В годы советских репрессий и антирелигиозной пропаганды отношения между протестантами и православными в СССР значительно улучшились. Протестанты пользовались Толковой Библией А. Лопухина и другой справочной библейской литературой, изданной Православной Церковью до революции, рукописными трудами таких священников как Валентин Свенцицкий, Дмитрий Дудко, Сергий Желудков и др. Православные также не видели в них своих конкурентов даже когда были образованы РПЦ МП и ВС ЕХБ в 1943 году. Причастность к экуменическому движению с середины 60-х годов вообще свела на нет необходимость апологетики этих двух вероисповеданий.
Зарубежная православная эмиграция публиковала реформаторские по сути статьи либеральных православных священников и мирян, затрагивавших вопрос отношения к протестантам. Например, в Вестнике РХД (1983, №140) под псевдонимом Богданов С.Т. была помещена статья Георгия Кочеткова (тогда еще мирянина), имевшая название «Священство православных и баптистов». В ней было отмечено, движение баптистов того времени в сторону признания традиционной православной иерархии. Основываясь на концепции «евхаристической екклезиологии» прот. Н. Афанасьева, автор статьи фактически призывал баптистов к согласию на этой почве. Суть церковной концепции Афанасьева состояла в том, что каждое евхаристическое собрание представляет собой явление всего Тела Христова, а не только его части, поскольку Тело это неделимо. О духовной сущности единства Церкви Игнатий Антиохийский высказался так: "Где Христос, там кафолическая Церковь". Поскольку Евхаристию совершает не епископ, а священник, только поместная церковь является подлинным выразителем всех прав Истинной Православной церкви, что существенно сближает православных с баптистами.
Иоанн Мейендорф откликнулся на эту статью своей публикацией в следующем номере Вестника РХД (Заметка о Церкви). В частности он писал: «При наличии почти полного, вынужденного молчания Православия, баптисты сами собой приходят к традиционным понятиям об иерархии. Впрочем, все это происходит на уровне весьма примитивном, но не так уж далеком от куда более утонченных экуменических изысканий на Западе, где также, но более сознательно, вырабатываются "консенсусы" о таинствах и иерархии, что, впрочем, не приводит сразу к единству, поскольку последнее зависит не от формальных "консенсусов", а от согласного, свободного и сознательного нахождения Единой Церкви... Следует надеяться, что статья С. Т. Богданова послужит началом, хотя бы на страницах "Вестника", для свободного обсуждения сущности русского Баптизма, а также причин его привлекательности для сотен тысяч простых людей, ищущих Христа».
Игорь Подберезский отмечает дружественные контакты РПЦ с зарубежными протестантами еще до прекращения государственных гонений на религию в СССР в конце 1980-х: «зарубежные протестанты всячески (молитвенно и не только) помогали не одним протестантам российским, но и Русской православной церкви, их уважительное отношение к РПЦ удерживало безбожные власти от слишком уж репрессивных мер по отношению к ней. Об этом она тогда – и короткое время после 1989 г. – отзывалась с неизменной благодарностью, потом благодарность уступила место противоположным чувствам» (Протестанты российские, протестанты зарубежные. Мирт, № 6, 2002). Отношения между русскими протестантами и православными сохранялись даже с началом процесса демократизации российского общества, когда резко увеличились контакты между отечественными и западными протестантами. Об этом, например, может свидетельствовать тот факт, что в 1993 году православный игумен Мартирий (Багин), бывший тогда настоятелем известного московского храма Всех Святых на Кулишках (на Славянской площади), предоставил приют Московской общине квакеров, собиравшихся по частным квартирам с середины 80-х годов.
И лишь примерно с середины 90-х годов эти отношения были прерваны, ярким свидетельством чего можно считать протестантский митинг 2006 года, направленный специально против дискриминационной политики руководящей части духовенства РПЦ. Сотни верующих из московской церкви Христиан Веры Евангельской Пятидесятников (ХВЕ-П) «Эммануил» вышли на акцию протеста, назвав в своем обращении следующие причины своему протесту: «За первые четыре месяца этого года различного рода гонений, притеснений и нарушений прав и свобод верующих произошло больше, чем за 2003 и 2004 годы вместе взятые. Инциденты в виде попыток отобрать или снести здания церквей, поджогов и взрывов молитвенных домов, оскорблений, нападений и избиений христиан-протестантов были зафиксированы в Москве, Туле, Екатеринбурге, Челябинске, Подольске, Чехове, Ижевске, Балашихе, а также в Воронежской области. В сложившейся ситуации можно утверждать о запланированном и последовательном гонении на протестантские церкви в России». Обращение заканчивается следующими словами: «В связи со всем вышеизложенным мы не видим других средств остановить вопиющие беззакония, как провести предупредительную акцию протеста с целью обратить внимание общественности и властей на грубые нарушения конституционных прав граждан России».
В чем же дело? Почему православные пытаются при помощи влияния на государственных служащих дискредитировать верующих протестантских конфессий? Ответ таков: слишком большой рост численности протестантов в стране вследствие использования ими свободы религии. При этом рост числа протестантских общин наблюдается не только в Украине, Прибалтике или Казахстане, но и в России. Например, в Новосибирске протестантских церквей сегодня свыше пятидесяти, что в четыре раза больше, чем православных приходов. Вот какова подлинная причина беспокойства РПЦ МП и создания ею более тесного союза с российским правительством.
Интересен взгляд на эту проблему со стороны. Александр Оконишников, журналист интернет-издания «Честное слово», в своей публикации под названием «РПЦ пытается посеять бурю» пишет: «Какова же подоплека столь резких «наездов» части православных священников на российских протестантов? Ответ один: в основе всего этого — попытки «удержаться на плаву». Практически пустые в будние дни православные храмы свидетельствуют — из-под РПЦ все сильнее уходит почва. И это особенно заметно на фоне постоянно растущих протестантских общин. В этой ситуации стоит задуматься: почему? Ответа может быть два. Один может помочь понять, что же нынешних россиян не устраивает в православной церкви? Может быть, богослужение на непонятном языке? Может быть, практически отсутствие проповеди? Может быть, пассивность церкви в решении насущных социальных проблем людей? Может быть, отсутствие живого общения между священниками и прихожанами? Над всем этим стоило бы задуматься. И, задумавшись, попытаться изменить церковь к лучшему. Второй ответ — это поиски «неких врагов». Тех самых, к которым из православных храмов уходят люди. И в случае второго варианта ответа — атаковать этих самых «врагов» всеми силами. Объявить их тоталитарными сектами, детоубийцами, стяжателями и даже оккультно-магическими гипнотизерами. Для РПЦ уход в эти «секты» множества россиян — действительно непонятное, какое-то почти мистическое явление. К сожалению, русское православие полностью лишено всякой самокритичности. И в этой ситуации выход видится только один: всячески «обличать» «врага»». Разумеется, опасность вытесения православных верующих из православной территории является причиной активизации и православной апологетики.
Тем не менее, в среде православных имеется и другая тенденция. Вот что, например, сообщает агенство Благовест-инфо под публикацией «Священник Олег Стеняев посетил богослужение пятидесятников» от 17 сентября 2002 года:
«Клирик Московского храма в честь иконы "Всех скорбящих радость" на Ордынке, руководитель Центра реабилитации жертв нетрадиционных религий памяти А.С. Хомякова иерей Олег Стеняев посетил 15 сентября богослужение церкви "Ковчег", пастором которой является председатель Российского Объединенного союза христиан веры евангельской епископ Сергей Ряховский. Православному священнику было предоставлено слово сразу по окончании традиционной молитвы за Президента, Правительство России и за Патриарха Московского и всея Руси Алексия II. "Когда я услышал, что вы молитесь за Патриарха, тем более, что это происходит каждое воскресенье, я был очень удивлен и обрадован, - заявил о. Олег. - Для меня дорого то, что между христианами различных конфессий устанавливаются хорошие отношения". По словам о. Олега, он, как и Сергей Ряховский, является "большим противником прозелитизма в России", но считает общение между христианами различных конфессий совершенно необходимым. Христианам пора начинать встречи в форме религиозных диспутов, считает православный клирик. "Мы должны найти в себе христианское мужество и поднять те вопросы, которые разделяют нас, - продолжал священник. - Этот диалог уже начался, и его трудно будет остановить. Я не считаю эту церковь или другие протестантские христианские церкви сектами, эти же слова я могу повторить и господину Дворкину. Какие бы процессы ни проходили вокруг нас, мы должны находить общий язык и общаться". Со своей стороны, Сергей Ряховский поблагодарил о. Олега Стеняева за его визит и выразил надежду на то, что между Русской Православной Церковью и протестантскими церквами страны будет налажен дружеский диалог».
Поздравляя прихожан Московской церкви евангельских христиан-баптистов с 125-летием их общины 22 апреля 2007 года от имени священноначалия Русской Православной Церкви, сотрудник Отдела внешних церковных связей Московского патриархата священник Александр Васютин отметил: "Мы, христиане, независимо от конфессии, призваны трудиться вместе не только для оздоровления нравственного климата, но и для того, чтобы являть людям Христа". Он призвал всех присутствующих "научиться любить тех людей, которые отличаются от нас" и "думать и молиться о том, как преодолеть разделение христиан", потому что "сейчас время собирать камни». Евангельские верующие надеются на то, что эти слова не останутся только вежливой формой формальности, но и будут поддержаны конкретными дружелюбными действиями со стороны РПЦ.