, после ссоры с Митр. Исидором, он обрабатывал свою "Повесть" в Новгороде и в Москве, искренняя точка зрения русского человека в ней обнаружилась вполне. От первоначальных записей в "Повести" проскальзывает название Флорентийского собора "вселенским собором", но чаще Симеон именует его "латинским, не благословенным собором", католические храмы "божницами", папу и кардиналов — буями и заносчивыми, греков сребролюбцами и людьми продажными и превозносит только свою "великую и славную русскую землю" и ее "благоверного и истинно-православнаго великого князя". На основании двух указанных произведений о Флорентийском соборе составлены были русскими людьми и другие сказания, из коих особенно замечательное "слово избранно от свв. писаний, еже на латыни, и сказание о составлении, осьмаго собора латинскаго", о котором скажем ниже.
В состоявшемся акте Флорентийской унии русскому митр. Исидору принадлежит не какая-нибудь заурядная роль, а первостепенная роль инициатора и главного его устроителя. Иосиф, епископ Метонский, участник собора, говорит, что Исидор первый начал доказывать необходимость принятия унии на условиях, предложенных папой, и решительно повлиял в этом смысле на самого императора, пользуясь своим громадным авторитетом. А насколько велик был этот последний, видно из того, что Исидора прочили в преемники скончавшемуся на соборе патриарху Иосифу. Русское "Слово о составлении осьмаго собора" всю вину унии возлагает на Исидора, обращаясь к нему с укоризнами: "царя обольстил еси, патриарха смутил еси и царствующий град погибели исполнил еси". Сам папа в своей грамоте Исидору, говорит ему: tе, сujus virtus еt diligеntiа in hас sаnсtа uniоnе аdmоtum соgnоvimus prоfuissе, за что, по свидетельству Симеона Суздальца, "ни единого возлюби папа митрополита, якоже Исидора". Для объяснения мотивов, побудивших Исидора сделаться столь ревностным униатом, мы не имеем прямых данных. Вероятно, здесь имеет главное значение отчаянный патриотизм, не видевший другого исхода для спасения империи от турок. В ответ на папский ультиматум, после продолжительных и бесплодных догматических прений, Исидор первый отозвался в таком роде: "лучше душою и сердцем соединиться с латинянами, нежели, не окончив дела, возвратиться ни с чем, куда — и когда?" По его мнению, это значило потерять отечество. Новое предположение для объяснения личности митрополита Исидора выдвигает наш соотечественник, византинист г. Регель, издавший в 1891 г. (СПБ) в своих Аnаlесtа bуsаntinо-russiса письма Исидора к итальянскому гуманисту Гуарино Гуарини. Содержание писем, правда, не дает никаких существенных черт для характеристики мировоззрения Исидора, но явствующий из них факт близкого, дружеского знакомства его с итальянским гуманистом вызывает г. Регеля на предположение, что и сам Исидор, подобно своим образованным современникам Гемисту Плитону и Виссариону Никейскому, был гуманист, т.е. человек настолько отрешившийся от твердой почвы церковности, что для него были совершенно безразличными мелкие вероисповедные разности отдельных церквей. С этим предположением как будто гармонирует и образ поведения Исидора на соборе. Он — многосведущий философ, на диалектику которого греки возлагали большие надежды, молчит во все время, пока продолжаются богословские рассуждения (догматика не трогает его сердца; он к ней индифферентен) и начинает говорить только тогда, когда богословию пришел конец и наступил момент практической сделки... Под актом унии Исидор подписывается с особым сочувствием. Тогда как другие писали: ορίσας υπέγραψα, στοιχίσας υπέγραψα, просто — υπέγραψα, он, в отличие от всех, написал: οτέργων και συναινών υπέγραψα т.е. "подписуюсь с любовью и одобрением". Единственный русский епископ, приведенный Исидором на собор, Авраамий Суздальский, также принужден был своим "господином", после недельного заключения в темнице, приложить свою руку. Посетитель флорентийской Медичейской библиотеки и теперь может читать на подлинном соборном акте, среди причудливых греческих завитков, единственную ц.-славянскую робкую, но каллиграфически четкую, подпись: "Смиренный епископ Авраамие суждальский подписую".
Пред отправлением в обратный путь Исидор получил от папы сан кардинала-пресвитера и звание легата от ребра апостольского (lеgаtus dе lаtеrе) для провинций: Литвы, Ливонии, всей России и Польши (т.е. вероятно Галичины). В конце 1439 г. Исидор отправился на Русь через Венецию; затем морем до хорватского берега; отсюда через Загреб, Буда-Пешт и Краков в Литву. Из Буда-Пешта в начале 1440 г. он отправил в область своего легатства окружное послание, в котором с торжеством и радостью провозглашает о состоявшемся соединении церквей. "Приимите", обращается он к православным, "сие святое и пресвятое соединение и единоначальство, с великою духовною радостью и честью — вы же латинстии роди тех всех, иже в гречестей вере суть, истинно веруйте, без всякаго размышления, суть во вси крещени и крещение их свято и есть и испытно (признано) от римския церкве". Православных митрополит убеждает без всякого сомнения ходить в латинские церкви и приобщаться от опресноков, а латинян наоборот. Не доезжая до Кракова, митрополит Исидор был гостеприимно встречен латинским епископом краковским; в самом Кракове имел свидание с польским королем; здесь же он совершал греческую литургию в католическом соборе, а по соседству с Краковом в г. Тарновце участвовал вместе с одним польским епископом в освящении костела. Отсюда Исидор отправился уже в города собственной митрополии: Перемышль, Львов, Галич, Холм и т.д. до Вильны, куда прибыл в августе 1440 г. Из Вильны он еще раз возвращался в южную Русь (был между прочим в начале 1441 г. в Киеве) и только в марте этого года приехал в Москву.