За царі Олексія Михайловича всі цивільні справи духівництва були передані у відомство заснованого в 1649 р. Монастирського Приказу, проти існування якого енергійно, але марно протестував Патріарх Никон. Великий Московський Собор, що засудив Патріарха Никона, проте підтвердив постанову Стоглава про виняткову підсудність духівництва архієреям, і незабаром після Собору указом царя Федора Олексійовича Монастирський Приказ був скасований.
Своєрідність церковного судочинства на Русі в допетрівську епоху полягала ще і в тому, що до відання святительських судів входили і деякі кримінальні справи. За уставами князів св. Володимира і Ярослава церковному суду підлягали злочини проти віри і Церкви: здійснення християнами язичеських обрядів, чарівництво, святотатство, опоганення храмів і святинь; а за “Кормчою Книгою” також – богохульство, єресь, розкол, відступництво від віри. Єпископський суд розбирав справи, пов’язані зі злочинами проти суспільної моральності (блуд, зґвалтування, протиприродні гріхи), а також шлюби в заборонених ступенях споріднення, самовільне розлучення, жорстоке поводження чоловіка з дружиною чи батьків з дітьми, неповага дітьми батьківської влади. Святительському суду підлягали і деякі випадки убивства: наприклад, убивство в колі родини, видалення плоду, чи коли жертвами смертовбивства були особи безправні – ізгої чи раби, а також особисті образи: образа цнотливості жінки брудною лайкою чи наклепом, обвинувачення безневинного в єретицтві чи чарівництві. Що стосується духівництва, то воно в допетрівську епоху за всіма карними обвинуваченнями, крім “смертовбивства, розбою і крадіжки на гарячому”, відповідало перед святительськими суддями. Як пише професор А.С. Павлов, “у древнім російському праві помітно перевагу принципу, за яким юрисдикція Церкви визначалася не стільки суттю самих справ, скільки становим характером осіб: особи духовні, як переважно церковні, і позивалися в церковній ієрархії”. У Судебниках Івана III і Івана IV так прямо і сказано: “...а попа, і диякона, і ченця, і черницу, і стару вдовицю, що живляться від Церкви Божої, то судить святитель”.
24.4. Церковний суд у синодальну епоху. Із введення синодальної системи управління юрисдикція церковних судів рішуче звужується. Що стосується церковного суду у цивільних справах, то, за “Духовним регламентом” і резолюціями Петра Великого на доповіді Святійшого Синоду, у відомстві церковного суду залишені були тільки справи шлюборозлучні і про визнання шлюбів недійсними. Положення це в основних рисах збереглося до кінця синодальної системи. Скорочена була і компетенція церковних судів у цивільних справах духовенства. Практично весь цей розряд справ відійшов до цивільного суду. За Уставом Духовних Консисторій, суду єпархільного начальства підлягали лише справи, пов’язані з позовами між кліриками через користування церковними доходами і зі скаргами на духовних осіб, чи то з боку кліриків чи мирян, скарги на неуплату безспірних боргів і на порушення інших зобов’язань. Із запровавадженням Синоду майже всі ті карні справи, які раніше входили в юрисдикцію святительських судів, були передані судам цивільним.
Скорочення кримінальної компетенції церковних судів продовжувалося і надалі. Деякі із злочинів підлягали подвійній підсудності: злочини проти віри (єресь, розкол), злочини проти шлюбного союзу. Але участь церковної влади у провадженні таких справ зводилося до порушення справи за цими злочинами і до визначення церковного покарання за них. А світська влада проводила розслідування, і цивільний суд призначав покарання за кримінальними законами.
Винятково духовному суду підлягали в синодальну епоху ті злочини, за які карні кодекси не накладали карного покарання, а передбачали тільки церковне покаяння: наприклад, ухиляння від сповіді через нерадивість, дотримання новонаверненими інородцями колишніх іновірних звичаїв, посягання на самогубство, відмова від допомоги гинучому, присилування батьками своїх дітей до вступу в шлюб чи до постиргу. Хоча діяння ці значилися в карному кодексі, але держава все-таки усвідомлювала, що тут мова йде не про карні злочини у власному значенні слова, а про злочини протирелігійного і морального закону.
Що стосується карних злочинів духовенства, то в синодальну епоху всі вони стали предметом розгляду судів світських. У Синод чи до єпархіальних архиєреїв виннні клірики направлялися лише для зняття з них сану. Виняток залишено було лише за злочинами кліриків проти своїх службових обов’язків і благочиння, і за справами за скаргами про особисті кривди, нанесені духовними особами і кліриками мирянам. Такі справи залишалися в юрисдикції духовних осіб. Підстава для того, щоб церковний суд судив кліриків за нанесення кривд, полягає в тому, що такого роду злочини ображають сам священний сан. 27-е Апостольське правило гласить: “Повелеваем епископа, или пресвитера, или диакона, биющаго верных согрешающих, или неверных обидевших, и чрез сие устрашати хотящаго, извергати от священного сана. Ибо Господь отнюдь нас сему не учил: напротив того, Сам быв ударяем, не наносил ударов, укоряем, не укорял взаимно, страдая, не угрожал”.
24.5. Церковний суд у новітній період Російської Православної Церкви. У наш час, після видання Декрету про відокремлення Церкви від держави, духовенство, природньо, підлягає загальній з усіма громадянами підсудності за карними і цивільними справами судам світським. Не входить до компетенції духовного суду зараз і розгляд яких би то не було цивільних справ мирян, тим більше не обтяжені вони справами карними. Лише злочини кліриків проти їх службових обов’язків за самим їх характером залишаються в юрисдикції церковної судової влади, хоча зрозуміло, такі злочини самі по собі не вважаються злочинами з точки зору цивільного законодавства. Але карні злочини кліриків, підсудні судам світським можуть, звичайно бути приводом для притягнення винних до відповідальності перед церковною владою.
До компетенції церковної влади входить також розгляд духовної сторони тих цивільних справ, котрі хоч у цивільно-правовому відношенні і одержують розв’язання в судах світських, проте для свідомого члена Церкви не можуть бути розв’язані без санкції церковної влади, наприклад, справи шлюборозлучні. Хоча, природньо рішення в таких справах церковної влади не мають цивільно-правових наслідків.
І нарешті, вся сфера церковної покаянної дисципліни, пов’язана з таємною сповіддю і таємно призначеною епітимією, за самою природою своєю завжди була винятково і переважно предметом компетенції духовної влади: єпископів і уповноважених ними на духівництво пресвітерів.
24.6. Церковно-судові інстанції. На відміну від світських судів, які в сучасних державах повсюди відокремлені від адміністративної і законодавчої влади канонічному праву цей принцип чужий. Вся повнота судової влади в єпархії за канонами, зосереджується в особі її верхононо пастиреначальника і правителя – єпархіального архиєрея. За 32-им Апостольским правилом: “Аще который пресвитер, или диакон от епископа во отлучении будет, не подобает ему в общение прияту быти иным, но точию отлучившим его, разве когда случится умрети епископу, отлучившему его”. Але єпископ маючи повноту судової влади над кліриками і мирянами, ввіреними Богом його піклування, веде розслідування не одноосібно, а спираючись на допомогу і поради своїх пресвітерів.
У синодальну епоху в Росії всі судові справи розглядалися Консисторіями, однак рішення Консисторії підлягали затвердженню з боку архиєрея, котрий міг і не погодитися з судженням Консисторії і винести самостійне рішення в будь-якій справі.
На постанови єпископського суду Канони допускають апеляції до обласного Собору, тобто Собору митрополичого округу (14 прав. Сард. Соб.; 9 прав. Халкид. Соб.) Собор митрополичого округу – не тільки апеляційна інстанція, він ще є і першою інстанцією для суду за скаргами кліриків і мирян на свого єпископа чи за скаргою одного єпископа на іншого. Початок 74-го Апостольського правила говорить: “Епископ, от людей вероятия достойных обвиняесый в чем-либо, необходимо сам дожен быть призван епископами: и аще предстанет и признается, или обличен будет, да определится епитимия...” А в 5-му каноні I Нікейського Собору після посилання на 32-е Апостольське правило, що говорить про те, що відлучені одним єпископом не повинні прийматися іншими, сказано далі: “Врочем да будет изследываемо, не по малодушию ли, или распре, или по какому-либо подобному неудовольствию епископа, подпали они отлучению. И так, дабы о сем происходити могло приличное изследование, за благо признано, чтобы в каждой области дважді в год біли соборы”.
На рішення митрополичого собору апеляції можуть подаватися собору всієї помісної Церкви, на суд Помісного Собору йдуть і скарги на митрополита. Отці Халкидонського Собору у висновку 9-го правила висловили: “Аще же на митрополита области епископ, или клирик, имеет неудовольствие, да обращается или к екзарху великия области, или к престолу царствующаго Константинополя, и пред ним да судится”.
Російська Церква від самого початку свого буття і понині має тільки дві інстанції адміністративної і судової влади: єпархіального архиєрея і вищу церковну владу (митрополита, Патріарха із Собором, потім Святійший Синод, а нині (після 1917 р.) – Помісний і Архиєрейський Собори, а також Священний Синод на чолі з Патріархом).