Таким образом, ересь жидовствующих, как самостоятельное историческое событие, непостижимо для средств земной истории, и у о. Георгия Флоровского имелись основания для заявления: «Нет надобности припоминать внешнюю историю «жидовской ереси» и стараться восстановить еретическую «систему» в целом. Всего вернее, что еретического сообщества и вообще не было. Были известные настроения, именно «шатание умов», вольнодумство». К такому же, в сущности, мнению пришёл профессор И.Я.Фроянов: ««Вообще, историки не пришли к единому мнению – что же скрывалось тогда за "ересью жидовствующих"? Высказывались разные точки зрения. Некоторые авторы с гордостью писали, что на самом деле через Новгород в нашу страну проникало протестантское вероучение и что, таким образом, Реформация в России началась даже раньше, чем в Западной Европе. Мне такие утверждения кажутся большой натяжкой. Неверно и мнение, что якобы Схария в Новгороде просто проповедовал иудаизм. Эту ересь нельзя отождествлять с иудаизмом. Я думаю, что прав был историк-эмигрант Карташев, который писал про "ересь жидовствующих" так: "Это было вольномыслие под еврейским соусом". Это означает, что официальная точка зрения на природу и генезис ереси жидовствующих не только не является единственной, но и страдает недостатком достоверности в целом.
В своём кратком и умном обзоре Галина Зеленина отметила: «Вопрос о сущности ереси жидовствующих при скудости наличных данных должен считаться неразрешимым», – писал в 1903 году А. И. Соболевский. Естественное исследовательское нежелание смириться с этим приговором привело к существенному пополнению «наличных данных», к возникновению целого корпуса новых работ по жидовствующим и смежным темам и к весьма эмоциональной научной полемике как раз по вопросу о сущности ереси. Условно говоря, «отечественная школа», будучи хронологически старше своих оппонентов, парадоксальным образом является ревизионистской (по отношению к источникам и общепринятому мнению). Она отрицает либо связь ереси с евреями и иудаизмом, то есть ее «жидовствующий» характер, либо наличие ереси как таковой. Если допускать идеологическую обусловленность этой позиции, то вырисовываются следующие две причины. Первая – националистический взгляд на отечественную культурную историю, не допускающий существенных влияний извне. Вторая, актуальная для советских исследователей, заключается в том, что они видели в ереси жидовствующих прогрессивное, антиклерикальное и антифеодальное интеллектуальное движение, родственное западноевропейскому гуманизму, Ренессансу и Реформации и, соответственно, были готовы признать наличие передовых западных стимулов, но не влияния другого традиционализма, другой религии, еще более древней и не менее догматичной, чем православие».
Здесь наибольшее внимание к себе привлекает вторая точка зрения, полностью антиподальная официозной идеологии и трактующая ересь жидовствующих как «прогрессивное, антиклерикальное и интеллектуальное антифеодальное движение» Православная Седмица.RU таким образом описывает эту позицию: «В современной исторической литературе у ряда авторов можно встретить мнение о том, что движение «жидовствующих» вовсе не было попыткой водворения иудаизма на Руси. При этом обычно говорится о том, что прозелитической активностью Схарии и его подручных объяснить данный новгородский феномен нельзя. Новгородское «жидовство» нередко пытаются представить, как некое близкое к европейскому Ренессансу явление, эдакое либеральное, культурно-гуманистическое движение, которое якобы стремилось просветить дремучую Русь, закосневшую в своем православном консерватизме. Некоторые авторы в этом движении умудряются усмотреть даже некий антифеодальный пафос. В советскую эпоху подобные взгляды пропагандировал такой крупный историк, как Яков Соломонович Лурье. К сожалению, приходится констатировать, что традиционная неловкость, почему-то вызываемая всякий раз любой проблемой, связанной с темой еврейства, не позволила Я.С. Лурье объективно подойти к изучению ереси «жидовствующих». В своих трудах Лурье доказывал, что никаких Схарии, Моисея Хануша и Скоровея не было вообще. Это, по его мысли, не более, чем миф, придуманный преп. Иосифом Волоцким, который якобы был подвержен антисемитским настроениям (правда, говорить о неприязни к евреям на Руси на рубеже XV-XVI вв. просто не приходится, так как они в это время здесь вообще не проживали). Лурье считал, что никаких иудеев-миссионеров в Новгороде не было, а начало движению якобы дали Алексей и Денис – великие русские просветители, которые были на голову выше своих дремучих современников. И за то, что они прониклись идеалами западноевропейской культуры и либерализма, «антисемит» Иосиф Волоцкий будто бы и приклеил им ярлык «жидовствующих».
Труды главы советской школы русского средневековья Я.С.Лурье, как будто подтверждают базисные основы материалистического понимания истории (исторического материализма) – основоположение большевистской идеологии в истории, но, судя по воспоминаниям, изданным в наши дни, эта аргументация была больше маскировочной и не соответствовала истинной сущности его творческого воззрения. В книге о своём отце – замечательном русском историке С.Я.Лурье – учёный писал: «Рационализм и детерминизм С.Я.Лурье на первый взгляд должны были сближать его с официальной идеологией, утвердившейся после революции. Материалистическое понимание истории стало считаться органической частью официального марксизма и как будто должно было получить широкие возможности конкретной разработки. Однако, чем дальше, тем более призрачные черты имели фатальную склонность обращаться в свою противоположность. Демократия диалектически обратилась в «диктатуру пролетариата», осуществляемую всё более сужающейся верхушкой руководства, материалистическое понимание истории – в эсхатологическую схему сменяющих друг друга пяти формаций. В сущности, уже с 20-х годов рационализм и эмпирическое исследование были заменены верой в не подлежащие сомнению догматы – то есть тем, сто обычно называется религией» (2004,с.219).
Так что из позиции Лурье, противостоящей официальному мнению об отступничестве ереси жидовствующих, следует исключить затхлые рецидивы ленинизма, такие, как «антиклерикальное» и «антифеодальное», и оставить «прогрессивное интеллектуальное движение». Но эта поправка не лишает внутреннего противоречия позицию, к которой склонились оригинальные и очень сильные исследования Я.С.Лурье, ибо она отражала общий кризис советской медиенистской (средневековой) школы с её безраздельным господством духа материализма. При общей правильной посылке об отсутствии еврейского этноса на площади обитания русского населения в начальные и средние века христианской эры, в этой школе имели хождение две взаимоисключающие, и одинаково неверные, концепции: отсутствие «жидовского» элемента в ереси, и наличие особых носителей еврейского духа. Первую концепцию, основателем которой является Я.С.Лурье, лаконично высказал А.А.Зимин: «Попытка отыскать корни вольнодумства в жидовстве не может не показаться крайне тенденциозно, учитывая прочные местные традиции ереси (1982,с.83). А вторую концепцию изложил Андрей Кореневский: «И тем не менее, отнюдь не этнический компонент был определяющим в восприятии древнерусским обществом образа «жидовина». В это понятие вкладывался преимущественно вероисповедальный смысл, а реальными носителями иудейской религиозной и культурной традиции были этноконфессиональные общности, имевшие косвенное отношение к собственно еврейству в первые века русской истории – хазары, позже кенааниты (славяноязычный субэтнос предположительно хазарско-еврейского происхождения) и караимы».
По этому поводу Галина Зеленина высказалась, что «…«отечественная школа» изучает фикцию, ибо заявляет, что не только не было «жидовского компонента» в ереси, то есть сколько-нибудь значительного иудейского влияния, но и ереси как таковой не было – были вольнодумцы гуманистического толка, а вся красочная картина страшной ереси и отпадения в иудаизм сфабрикована церковниками». В аналитически расширенном виде, но с другой идеологической подоплёкой, эту тему рассмотрел профессор В.М.Кириллин: «В русской науке по этим вопросам высказывались разные мнения. Более обстоятельными являются исследования Я. С. Лурье, Г. М. Прохорова и К. В. Айвазяна. Лурье, выражая недоверие к преподобному Иосифу, полностью отрицал реальное существование новгородского лжи-арха Схарии, полагая, что автор "Просветителя" измыслил его, использовав при этом "Послания" инока Саввы и архиепископа Геннадия. Что же касается Захарии Скары Гуил-Гурсиса, то, оценивая именование последнего в "Крымских делах" и в "Послании" инока Саввы "жидовином" и "евреянином" как ошибочное, возникшее в итоге недоразумения, Лурье отождествлял этого "таманского князя" с упоминаемым в генуэзских документах Захарией Гвизольфи, итальянцем по национальности и католиком по вероисповеданию. Таковым образом снимался вопрос об иудаистских корнях лжи жидовствующих. Прохоров полагал, что и Схария Иосифа Волоцкого, и Захария Скара (либо Захария Гуил-Гурсис) "Крымских дел" и "Послания" Саввы, и Захария Гвизольфи генуэзских документов — одно лицо, выступавшее под различными именами. По происхождению этот Захария был полуитальянцем-получеркесом, поэтому его называли то "фрязином", то "черкасином"; а по вере он был караимом, поэтому назывался то "жидовином", то "евреянином". Наконец, Айвазян пришел к выводу, что Захария Гвизольфи вообще не имел никакого дела ни к ересиарху Схарии, ни к Захарии Скаре Гуил-Гурсису, тогда как два последних имени относятся к одному и тому же лицу. В 1470 г. В Новгород совместно с русско-литовским князем Михаилом Александровичем вправду приезжал "жидовин Схария" — тот самый, который позже переписывался с Иоанном III и упоминался иноком Саввой. Но он не был евреем и не исповедовал иудаизма. Автор "Просветителя" намеренно "евреизировал" его имя — Скара, чтоб придать огромную уверительность своим обвинениям еретиков в отпадении в "жидовскую веру". На самом деле, Скара был армянином и держался распространенного в Венгрии, Валахии и Польско-Литовском княжестве павликианства — "арменской лжи", близкой либо даже тождественной к зародившейся в Новгороде с конца XIV в., и сохранявшейся в XV в. лжи стригольников. Не считая того, Айвазян, рассматривая принципиальный вопрос о трактовке употребляемой Волоколамским игуменом применительно ко лжи и еретикам терминологии, в частности термина "жидовин", и при этом делая упор на мысль Прохорова о том, что в Средние века людей определяли быстрее "по их вере, чем по крови", — полагал, будто в старой Руси слово "жидовин" употребляли не в этническом смысле, а в религиозном. Отсюда армянина-павликианца Захарию Скару называли "жидовином" типа по сходству исповедуемого им учения с иудаизмом, но не потому, что он был евреем. Схожее происходило и с другими лицами, но таковой интерпретации противоречат данные русской лексикографии. Согласно последним, слова "жид", "жидовин" во многих древнерусских переводных и уникальных текстах употреблялись конкретно и до этого всего в смысле их этнического содержания, а производные от них слова — "жидовитися", "жидовствовати" и др. — в вероисповедническом смысле. Это событие дозволяет усомниться в правомерности отнесения "жидовина Схарии" к какой бы то ни было национальности и вере, не считая еврейской».