Один из недостатков связан с несовершенством бюджетного процесса, а именно – с отсутствием обоснованных форм планирования бюджетных расходов на аграрный сектор. Основная часть расходов бюджетов всех уровней на поддержку АПК планируется без привязки к целям и задачам развития АПК на среднесрочную перспективу. Планирование бюджетных расходов сводится к корректировке значений предыдущего периода, в бюджете зачастую не находят отражения принятые программы и заявленные Правительством стратегические цели развития сектора. Таким образом, единственным обоснованием структуры расходов бюджета на АПК становится бюджетный классификатор, существующие строки которого заполняются в обязательном порядке, а для новых программ места в классификаторе нет, поэтому и расходы по ним не осуществляются. При планировании расходов на следующий период оценка результатов выполнения той или иной программы в предыдущем периоде в расчет не принимается, в то время как именно такая оценка была бы разумной основой для продолжения или прекращения финансирования той или иной программы.
Мониторинг степени достижения целей аграрной политики невозможен из-за непрозрачности бюджета. Несмотря на то, что формально функциональная бюджетная классификация отражает направление бюджетных средств на выполнение тех или иных функций государства, в существующем виде оценить степень выполнения этих функций и задач, для выполнения которых они необходимы, невозможно.