Собор очолюється головою –Патріархом чи, за його відсутністі, Місцеблюстителем Патріаршого Престолу. Кворум Собору складають 2/3 делегатів, включаючи сюди 2/3 архиєреїв. Собор визначає регламент своєї роботи й обирає більшістю голосів Президію, Секретаріат і робочі органи. Президія Собору складається з Голови і його заступників у складі 8 осіб у архиєрейському сані. У Президію Собору, що проходив у 1917– 1918 рр., входили також представники від кліриків і мирян. Секретаріат Собору очолюється архиєреєм. Протоколи Собору підписують Голова, члени Президії і Секретар. Собор обирає голів (в архиєрейському сані), членів і секретарів своїх робочих органів. Президія, Секретар і голови робочих органів складають Соборну Раду, яка є керівним органом Собору.
Всі архиєреї – члени Собору – складають Архиєрейську Нараду. Вона скликається Головою Собору, Радою Собору чи за пропозицією 1/3 архиєреїв. До її задачі входить обговорення тих постанов, які особливо важливі і викликають сумнів з догматичної і канонічної точки зору. Якщо рішення Собору відхиляється 2/3 присутніх архиєреїв, воно повторно виноситься на соборний розгляд. Якщо ж і після цього 2/3 архиєреїв його відхилять, воно втрачає силу.
Засідання Собору очолює Голова чи, за його пропозицією, один із заступників Голови. У відкритих засіданнях Собору можуть брати участь гості, спостерігачі, фахівцібогослови. Обрання приймається більшістю голосів, за винятком особливих випадків. При рівності голосів, голос Голови дає перевагу. Згідно зі ст. 20 (гл. II) Уставу, постанови Собору набирають сили відразу після їх прийняття.
Відповідно до Уставу до складу Архиєрейського Собору входять єпархіальні архиєреї і єпископи, що очолюють синодальні установи. У період між Помісними Соборами Архиєрейський Собор має повноту вищої церковної влади. В Уставі визначена періодичність скликань Архиєрейського Собору: не рідше одного разу в два роки. Собори скликаються також у міру необхідності.
Напередодні Помісного Собору Архиєрейський Собор вносить пропозиції, що стосуються порядку денного, програми і регламенту засідань Помісного Собору, а також процедури обрання Патріарха.
До обов'язків Архиєрейського Собору входить: збереження чистоти православного віровчення і норм християнської моральності, рішення принципово важливих богословських, канонічних, богослужбових і пастирських питань; канонізація святих, створення і скасування єпархій, синодальних установ, а також духовних шкіл загальноцерковного значення.
Священний Синод підзвітний Архиєрейському Собору.
“Архиєрейський Собор є першою інстанцією, правомочною розглядати догматичні й канонічні відступи в діяльності Патріарха”. Як друга інстанція він розглядає спори між архиєреями, справи, зв'язані з канонічними провинами архиєреїв, а також усі справи, передані йому Священним Синодом для ухвалення остаточного рішення.
Головою Архиєрейського Собору є Святійший Патріарх і Місцеблюститель Патріаршого Престолу. Президія Архиєрейського Собору складає Священний Синод; секретар Собору обирається з числа членів Синоду. Рішення Собору, за винятком випадків, особливо застережених у регламенті Собору, приймаються більшістю голосів; при рівності голосів перевагу дає голос Голови. Як і постанови Помісного Собору, рішення Архиєрейського Собору набирають сили відразу після їхнього прийняття, але право остаточного їхнього затвердження належить Помісному Собору.
7.3. Патріарх. Предстоятель Руської Православної Церкви носить титул “Святійший Патріарх Московський і всієї Русі”. Він має першість честі серед єпископів і підзвітний Помісному і Архиєрейському Соборам. Ім'я Патріарха підноситься за богослужінням у всіх храмах Руської Православної Церкви. Святійший Патріарх керує Церквою разом зі Священним Синодом: “Відношення між Патріархом і Священним Синодом, відповідно до загальновизнаної традиції, визначаються 34-м Правилом Святих Апостолів і 9-м правилом Антіохійського Собору” – говорить ст. 5 (гл. IV) Уставу.
Патріарх скликає Помісні й Архиєрейські Собори, призначає засідання Синоду і головує на них. Він несе відповідальність за виконання постанов Соборів і Синоду. представляє Соборам звіти про життя Церкви у міжсоборний період, здійснює начальницький нагляд за всіма синодальними установами й духовними школами, звертається з посланнями до повноти Руської Церкви, вступає в зносини із Предстоятелями Православних Церков і главами інших сповідань, представляє Руську Церкву перед державною владою. Патріарх видає укази про призначення єпархіальних і вікарних архиєреїв, керівників синодальних установ, ректорів духовних шкіл та інших посадових осіб, які призначаються Синодом; піклується про своєчасне заміщення архиєрейських кафедр, про виконання архиєреями своїх архіпастирських обов'язків, доручає архиєреям тимчасове керування єпархіями, має право візитації всіх єпархій Руської Церкви, дає архиєреям братерські поради; приймає скарги на архиєреїв і дає їм належний хід. Патріарх нагороджує архиєреїв титулами і вищими церковними відзнаками, а кліриків і мирян – церковними нагородами, затверджує присудження учених ступенів і звань, має піклування про своєчасне виготовлення святого мира.
Патріарх є єпархіальним архиєреєм Московської єпархії. За його вказівкою Московською єпархією керує на правах єпархіального архиєрея Патріарший Намісник, який носить титул митрополита Крутицького і Коломенського. Сан Патріарха є довічним. Право суду над Патріархом належить Помісному Собору.
У випадку кончини Патріарха, а також його відходу на відпочинок чи залишення Патріаршого Престолу з іншої причини, Священний Синод під головуванням мигрополита Київського обирає з числа своїх постійних членів Місцеблюстителя Патріаршого Престолу. Відповідно до Положення про управління Руської Православної Церкви, виданому Помісним Собором 1945 р., Місцеблюститель не обирався, ним ставав найстарший за хіротонією постійний член Синоду. У період міжпатріаршества Руською Церквою керує Священний Синод на чолі з Місцеблюстителем. “Не пізніше шести місяців після звільнення Патріаршого Престолу Місцеблюститель і Священний Синод скликають Помісний Собор для обрання нового Патріарха”.
Кандидат у Патріархи повинен бути архиєреєм Руської Православної Церкви, мати богословську освіту, достатній досвід у сфері церковного управління, відрізнятися прихильністю до канонічного правопорядку, мати добру репутацію і довіру з боку єпископату, духівництва і мирян, “мати добре свідчення від зовнішніх” (1 Тим. З.7), мати не менше 40 років і бути громадянином СРСР.
7.4. Священний Синод і синодальні установи. У міжсоборний період вищу законодавчу, виконавчу і судову владу здійснює Священний Синод на чолі з Патріархом. Синод відповідальний перед Помісним і Архиєрейським Соборами.
Він складається з голови –Патріарха чи Місцеблюстителя, – а також 6 постійних і 6 тимчасових членів – єпархіальних архиєреїв. Архиєрейський Собор 1989 р. вніс зміну в Устав, розширивши Склад Синоду. Устав у первісній редакції Помісного Собору припускав наявність у Синоді 5 постійних і 5 тимчасових членів. Постійними членами Синоду є глава Української Православної Церкви Блаженніший Митрополит Київський і всієї України; а також митрополити Санкт-Петербурзький і Ладозький; Крутицький і Коломенський; Мінський і Слуцький, Патріарший Екзарх усієї Білорусії; і за посадою – керуючий справами Московської Патріархії і Голова Відділу зовнішніх церковних зносин. Тимчасові члени викликаються на одну сесію за старшинством хіротонії по одному архиєрею від кожної групи, на які розділяються єпархії. Єпископи викликаються для присутності в Синоді, не раніше дворічного терміну перебування їх на кафедрі, яку вони займають на час виклику в Синод. Синодальний рік розділений на дві сесії: літню (з березня до серпня) і зимову (з вересня по лютий).
Якщо Патріарх не може головувати на засіданні Синоду, він заміщається найстаршим за хіротонією постійним членом Синоду. Секретарем Синоду є Керуючий справами Московської Патріархії. Справи вирішуються в Синоді спільною згодою чи більшістю голосів. При рівності голосів голос Голови дає перевагу.
Стаття 20 глави V Уставу говорить: “У тих випадках, коли Патріарх визнає, що прийняте рішення не відповідає користі і благу Церкви, він заявляє протест. Протест має бути зроблений на тому ж засіданні і потім викладений у письмовому вигляді в семиденний термін. Після закінчення цього терміну справа знову розглядається Священним Синодом. Якщо Патріарх не знайде можливим погодитися і з новим рішенням справи, то вона припиняється і передається на розгляд Архиєрейського Собору. Якщо відкласти справу неможливо і рішення має бути прийняте негайно, Патріарх діє на свій розсуд. Прийняте в такий спосіб рішення виноситься на розгляд надзвичайного Архиєрейського Собору, від якого і залежить остаточний розв’язання питання”.
До обов'язку Священного Синоду входить піклування про неушкоджене збереження і тлумачення православної віри і норм християнської моральності і благочестя, підтримка єдності з братніми Православними Церквами, організація внутрішньої і зовнішньої діяльності Церкви; тлумачення канонічних постанов і розв’язання ускладнень, пов'язаних з їх застосуванням, розгляд богослужбових питань, видання дисциплінарних постанов, підтримка належних відношень між Церквою і державою, підтримка екуменічнких і міжцерковних зв'язків, висловлення турботи про суспільні проблеми, звертання з посланнями до повноти Руської Церкви.