Так называемое «катакомбное» православие ведет свои корни от того же решения патриарха Тихона, на которое ссылается и РПЦЗ, и также порвало какие-либо отношения с пошедшим на соглашательство с советской властью местоблюстителем патриаршего престола Сергием (Страгородским), сменившим на этом посту замученного в ссылке Петра Крутицкого. Катакомбные православные чтят его как одного из величайших мучеников в истории русского православия наряду с митрополитом Филиппом и патриархом Гермогеном.
Хотя Сергий (Страгородский) формально прикрывался более поздней аполитичной позицией патриарха Тихона, все были уверены в его лояльности к властям. Об умеренных уступках советской власти патриарха Тихона пишет прот. Л. Лебедев следующее: «Патриарх Тихон под натиском большевиков, действительно постепенно отступал до определенной границы. Обычно она определяется понятием простой гражданской лояльности советской власти, лояльности, понимаемой как отказ от какой либо политической борьбы с ней, признанием ее правомочной гражданской властью. В соответствии с таким понятием патриарх Тихон в своем известном "Заявлении" в Верховный Суд РСФСР от 16 июня 1923 г., раскаявшись в "поступках против государственного строя", написал: "... отныне я советской власти не враг".. Но когда его затем со скорбью спрашивали, зачем он так сказал, Святейший отвечал: "Но я не сказал, что я ей (советской власти) друг». "Не враг, но и не друг", - вот формула "границы". На этой границе патриарх Тихон стал твердо и не отступил уже за нее до смерти. Известно и давно доказано, что так называемое "Завещание" ("Завещательное послание") 1925 г. патриарха Тихона - это подлог, фальшивка Тучкова. Большевики очень хотели, чтобы патриарх выступил с таким посланием, даже текст ему написали, но он не выступил с ним. Умер!» (Лебедев Л. Диалог РПЦЗ и МП. Для чего и как? Курск. 1998).
В 1927 году митрополит Сергий издает печально знаменитую Декларацию, в которой призывает весь православный люд к повиновению советской власти. Профессор И. Андреев, посещавших катакомбную церковь до начала войны, писал об этом в 1947 году: «Памятуя невероятные гонения на Православную Церковь, мученическую смерть митрополита Вениамина и "иже с ним", арест и смерть св. патриарха Тихона, ссылку и страдания митрополита Петра, разрушение храмов, уничтожение монастырей, кощунство над мощами, запрещение колокольного звона, устройство "комсомольской пасхи", заточение многих сотен епископов (в 1927 году томилось в концлагерях свыше 200 епископов), десятков тысяч священнослужителей и монашествующих, миллионы верующих христиан, осуждённых по церковным делам, — истинно православные люди не смогли принять Декларации митрополита Сергия: произошел церковный раскол 1927 года» (Андреев И. Заметки о катакомбной церкви в СССР. Цит. по: Вестник Истинной Православной церкви, № 3, 1999).
Лебедев о различиях между старой Православной Церковью и «сергианством» пишет следующее: «Итак, одно дело - непротивление (ввиду невозможности) антихристовой власти, как попущенной Богом, и совсем другое дело - полное единение с ней с одобрением всех деяний и злодеяний этой власти, как якобы благословенной Богом! Неужели не ясно, "где тут граница"?! Большевики, будучи сами сущими оборотнями (на словах, в лозунгах - одно, а на деле умышленно прямо противоположное) старались не только сделать церковь послушной, а создать церковную организацию по своему образу и подобию, т. е. таким же оборотнем, где под видом служению Христу осуществлялось бы служение антихристу. И создали таковую. Но не через патриарха Тихона, а через митрополита Сергия. В этом - природа МП до сего дня, она не может изменить ее».
По отношению к законности священноначалия Сергия (Страгородского) его противники разделились на сторонников умеренной и строгой позиций. К первым относился митрополит Кирилл (Смирнов), который в 1934 году писал, что таинства у сергиан действительны, но могут быть спасительными только для тех, "кто идет к ним в простоте сердца", для самих же совершителей таинств, а также для тех, кто знает об их отступничестве и несмотря на это идет к ним, таинства совершаются "в осуждение". Во главе более строгой оппозиции Сергия, показавшего, кстати, пример того, как вполне каноническим образом можно изменить духовным задачам Церкви, встал митрополит Петроградский Иосиф (Петровых).
Немедленно власти принялись преследовать выступивших против Сергия иерархов Иосифа и Кирилла, которые были замучены в лагерях в 1937 году. В 1929 году "умер дома" выпущенный из тюрьмы накануне о. Феодор (Андреев), друг о. Павла Флоренского и бывший профессор Московской духовной Академии. К 1930 году были закрыты все (кроме одной, просуществовавшей до 1936 года) "иосифлянские" церкви и были расстреляны все наиболее видные лидеры оппозиции: епископ Максим, протоиерей Николай Прозоров, протоиерей Сергий Тихомиров, протоиерей Александр Кремышанский, иерей Сергий Алексеев. Другие подобно архиепископу Димитрию (Гдовскому), митрополиту Иосифу, епископу Сергию Нарвскому были заточены в политизоляторы на десять лет или сосланы в лагеря, где и приняли мученическую смерть. Таким образом с 1930 года противленцы стали полными катакомбниками, собираясь по домам.
В ответ на целенаправленное истребление властью высшей иерархии прямо в тюрьмах началось рукоположение новых епископов и священников, которых называли «тайными». Так, в период с 1929 по 1930 годы в Соловецком концлагере тайную хиротонию совершали несколько "иосифлянских" епископов: Максим Серпуховский, Виктор, викарий Вятский, Иларион, викарий Смоленский, Нектарий Трезвинский. После окончания Великой Отечественной войны из уцелевшего духовенства Катакомбной Православной церкви остались единицы. Ставший в это время патриархом Сергий, запретил в служении и заклеймил "политическими преступниками" деятелей "иосифлянской церкви", последние, в свою очередь, запретили ходить верующим в советские храмы. Эту же позицию Сергия продолжил и партриарх Алексий I.
Катакомбные православные христиане получили на свободу вместе с политзаключенными, лишь при «перестройке» М. Горбачева. Оставшиеся в живых «катакомбцы» уже не имели своего высшего духовенства, однако неожиданно к ним начали примыкать некоторые иерархи РПЦ, получившие информацию о всех преступных ее связях с безбожным государством и не верящие в то, что эта связь оказалась порванной при демократическом правительстве. В конце концов вначале 90-х, когда РПЦЗ начала открывать собственные приходы на территории России, охотно принимая в свои ряды вышедших из РПЦ МП. Об этом слиянии Лебедев пишет следующее: «Ныне РПЦЗ - не "часть", а единственная законная Русская Православная Церковь во всей полноте! С ней составляют единое целое те общины в России, которые добровольно присоединились к ней с 1990 года, а также немногие присоединившиеся катакомбные общины, каноничность которых твердо установилась». Так возникла Российская Православная Свободная Церковь (РПСЦ) во главе с епископом Валентином (Русанцовым), отошедшим от РПЦ МП в 1991 году. Поскольку духовенство РПСЦ не признает каноничности РПЦ МП, но признает каноничность Русской Православной Церкви Зарубежом (РПЦЗ), епископ Валентин выступил против инициативы объединения этих церквей. Эта инициатива устраивала как РПЦ МП, пытающаяся подчинить себе катакомбные общины, так и РПЦЗ, искавшую признания другими православными автокефальными церквами.
Кроме экумении среди других причин такого воссоединения сторонник прежнего курса РПЦЗ прот. Л. Лебедев видел и следующую: «И формальный мотив такой же - "спасение Церкви" (Зарубежной), скудеющей численно вообще и этнически русскими, в частности ... Не как-нибудь, а ради Церкви наши сторонники диалога с МП вступили в непозволительное единение с ее врагами. А вступив, вдруг "прозрели" и увидели, что это вовсе не враги, а "братья", члены такой же или даже одной и той же "Матери - Церкви"» (Лебедев Л. Диалог РПЦЗ и МП. Для чего и как? Курск. 1998).
Понимая, что это соединение преступно, епископ Валентин разрывает свои отношения с РПЦЗ и начинает самостоятельное служение. В октябре 1998 года РПСЦ была перерегистрирована под названием Российская Православная Автономная Церковь (РПАЦ). В настоящее время в состав епископата РПАЦ входят 12 епископов. Глава Церкви в марте 2001 года был возведен в сан Митрополита. РПАЦ включает в себя более ста приходов. Каноническая самостоятельность РПАЦ основана на Указе патриарха Тихона и органов Высшего Церковного Управления № 362, принятом в 1920 году. Так катакомбное православное движение начало свою вторую жизнь.
О недопустимости примирения РПЦЗ и РПЦ МП прот. Л. Лебедев писал: «Странное, на первый взгляд явление! В наши дни в лоне РПЦЗ появилось стремление к постепенному сближению с МП, правда, пока только путем диалога, - и это притом, что МП по сей день не отказалась ни от одного (!) из тех своих устоев, которые на протяжении 71 года делали невозможным никакой диалог с ней со стороны РПЦЗ! Как же такое стремление к диалогу в РПЦЗ могло возникнуть теперь? Обычно указывают на то, что коммунизм в России рухнул, МП стала "свободна". Но ведь выяснилось также, что в этой новой свободной "демократической" обстановке, МП вполне свободно сохраняет все то, на чем стояла с 1927 года» (Лебедев Л. Диалог РПЦЗ и МП. Для чего и как? Курск. 1998).