З метою захисту публічних інтересів відповідно до ст. 330 ГК встановлюється обов'язковість державної експертизи інноваційних проектів з низки питань, обсяг яких залежить від джерел фінансування, ступеня суспільної ваги проекту, особи замовника. Так, інноваційні проекти, що інвестуються за рахунок бюджетних коштів (будь-якого рівня), а також проекти, замовниками яких є органи державної влади чи органи місцевого самоврядування, підлягають обов'язковій державній експертизі у повному обсязі, на відміну від інноваційних проектів, що інвестуються за рахунок інших джерел (обов'язкова державна експертиза таких проектів здійснюється лише з питань додержання екологічних, містобудівних та санітарно-гігієнічних вимог). У разі необхідності експертиза окремих інноваційних проектів, що мають важливе народногосподарське значення, може здійснюватися за рішенням Кабінету Міністрів України.
Відповідно до ст. 12 Закону «Про інноваційну діяльність», інноваційний проект набуває відповідного режиму (в тому числі і право на фінансову підтримку) лише за умови державної реєстрації, яка здійснюється за ініціативою суб'єкта інноваційної діяльності.
Державна реєстрація інноваційних проектів проводиться відповідно до постанови Кабінету Міністрів України від 17.09.2003 р. № 1474 «Про затвердження Порядку державної реєстрації інноваційних проектів і ведення Державного реєстру інноваційних проектів. Таким спеціальним уповноваженням органом виконавчої влади МОН. Згідно з цією постановою суб’єкт інноваційної діяльності, який заявляє інноваційний проект на державну реєстрацію подає до МОН такі документи: заяву про розгляд інноваційного проекту згідно із затвердженою МОН формою; інноваційний проект згідно із затвердженою МОН формою у трьох примірниках, що прошиті і пронумеровані, засвідчені підписом і печаткою; бізнес-план інноваційного проекту на паперовому та електронному носіях; юридичним особам, крім цього копію свідоцтва про державну реєстрацію та установчих документів завірених нотаріально, довідку з державної податкової інспекції за місцем реєстрації про стан розрахунку з Державним бюджетом; фізична особа – нотаріально засвідчену копію документа, що посвідчує особу, копію ідентифікаційного коду.
Для кваліфікування інноваційних проектів МОН організує проведення експертизи прийнятих до розгляду інноваційних проектів (виконується за рахунок коштів суб'єктів інноваційної діяльності, які заявляють проекти па державну реєстрацію, відповідно до Закону України «Про наукову і науково-технічну експертизу»). Проекти, визнані за результатами експертизи інноваційними, заносяться МОН України до Державного реєстру інноваційних проектів, інформація про це публікується в офіційному бюлетені МОН України, а суб'єкту інноваційної діяльності видається свідоцтво про державну реєстрацію інноваційного проекту (є чинним протягом трьох років від дати його видачі).
Положення щодо державної експертизи містяться також у ст. 12 Закону «Про державне регулювання діяльності у сфері трансферу технологій», яка: встановлює випадки проведення такої експертизи (проводиться стосовно технологій або технологій і обладнання, що використовується для їх застосування, для яких суб'єктами трансферу технологій передбачається отримання субсидій, визначених законом, а також стосовно технологій або технологій і обладнання, які плануються для використання в Україні за рахунок державних коштів, якщо сума їх закупівлі дорівнює або перевищує розмір суми, визначеної для відповідних процедур закупівель Законом України «Про закупівлю товарів, робіт і послуг за державні кошти»; визначає мету проведення державної експертизи (визначення економічної доцільності та корисності для держави і суспільства впровадження технологій та обладнання з урахуванням можливих екологічних і соціально-економічних наслідків від їх застосування); встановлює вимоги до проведення державної експертизи технологій, якою мають бути визначені їх відповідність: загальним вимогам (технічний рівень і новизна технологій та обладнання; орієнтовна ціна технологій та обладнання чи розмір плати за їх використання; конкурентоспроможність технологій та продукції, яка буде виготовлена із застосуванням цих технологій; патентна чистота технологій, їх складових; відповідність технологій нормам техногенної та екологічної безпеки, технічного регулювання, міжнародним і національним стандартам); спеціальним вимогам, що встановлюються щодо обладнання, яке передбачається передати для використання на території України: спрямованість на виробництво нової продукції або на вдосконалення якості існуючої; забезпечення технологічності виробництва продукції, зниження його витратності, енерго- та матеріаломісткості; забезпечення використання місцевих матеріальних та людських ресурсів; відсутність в Україні таких технологій вітчизняного походження; визначає правові наслідки проведення державної експертизи технологій та їх складових, ї визнання на підставі цього проектів, спрямованих на їх використання, інноваційними: занесення таких проектів до Державного реєстру інноваційних проектів та їх реалізація відповідно до законів України «Про інноваційну діяльність» і «Про пріоритетні напрями інноваційної діяльності в Україні».
З огляду на особливу важливість для держави, її економіки окремих інноваційних проектів їх експертиза може здійснюватися за рішенням Кабінету Міністрів України. Це стосується інноваційних проектів з пріоритетних напрямів інноваційної діяльності – науково, економічно і соціально обґрунтованих та законодавчо визначених, спрямованих на забезпечення потреб суспільства у високотехнологічній, конкурентоспроможній, екологічно чистій продукції, високоякісних послугах та збільшення експортного потенціалу держави.
Окрім МОН, спеціальним уповноваженим органом у сфері інноваційної діяльності є Державне агентство України з питань інвестицій та інновацій здійснює повноваження відповідно до Указу Президента України від 30.12.2005 р. «Про утворення Державного агентства України з інвестицій та інновацій» (далі – Держінвестиції України) як центральний орган виконавчої влади зі спеціальним статусом. Відповідно до Положення, яке затверджене цим Указом основним завданням Держінвестицій України є: участь у формуванні та забезпеченні реалізації державної інвестиційної та інноваційної політики; координація роботи центральних органів виконавчої влади у сфері інвестиційної та інноваційної діяльності.
Держінвестицій України відповідно до покладених на нього завдань; подає установленому порядку пропозиції щодо формування державної інвестиційної та інноваційної політики; готує і подає Кабінету Міністрів України пропозиції щодо пріоритетних напрямів інноваційної діяльності, державних інноваційних програм та необхідних обсягів бюджетних коштів для їх кредитування; бере участь у розробленні проектів Державної програми економічного і соціального розвитку України, Державного бюджету України та Програми діяльності Кабінету Міністрів України; вживає заходів щодо залучення інвестицій в економіку України; подає на розгляд Президентові України та Національній раді України з інвестицій та інновацій (надалі – Національна рада) аналітичні матеріали та пропозиції з питань, віднесених до його компетенції; здійснює організаційне, інформаційне, правове та інше забезпечення діяльності Національної ради; готує матеріали для проведення засідань Національної ради, проекти її рішень; вносить пропозиції Національній раді щодо персонального складу утворюваних нею експертних рад та робочих груп за напрямами інвестиційної та інноваційної діяльності; організовує відповідно до законодавства проведення експертиз інвестиційних та інноваційних програм і проектів, подає відповідні пропозиції для розгляду Національною радою; здійснює в межах своєї компетенції супроводження та фінансування інвестиційних та інноваційних програм і проектів, координацію роботи, пов'язаної із залученням в установленому порядку інвестицій, кредитів для реалізації програм і проектів, визначених Національною радою; у межах своєї компетенції бере участь у підготовці міжнародних договорів України, готує пропозиції щодо їх укладення, денонсації, укладає міжнародні договори України та забезпечує їх виконання; формує інформаційні бази даних про інвестиційні та інноваційні програми і проекти; готує відповідно до законодавства пропозиції щодо запровадження спеціального режиму інвестиційної та інноваційної діяльності; здійснює державну реєстрацію інноваційних проектів і веде Державний реєстр інноваційних проектів; здійснює в межах своєї компетенції контроль за організацією виконання державних інвестиційних та інноваційних програм; готує і подає Кабінету Міністрів України пропозиції щодо утворення спеціалізованих державних інноваційних фінансово-кредитних установ для фінансової підтримки інноваційних програм і проектів, розробляє статути (положення) про ці установи; затверджує порядок формування і використання коштів підпорядкованих йому спеціалізованих державних інноваційних фінансово-кредитних установ і здійснює контроль за їх діяльністю; бере участь в організації навчання, підвищення кваліфікації та перепідготовки фахівців у сфері інвестиційної та інноваційної діяльності, готує пропозиції щодо вдосконалення системи підготовки та перепідготовки фахівців у цій сфері; в установленому порядку проводить інформаційну, консультаційну роботу, бере участь у підготовці та проведенні конференцій, симпозіумів, семінарів, виставок з питань, що належать до його компетенції; здійснює відповідно до законодавства функції з управління об'єктами державної власності, що перебувають в його управлінні; забезпечує у межах своєї компетенції реалізацію державної політики стосовно державної таємниці, контроль за її збереженням у центральному апараті Держінвестицій України; виконує інші функції, передбачені законодавством.