Отношение к рабству раскололо Соединенные Штаты на два лагеря, подтолкнув страну к Гражданской войне.
Партийные разногласия, которых так опасался первый президент США Джордж Вашингтон, достигли трагических пределов в 1860-е годы. В этот период возник жесточайший за всю историю страны конфликт между ее основными партиями — существующей с 1828 года Демократической и оформившейся в 1854 году Республиканской. Демократы, в основном южане, отстаивали идею рабства, республиканцы, по преимуществу северяне, считали его тормозом для экономического развития страны. Расходились партии и в отношении использования западных земель. Демократы считали, что на новых территориях США следует развивать плантационные хозяйства с использованием труда невольников, а республиканцы поддерживали идею свободного заселения западных земель.
В 1860 году на президентских выборах победил кандидат от Республиканской партии Авраам Линкольн (1809— 1865). Он пользовался репутацией твердого, хотя и умеренного противника рабства. Он считал рабство несправедливым, но не настаивал на его немедленной отмене и даже полагал аболиционизм политическим движением, опасным для будущего США. Тем не менее в знак протеста против его избрания противники Линкольна из Демократической партии, в основном плантаторы с Юга, приняли решение о выходе своих штатов из состава федерации. Тон задала Южная Каролина, объявившая о своем отделении уже 20 декабря 1860 года, а в течение последующих полутора месяцев ее примеру последовали Алабама, Джорджия, Луизиана, Миссисипи, Техас и Флорида. 4 февраля 1861 года на конференции в Монтгомери (штат Алабама) сепаратисты приняли решение о создании самостоятельного рабовладельческого государства — Конфедерации штатов Америки, президентом которого стал Джеф-ферсон Дэвис (1808—1889). В апреле — июне того же года к конфедератам примкнули также Арканзас, Теннесси, Северная Каролина и Виргиния.
Силы Севера значительно превышали силы южной Конфедерации. Именно на Севере были сосредоточены промышленные предприятия и большая часть американских железных дорог. Кроме того, в северных штатах проживало 22 миллиона человек, а население Конфедерации насчитывало только 9 миллионов, включая 4 миллиона рабов. Однако при предыдущем президенте Джеймсе Бью-кенене (1791—1868), ставленнике демократов, находившемся у власти в 1857—1861 годах, в южные штаты были переброшены весьма значительные денежные средства, а также оружие и боеприпасы. Конфедераты надеялись также получить военную помощь от Англии, заинтересованной в поставках хлопка с плантаций американского Юга. В результате южане смогли создать собственную армию и начать военные действия против правительственных войск. 12 апреля 1861 года они осадили форт Самтер (Южная Каролина) и два дня спустя вынудили гарнизон капитулировать. Линкольн как президент, обязанный охранять положения Конституции США, стремился сохранить единство государства и по одной этой причине должен был принимать меры против сепаратистов-конфедератов. События в форте Самтер развеяли надежды на мирное разрешение конфликта, однако правительство США верило, что союз штатов можно будет восстановить, и на американском флаге военных лет по-прежнему оставалось 35 звезд (к началу войны в состав США входило 35 штатов), включая звезды 11 штатов-отщепенцев.
В 1861 году военные действия протекали на границе между федерацией и Конфедерацией. 21 июля в первом крупном сражении у города Манассаса (штат Виргиния), где с обеих сторон участвовало более чем по 30 тысяч человек, армия Севера понесла большие потери и была вынуждена отступить. Учитывая близость Вашингтона к Манассасу, вокруг столицы США начали возводить оборонительные укрепления. Пока Юг праздновал победу, надеясь и впредь изматывать противника в оборонительных боях, Север готовился к серьезному реваншу. К началу 1862 года он уже сумел поставить под ружье до 600 тысяч солдат, но южане сохраняли преимущество вплоть до лета 1863 года. Во многом неудачи северян объяснялись бездарным командованием генерала Дж. Мак-Келлана, не слишком стремившегося одержать победу над южанами, которым он сочувствовал. Лишь после тяжелого поражения армии Севера на Йоркском полуострове (2 июля 1862 года) Мак-Келлан был смещен и заменен генералом Гэл-леком. Однако и после этого южане генерала Роберта Ли (1807—1870) продолжали выигрывать сражение за сражением.
В первый день 1863 года правительство США предприняло сильный шаг, введя в силу закон об освобождении без наделения землей рабов, принадлежавших мятежным конфедератам. В результате армия Севера пополнилась примерно 190 тысячами бывших рабов с оккупированных правительственными войсками территорий Конфедерации, а в тылу южан начали вспыхивать негритянские восстания. Летом в войне произошел крутой перелом. 1—3 июля в крупнейшем за все время Гражданской войны сражении при Геттисберге (штат Пенсильвания) южане потерпели поражение, от которого им так и не удалось оправиться. Одновременно войска Севера добились успехов и в районе реки Миссисипи, овладев городами Виксберг и Порт-Гудзон. Территория Юга оказалась расколотой на две изолированные части. Драматическое положение конфедератов усугублялось тем, что возросший пятнадцатикратно за три года войны флот северян (к началу 1864 года в его состав входил 671 корабль) полностью блокировал побережье, исключив доставку на Юг боеприпасов и продовольствия из Европы в обмен на хлопок.
Только в 1863 году южане начали производить собственное военное снаряжение. На полях, где прежде выращивали хлопок, стали возделывать продовольственные культуры для нужд армии, но ввиду слабого развития транспорта выращенный урожай не представлялось возможным доставить по назначению. Воюющая армия терпела жестокие лишения. Солдат-южанин получал в месяц 11 долларов, в то время как сапоги стоили 200.
Значительную часть армии южан составляли мелкие фермеры. Их хозяйства остались без твердых мужских рук, семьи голодали, и под давлением домочадцев главы многих таких семей дезертировали из армии. Уже в 1862 году на юге началось антивоенное движение, участниками которого были представители именно этого слоя мелких землевладельцев, которые не желали сражаться за интересы крупных рабовладельцев-плантаторов.
Внутренний раскол, крушение надежд на быструю победу, разочарование в силе «короля-хлопка», который в условиях блокады конфедератских портов военно-морскими силами Севера не мог быть вывезен в Европу и, следовательно, перестал приносить доходы, — все это вместе способствовало подрыву боевого духа южан, которые, однако, продолжали упрямо сражаться.
В 1864 году главнокомандующий войсками Севера генерал Улисс С. Грант (1822—1885), впоследствии восемнадцатый президент США, перешел в окончательное наступление на Ричмонд, столицу Конфедерации. Наступление велось одновременно с севера, востока и юга, куда, совершив «рейд к морю», вышла армия генерала Уильяма Шермана (1820—1891), замкнув южан в блокадное кольцо вокруг Ричмонда. Героические попытки Ли предпринять контратаку на Вашингтон лишь ускорили поражение Юга. 3 апреля 1865 года войска Гранта заняли Ричмонд, через шесть дней генерал Ли подписал капитуляцию. Последние очаги сопротивления конфедератов были ликвидированы к началу июня.
Генерал Ли, проиграв войну, сохранил уважение к себе как среди южан, так и среди северян. Значительно меньше повезло бывшему президенту Конфедерации Дэвису, за голову которого как человека, развязавшего братоубийственную войну, была назначена награда в 100 тысяч долларов. Переодетого в женское платье, его арестовали только 22 мая 1865 года в окрестностях Ирвинвилля (штат Джорджия).
14 декабря 1865 года президент Джонсон предложил амнистировать всех южан, которые присягнут на верность федерации, в том числе и лидеров Конфедерации, а также снять морскую блокаду южных портов. Однако северяне не всегда проявляли снисходительность к поверженным врагам. Некоторые из них окончили свои дни на виселице. Счет наказанных смертной казнью открыл капитан Генри Уирц, комендант тюрьмы в Андерсонвилле, отличавшийся жестокостью по отношению к содержавшимся в ней военнопленным.
Четыре года Гражданской войны нанесли американскому обществу глубокие раны. Не было семей, которые бы прошли через эти испытания без потерь. Точных данных о погибших во время войны не существует, однако по примерным оценкам на полях сражений полегло около 360 тысяч солдат армии Севера и 258 тысяч конфедератов. Неудивительно, что за одним из лучших полководцев Севера генералом Улиссом С. Грантом закрепилось прозвище Мясник — он сеял смерть среди врагов, но и своих солдат не жалел. Не только тылы Юга, но и тылы Севера 5ыли переполнены ранеными и умирающими. Достаточно сказать, что даже Вашингтон превратился в один сплошной госпиталь. Кстати, именно в Вашингтон отправилась выхаживать раненых Луиза Мэй Олкотт, уроженка Новой Англии, которой через несколько лет предстояло прославиться как одной из самых популярных детских писательниц (ее книги «Маленькие женщины», «Маленькие женщины, ставшие взрослыми», «Маленькие мужчины», «Маленькие мужчины, ставшие взрослыми» и др. до сих пор издаются в разных странах мира). Однако смерть в те годы сеяла не только война. После ее окончания на США обрушилась завезенная из Европы холера, эпидемия которой в 1866 году унесла около 50 тысяч жизней.