Історики припускають, що деякий час після запровадження автокефалії митрополія знаходилася під відлученням Патріарха, але пізніше в Константинополі змирилися з фактом, що відбувся, хоча офіційно автокефалію Російської Церкви не визнавали. Про це свідчить наступна обставина: коли наприкінці XVI століття велися переговори щодо заснування Патріаршества, Константинопольський Патріарх Єремія пропонував спочатку надати Російській Церкві автокефального архиєпископа. Отже, до того часу він ще не визнавав її автокефальною, але нужда змушувала Патріархів звертатися в Москву за милостинею, і між Константинопольською Патріархією і Московською митрополією невдовзі після 1448 р. відновилося церковне спілкування.
Думка Н.С. Суворова про те, що в XVII столітті під час суду над Патріархом Никоном і навіть ще за Петра I автокефалія Російської Церкви не розумілася “у тому необмеженому й безумовному значенні, у якому вона розуміється тепер”, грунтується на перекрученому уявленні про характер автокефалії, що ототожнюється каноністом із державним суверенітетом. Необмеженої і безумовної автокефалії помісної Церкви власне кажучи бути не може, тому що Вселенськя Церква – це єдиний живий організм, а не федерація окремих, цілковито незалежних один від одного Церков. Помісні Церкви не перебувають у підпорядкуванні одна в іншої, однак вони взаємно підрядковані і створюють кафоличну єдність. Тому участь Патріархів грецького Сходу в суді над Патріархом Никоном, що не була безумовно необхідною, але цілком допускалася з канонічної точки зору, не свідчить про неповну автокефалію нашої Церкви.
Інша справа, що самі східні Патріархи, приймаючи чолобитні від росіян і чинячи суд за цими чолобитними під час свого перебування в Росії, перевищували належні їм законні повноваження і тим самим свідчили про властиві їм безпідставні, але традиційні домагання на виняткове, привілейоване становище грецької Церкви. Така церковна, державно-правова, історична й етнічна правосвідомість, характерна для греків, внутрішньо суперечлива. Якщо сучасні греки розглядаються як ромеї, то цілком очевидно, що ромеї вони зовсім не в етнічному значенні: етнічні ромеї (римляне) – це латиняни, а в тому значенні, загальноприйнятому у Візантійську епоху, у якому всі православні християни – ромеї. Протиставляючи себе слов'янам та іншим негрецьким православним народам як варварам, вони, по суті, починають мислити про себе як про еллінів у тому сформованому в перші століття християнства значенні, коли елліни протиставлялися християнам. У Церкві ж немає місця для національного звеличування, марнославства й амбіцій.
Св. Іона, перший автокефальний росіянин первоієрарх, маючи резиденцію в Москві, носив ще титул митрополита Київського і всієї Русі. Спадкоємець його Феодосій був титулований уже як Московський митрополит.
Після встановлення в Москві автокефалії західні російські єпархії утворили окрему митрополію, яка спочатку називалася по-старому – Київською і всієї Русі, – а потім менш вимогливо – Київською і Галицькою. До свого возз'єднання з Московською Патріархією наприкінці XVII ст. вона залишалася залежною від Константинопольського Патріархату.
Права автокефальних Московських митрополитів щодо підлеглих йому єпархій відповідали канонам (Апост. 34, 16, 20; І Всел. 4, 6; Ант. 9; IV Всел. 9, 19). Митрополити скликали єпископів на Собори та головували на них. Прийнято було за правило, щоб архиєреї збиралися в Москву для нарад не рідше одного разу на рік. У разі потреби єпископи збиралися частіше. Бувало й так, що, зібравшись у Москві за вимогою обставин, архиєреї надовго затримувалися в столиці, складаючи з малими проміжками часу цілий ряд Соборів. В інших випадках скликався Собор “із єпископів, що знаходилися в Москві”, подібний до Константинопольського “синоду ендимуса”. Для цього майже всі архиєреї мали в Москві свої постійні двори. Характерно і те, що в Соборах брали участь не тільки архиєреї, але й архимандрити, ігумени, пресвітери, носії світської влади: князі, царі, бояри.
З Помісних Соборів Російської Церкви, коли вона була автокефальною митрополією, особливу історичну значимість мали наступні: 1491 р. – про продовження пасхалії на 8 тисячу років; 1503 р. – проти жидовствующих і про монастирське землеволодіння; 1577 і 1549 рр. – про канонізацію російських святих і 1551 р. – який видав звід законів про улаштування церковного порядку – “Стоглав”. Собори скликалися також і для рішення поточних справ: рукоположения єпископів на кафедри, що вдовствують, суду над архиєреями.
4.3. Російська Церква в епоху Патріаршества. У 1589 р. за царя Федора Іоановича, за клопотанням боярина Бориса Годунова, на Русі засновано було Патріаршество. Перший Московський Патріарх святий Іов поставлений був за участі Вселенського Патріарха Єремії II, який перебував тоді в Росії для збирання милостині. У травні 1590 р. Патріарх Єремія скликав у Константинополі Собор, у якому брали участь Антіохійський Патріарх Іоаким і Єрусалимський Софроній. Розповівши ієрархам, що зібралися, про багатство і велич Московських церков, щедрість і благочестя Російського царя і про прохання царя влаштувати Російське Патріаршество, він просив Собор затвердити його “хрисовулл” – складену грамоту про поставлення в Москву Патріарха. Східні Патріархи визнали цю справу “благодатною і благословенною” і прийняли постанову: “По-перше, визнаємо і затверджуємо поставлення в царюючому граді Москві Патріарха Іова, нехай шанується й іменується він і надалі з нами – Патріархами, і буде чин йому в молитвах після Єрусалима; а на чолі і початку тримати йому Апостольський престол Константинограда, як і інші патріархи тримають; по-друге, Патріарше ім'я і честь дано та затверджено нині не одному тільки владиці Іовові, але бажаємо, щоб після нього поставлялися Московським Собором Патріархи в Росії за правилами, як почалося від цього сослужебника нашого смирення і в Св. Дусі улюбленого брата нашого Іова. Для того і затверджена ця складена грамота на пам'ять на віки, літа 1590, місяця травня”. Грамоту підписали Патріархи: Константинопольський, Антіохійський, Єрусалимський (Олександрійська кафедра тоді вдовіла); і 42 митрополита, 19 архиєпископів і 20 єпископів, які брали участь у діяннях Собору. Таким чином, Московському Патріарху вказано було 5 місце в диптиху, після Східних Патріархів. Грамота про заснування Патріаршества в Росії вміщена на початку “Кормчої книги”.
Від Східних Патріархів Російський Первосвятитель відрізнявся насамперед тим, що при ньому не було постійного Собору, Синоду, який у той час уже був при Патріархах на Сході, а також тим, що наш Патріарх не був третьою інстанцією, яка верховенствує над єпархіальними єпископами та митрополитами. Сан митрополита, наданий після поставлення Патріарха архиєреям Новгородському, Ростовському, Казанському і Крутицкому, був у нас з цього часу простим титулом; за своїми владними повноваженнями ці архиєреї залишалися тими ж єпископами, якими були й інші владики. Митрополичих округів у Російській Церкві не існувало ніколи.
Питання про створення таких округів ставилося в нас на Великому Московському Соборі в 1667 р. Східними Патріархами та на Соборі 1682 р. царем Федором Олексійовичем, але в обох випадках було відхилено. Російські архиєреї подали чолобитну царю Федорові, благаючи його не робити архиєпископів і єпископів підвладними митрополитам, “щоб в архиєрейському чині не було якоїсь церковної незгоди та між собою чвар і високості”. Єдиним наслідком пропозиції царя Федора було незначне збільшення кількості єпархій. Після повернення Київської митрополії в юрисдикцію Московської Патріархії, у переддень синодальної реформи, на величезній території нашої Церкви знаходилося 24 кафедри: одна Патріарша, 14 митрополичих, 7 архиєпископських і 2 єпископських.
При Патріаршій кафедрі відкриті були прикази, що спочатку завідували справами Патріаршої області, згодом же їхні повноваження поширилися на всю територію Російської Церкви. Один із них іменувався Приказом духовних справ, або Патріаршим Розрядом. Тут готувалися настільні грамоти духовним особам, які одержували рукоположення від Патріарха, благословенні грамоти на спорудження церков, а також вершився суд над кліриками та мирянами. Казенний приказ розпоряджався зборами, що надходили до Патріаршої скарбниці. Палацовий приказ відав господарством Патріаршого будинку; у його підпорядкуванні знаходилися всі світські чиновники Патріарха. Персонал приказів складали духовні і світські особи. Казенним приказом завідував архиєрейський скарбник, звичайно з ченців. У Палацовому приказі сиділи світські чиновники – патріарші бояри та дяки. Патріарший Розряд до Великого Московського Собору 1667 р. теж перебував у віданні світських начальників – боярина з дяками і піддячими. Однак Собор визнав непристойним, щоб духовні особи судилися в мирян, і ухвалив наступне: справи за обвинуваченням кліриків повинні розглядатися суддями в духовному чині. Патріарший Розряд після цього розділили на два відділення: одне, де залишилися сидіти бояри та дяки, для суду над мирянами, інше з духовних осіб – для суду над кліриками.
Освячені Собори при Патріархах скликалися рідше, ніж при автокефальних Московських митрополитах, але Собор 1667 р. своєю постановою нагадав про древнє канонічне правило про дворазове скликання Соборів протягом року (Апост. 37). Найважливішим із Соборів XVII століття були: Собор за Патріарха Філарета (1620 р.), що підтвердив усталений звичай на Русі перехрещувати латинян при їхньому приєднанні до Православної Церкви; Собор за Патріарха Никона (1654 р.) про виправлення церковних книг; Собор 1656 р. із клятвами на старообрядників; Великий Московський Собор за участю Східних Патріархів (1666–1667 рр.), що підтвердив клятви на старі обряди і низложив Патріарха Никона.